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万見
- PDB-7p8x: Crystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p8x
タイトルCrystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus in complex with a doubly sulfated CCR2 N-terminal peptide
要素
  • C-C chemokine receptor type 2
  • Leucotoxin LukEv
キーワードTOXIN / leukotoxin / beta barrel pore forming toxin / cytolysis / hemolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 2 binding / chemokine (C-C motif) ligand 12 binding / negative regulation of eosinophil degranulation / positive regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell extravasation / positive regulation of astrocyte chemotaxis / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / chemokine (C-C motif) ligand 7 binding / positive regulation of thymocyte migration ...T-helper 17 cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 2 binding / chemokine (C-C motif) ligand 12 binding / negative regulation of eosinophil degranulation / positive regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell extravasation / positive regulation of astrocyte chemotaxis / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / chemokine (C-C motif) ligand 7 binding / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of hematopoietic stem cell migration / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / monocyte extravasation / CCR2 chemokine receptor binding / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of type 2 immune response / Beta defensins / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of macrophage migration / macrophage migration / neutrophil clearance / regulation of T cell cytokine production / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / chemokine receptor activity / positive regulation of T-helper 1 type immune response / inflammatory response to wounding / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / cytolysis in another organism / C-C chemokine receptor activity / negative regulation of adenylate cyclase activity / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / cellular homeostasis / positive regulation of monocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / regulation of T cell differentiation / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / hemopoiesis / humoral immune response / blood vessel remodeling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular defense response / homeostasis of number of cells within a tissue / sensory perception of pain / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of angiogenesis / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / cytokine-mediated signaling pathway / response to wounding / positive regulation of T cell activation / positive regulation of type II interferon production / fibrillar center / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / chemotaxis / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of cold-induced thermogenesis / toxin activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / G alpha (i) signalling events / perikaryon / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 2 / Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Chemokine receptor family / : / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...CC chemokine receptor 2 / Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Chemokine receptor family / : / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Distorted Sandwich / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / C-C chemokine receptor type 2 / Leucotoxin LukEv
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lambey, P. / Hoh, F. / Peysson, F. / Granier, S. / Leyrat, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE15-0002-01 フランス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural insights into recognition of chemokine receptors by Staphylococcus aureus leukotoxins.
著者: Lambey, P. / Otun, O. / Cong, X. / Hoh, F. / Brunel, L. / Verdie, P. / Grison, C.M. / Peysson, F. / Jeannot, S. / Durroux, T. / Bechara, C. / Granier, S. / Leyrat, C.
履歴
登録2021年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucotoxin LukEv
M: C-C chemokine receptor type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7665
ポリマ－35,5042
非ポリマー2613
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13250 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)63.298, 72.411, 79.001
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Leucotoxin LukEv / Variant of LukE


分子量: 34686.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lukEv, SAOUHSC_01955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FXB0
#2: タンパク質・ペプチド C-C chemokine receptor type 2 / C-C CKR-2 / CC-CKR-2 / CCR-2 / CCR2 / Monocyte chemoattractant protein 1 receptor / MCP-1-R


分子量: 817.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41597
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Imidazole.HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→49.4 Å / Num. obs: 72136 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 3432 / CC1/2: 0.483

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7P8T

7p8t


解像度: 1.4→40.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU R Cruickshank DPI: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.059 / SU Rfree Blow DPI: 0.057 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.054
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1977 3616 -RANDOM
Rwork0.1865 ---
obs0.1871 71406 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5416 Å20 Å20 Å2
2---2.5493 Å20 Å2
3---4.0909 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→40.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2297 0 15 295 2607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112527HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.213453HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d878SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes453HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2527HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion321SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies20HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2472SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.68
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.41 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3174 75 -
Rwork0.3209 --
obs0.3207 1429 97.3 %
精密化 TLSOrigin x: 15.1002 Å / Origin y: -14.3815 Å / Origin z: -12.557 Å
111213212223313233
T0.1813 Å2-0.004 Å20.0111 Å2-0.1417 Å2-0.002 Å2--0.1338 Å2
L1.0694 °2-0.0299 °20.6787 °2-0.7629 °2-0.2582 °2--2.2775 °2
S0.0405 Å °-0.1343 Å °0.1371 Å °-0.1343 Å °0.0343 Å °0.0557 Å °0.1371 Å °0.0557 Å °-0.0747 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }A28 - 309
2X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }A401
3X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }B1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }C1 - 293
5X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }M24 - 29
6X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }W1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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