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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p8h | ||||||
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タイトル | chicken GRIFIN bound to blood group tetrasaccharide B (type 1) | ||||||
![]() | Galectin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / GRIFIN / Galactoside-binding lectin / Blood group B type 1 antigen / beta anomer | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ruiz, F.M. / Romero, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Characterization of Rat Galectin-5, an N-Tailed Monomeric Proto-Type-like Galectin. 著者: Ruiz, F.M. / Medrano, F.J. / Ludwig, A.K. / Kaltner, H. / Shilova, N.V. / Bovin, N.V. / Gabius, H.J. / Romero, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 234.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16205.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 691.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Blood group B type 1 antigen, beta anomer / 参照: BIRD: PRD_002353 #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | B Type 1, blood group B type 1 tetrasaccharide, alpha-D-Galp-(1->3)-[alpha-L-Fucp-(1->2)]-beta-D- ...B Type 1, blood group B type 1 tetrasaccharide, alpha-D-Galp-(1->3)-[alpha-L-Fucp-(1->2)]-beta-D-Galp-(1->3)-beta-D-GlcpNAc | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.1 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15 % w/v Polyethylene glycol 400; 100 mM MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.13→43.85 Å / Num. obs: 90857 / % possible obs: 99.13 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 9.99 Å2 / CC1/2: 0.9 / Rmerge(I) obs: 0.015 / Rrim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 1.13→1.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8884 / CC1/2: 0.9 / Rrim(I) all: 0.431 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5NMJ 解像度: 1.13→43.85 Å / SU ML: 0.1521 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.9823 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.13→43.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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