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万見
- PDB-7p93: Crystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p93
タイトルCrystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus in complex with a sulfated ACKR1 N-terminal peptide
要素
  • Atypical chemokine receptor 1
  • Leucotoxin LukEv
キーワードTOXIN (毒素) / leukotoxin / beta barrel pore forming toxin / cytolysis / hemolysis (溶血)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chemokine production / cytolysis in another organism / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor activity / recycling endosome / defense response / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity ...regulation of chemokine production / cytolysis in another organism / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor activity / recycling endosome / defense response / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / toxin activity / エンドソーム / 炎症 / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Duffy antigen/chemokine receptor / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / 溶血素 / Leukocidin/porin MspA superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Atypical chemokine receptor 1 / Leucotoxin LukEv
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Lambey, P. / Hoh, F. / Peysson, F. / Granier, S. / Leyrat, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE15-0002-01 フランス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural insights into recognition of chemokine receptors by Staphylococcus aureus leukotoxins.
著者: Lambey, P. / Otun, O. / Cong, X. / Hoh, F. / Brunel, L. / Verdie, P. / Grison, C.M. / Peysson, F. / Jeannot, S. / Durroux, T. / Bechara, C. / Granier, S. / Leyrat, C.
履歴
登録2021年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucotoxin LukEv
B: Atypical chemokine receptor 1
M: Atypical chemokine receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6983
ポリマ－37,6983
非ポリマー00
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.967, 71.181, 79.234
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Leucotoxin LukEv / Variant of LukE


分子量: 34686.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lukEv, SAOUHSC_01955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FXB0
#2: タンパク質・ペプチド Atypical chemokine receptor 1 / Duffy antigen/chemokine receptor / Fy glycoprotein / GpFy / Glycoprotein D / Plasmodium vivax receptor


分子量: 1505.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16570
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Imidazole.HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→47.16 Å / Num. obs: 51899 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 2552 / CC1/2: 0.622

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7P8S

7p8s


解像度: 1.55→47.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.071
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2037 2662 -RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.1824 51740 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0761 Å20 Å20 Å2
2---6.8426 Å20 Å2
3---5.7665 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 0 215 2584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012481HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.163375HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d859SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes436HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2481HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion320SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies10HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2309SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.09
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.56 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3173 47 -
Rwork0.2714 --
obs0.2734 1035 99.17 %
精密化 TLSOrigin x: 15.2077 Å / Origin y: -14.5851 Å / Origin z: -13.0666 Å
111213212223313233
T0.0061 Å2-0.008 Å20.0065 Å2--0.0455 Å2-0.0057 Å2---0.0374 Å2
L1.4266 °2-0.1156 °20.9883 °2-0.8604 °2-0.4985 °2--2.8297 °2
S0.0629 Å °-0.1708 Å °0.2242 Å °-0.1708 Å °0.0517 Å °0.111 Å °0.2242 Å °0.111 Å °-0.1146 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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