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万見
- PDB-7p8s: Crystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p8s
タイトルCrystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus at 1.9 Angstrom resolution
要素Leucotoxin LukEv
キーワードTOXIN / leukotoxin / beta barrel pore forming toxin / cytolysis / hemolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / Leucotoxin LukEv
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lambey, P. / Hoh, F. / Granier, S. / Leyrat, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE15-0002-01 フランス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural insights into recognition of chemokine receptors by Staphylococcus aureus leukotoxins.
著者: Lambey, P. / Otun, O. / Cong, X. / Hoh, F. / Brunel, L. / Verdie, P. / Grison, C.M. / Peysson, F. / Jeannot, S. / Durroux, T. / Bechara, C. / Granier, S. / Leyrat, C.
履歴
登録2021年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucotoxin LukEv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5437
ポリマ－34,6871
非ポリマー8576
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area14920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)135.79, 135.79, 63.533
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-605-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Leucotoxin LukEv / Variant of LukE


分子量: 34686.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lukEv, SAOUHSC_01955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FXB0
#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MHA / (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / N-(2-ACETAMIDO)IMINODIACETIC ACID / ADA


分子量: 190.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N2O5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Ammonium sulfate, 0.05 M Magnesium sulfate heptahydrate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5 and 22.5 % v/v PEG Smear Medium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.01 Å / Num. obs: 45734 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 2930 / CC1/2: 0.748

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ROH

3roh


解像度: 1.9→48.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU R Cruickshank DPI: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Blow DPI: 0.099 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.095
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 2232 -RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.1859 45726 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1523 Å20 Å20 Å2
2--4.1523 Å20 Å2
3----8.3046 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2319 0 52 326 2697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092526HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.113421HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d888SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes433HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2526HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion319SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies10HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2450SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.88
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.91 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2839 48 -
Rwork0.26 --
obs0.2612 915 99.89 %
精密化 TLSOrigin x: -23.7148 Å / Origin y: 25.8749 Å / Origin z: -19.6096 Å
111213212223313233
T-0.0164 Å20.0608 Å2-0.025 Å2--0.0238 Å2-0.0014 Å2---0.0373 Å2
L2.7687 °2-1.9236 °21.1739 °2-1.3852 °2-0.7976 °2--0.7176 °2
S0.0391 Å °-0.0882 Å °-0.1168 Å °-0.0882 Å °0.0058 Å °-0.0796 Å °-0.1168 Å °-0.0796 Å °-0.0449 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A12 - 311
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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