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Yorodumi- PDB-7p9a: Structure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA dehydrogenase complexe... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7p9a | |||||||||
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Title | Structure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA dehydrogenase complexed with cyclohex-1,5-diene-1-carboxyl-CoA | |||||||||
Components | Short-chain acyl-CoA dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / enzyme catalysis / acyl-CoA dehydrogenase / flavin / fatty acid oxidation | |||||||||
Function / homology | Function and homology information 3-methylbutanoyl-CoA dehydrogenase activity / L-leucine catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Geobacter metallireducens (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.5 Å | |||||||||
Authors | Ermler, U. / Weidenweber, S. / Boll, M. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2021 Title: Structural Basis of Cyclic 1,3-Diene Forming Acyl-Coenzyme A Dehydrogenases. Authors: Kung, J.W. / Meier, A.K. / Willistein, M. / Weidenweber, S. / Demmer, U. / Ermler, U. / Boll, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7p9a.cif.gz | 321.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7p9a.ent.gz | 262.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7p9a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7p9a_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7p9a_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 7p9a_validation.xml.gz | 37.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7p9a_validation.cif.gz | 53.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7p98SC 7p9xC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44585.328 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacter metallireducens (strain ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15) (bacteria) Strain: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / Gene: Gmet_3306 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q39QF5 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 25% 6000, 0.3 M sodium/potassium tartrate, 5% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→46.612 Å / Num. obs: 144112 / % possible obs: 82.6 % / Redundancy: 5.769 % / Biso Wilson estimate: 25.237 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 17.36 / Num. measured all: 831405 / Scaling rejects: 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ID 7P98 Resolution: 1.5→46.612 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 90 Å2 / Biso mean: 28.916 Å2 / Biso min: 11.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→46.612 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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