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- PDB-7p8c: Crystal structure of the Receiver domain of A. thaliana cytokinin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p8c
タイトルCrystal structure of the Receiver domain of A. thaliana cytokinin receptor AtCRE1 in complex with K+
要素Receiver domain of histidine kinase 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / flavodoxin-like fold / cytokinin / phosphorelay
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin receptor activity / transmembrane histidine kinase cytokinin receptor activity / embryonic root morphogenesis / regulation of shoot system development / regulation of meristem development / carbohydrate homeostasis / regulation of seed germination / sulfate transport / cellular response to sucrose stimulus / protein histidine kinase binding ...cytokinin receptor activity / transmembrane histidine kinase cytokinin receptor activity / embryonic root morphogenesis / regulation of shoot system development / regulation of meristem development / carbohydrate homeostasis / regulation of seed germination / sulfate transport / cellular response to sucrose stimulus / protein histidine kinase binding / cytokinin-activated signaling pathway / protein histidine kinase activity / response to water deprivation / cellular response to phosphate starvation / osmosensory signaling pathway / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / defense response to bacterium / protein phosphorylation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CHASE domain superfamily / CHASE domain / CHASE domain profile. / CHASE / CHASE domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Phosphoribosyltransferase domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...CHASE domain superfamily / CHASE domain / CHASE domain profile. / CHASE / CHASE domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Phosphoribosyltransferase domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Histidine kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Tran, L.H. / Urbanowicz, A. / Jasinski, M. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreSONATA 2018/31/D/NZ1/03630 ポーランド
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2021
タイトル: 3D Domain Swapping Dimerization of the Receiver Domain of Cytokinin Receptor CRE1 From Arabidopsis thaliana and Medicago truncatula .
著者: Tran, L.H. / Urbanowicz, A. / Jasinski, M. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2021年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receiver domain of histidine kinase 4
B: Receiver domain of histidine kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0294
ポリマ－29,9512
非ポリマー782
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.319, 101.426, 33.549
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 916 through 1035 or resid 1118))
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNPHEA1 - 120
d_21ens_1ASNPHEC1 - 120

-
要素

#1: タンパク質 Receiver domain of histidine kinase 4 / Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / ...Arabidopsis histidine kinase 4 / AtHK4 / Cytokinin receptor CYTOKININ RESPONSE 1 / AtCRE1 / Cytokinin receptor CRE1 / Phosphoprotein phosphatase AHK4 / Protein AUTHENTIC HIS-KINASE 4 / Protein ROOT AS IN WOL 1 / Protein WOODEN LEG


分子量: 14975.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AHK4, CRE1, RAW1, WOL, At2g01830, T23K3.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9C5U0, histidine kinase, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 30% v/v Jeffamine M-600 pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.25 Å / Num. obs: 10946 / % possible obs: 62.2 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 37.72 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.39 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 1.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 544 / CC1/2: 0.73 / Rpim(I) all: 0.367 / Rrim(I) all: 1.286 / % possible all: 11.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EUK

4euk


解像度: 2.15→41.25 Å / SU ML: 0.3247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.4287
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2842 554 5 %
Rwork0.2086 10517 -
obs0.2124 10946 64.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1968 0 2 41 2011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00882000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00912693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0549307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2211750
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.44789184932 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.380.346230.2742440X-RAY DIFFRACTION10.95
2.38-2.720.3239970.27231828X-RAY DIFFRACTION45.54
2.72-3.430.31182090.24073972X-RAY DIFFRACTION97.05
3.43-41.250.26382250.18474277X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.453854178-5.590970608841.606783830117.02914533836-1.897661149382.44626917837-0.01197670231110.4083633016370.213153363725-1.00328533310.129934977365-1.081429435180.313360670376-0.169568878156-0.1313807957180.401790930582-0.07139154171310.07165505486830.389009377606-0.05534375989710.4756777448875.3232125603916.1412738971-1.6221284188
28.34751523034-0.190696654407-5.377353480364.271259507273.376966754655.969045108880.184352085434-0.974071678221-0.4984113575350.5471223203190.0218692806894-0.6733496198610.3301362407940.681812276481-0.2741771421650.5807510764170.0145026074482-0.05246828182470.2926038033670.1145687938380.3951105855949.7630211995822.25922444397.07025159698
33.83694323883-0.129454178145-3.105174970132.12078620894-2.163960592734.94305252141-0.477373846635-0.54548066421.48050877826-0.5653106141191.68043643292-0.62032671804-0.7817860132410.320247485623-0.5565208830890.527824992294-0.03735262507060.001610270153830.314602384868-0.1316244426290.60570438250910.977865266137.936911620919.1418771067
44.04751690424-1.340538030570.2118476699316.177217465861.588171474984.66361060056-0.136951984974-0.3583382587780.2297857639260.1621603952190.2382148152-0.21224634898-0.02586862498240.0944145481427-0.1322780084930.4747637657760.04488234660540.0389435051650.2611183205060.008542068930310.3314026401636.391481157223.03382864920.7325551848
53.09568450371-2.91370236718-2.312078946328.87796760714-2.264399582414.974328327440.4976032552450.4370360464960.8264771364470.6385336328860.4906821226532.62910415313-0.565218611787-1.99220712815-0.02980216789260.310278204436-0.1466982710880.1244982073960.3365057755630.004437323711390.375909507829-7.2789743170322.973861709716.8608696116
63.45144095488-0.979661723360.08188153249729.585322970870.2446417284832.26359676048-0.0841820471028-0.0402506440985-0.1630724115240.3305275710980.3621926792220.1799219970080.0771543808825-0.0931848392283-0.297623464350.26494099432-0.006286284135690.08302234554120.3118662319540.027252039210.257660252543-2.2598257403922.851107912613.4501804458
76.23782384601-4.47193063057-0.01819887971826.96370396804-0.2303561169054.28512880677-0.0164788732130.2601199462970.0510441205537-0.6143344133280.01901932140080.70188609140.0574227513408-1.024676589320.01617102835950.254382375360.0367420108406-0.01194057471330.4165348949010.02089862401920.369163841967-9.8886181707627.1369048215.81418502975
83.1544679416-3.456162556440.9731905383014.76476425467-0.5492212431554.30335190031-0.0225205427712-1.01993559780.488251143043-0.7377101971590.607910022269-0.0632720828166-0.425407412267-0.159836377894-0.2379852176460.3016235711570.07571050476510.006252103996820.2804771699030.02747584818210.345291154067-1.5627318165830.48580400057.55052645145
96.61106414844-1.54836451745-1.253956257448.798993063553.005703422688.510813479620.20251107675-0.2222115129570.6452609240680.454471350527-0.4674362515520.01712550847260.3285224050160.2483907103370.3487207463490.405285766532-0.02393340477490.02175497907920.3210649968210.0219854321890.33862199069513.38394000444.705424667077.53957465831
102.83176300913-0.6161063754392.898883933951.911120980880.9093711531844.36907150753-0.228262579256-0.2516299180420.695228941591-0.640185282578-0.4733889536210.212381774341-1.510435114030.04276575823930.5541839359810.3108723276910.125752876371-0.0395033414680.3268182691910.05996706226650.52543287460920.45449040287.00359917671-1.34682172132
114.925479094170.00169623359009-1.067515684346.87943239636-1.858362274344.736428603340.0948849685372-0.549634935765-0.498231654930.237104205354-0.170891788657-1.119163975460.6922469376130.7662988562650.1513208879320.4949601398440.0304028273370.01605913011910.439825631052-0.002773404449980.61784013145117.187836173222.8222825096-21.8619162342
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 1012 through 1025 )BC1012 - 102597 - 110
22chain 'B' and (resid 1026 through 1035 )BC1026 - 1035111 - 120
33chain 'A' and (resid 916 through 922 )AA916 - 9221 - 7
44chain 'A' and (resid 923 through 953 )AA923 - 9538 - 38
55chain 'A' and (resid 954 through 961 )AA954 - 96139 - 46
66chain 'A' and (resid 962 through 980 )AA962 - 98047 - 65
77chain 'A' and (resid 981 through 999 )AA981 - 99966 - 84
88chain 'A' and (resid 1000 through 1011 )AA1000 - 101185 - 96
99chain 'A' and (resid 1012 through 1025 )AA1012 - 102597 - 110
1010chain 'A' and (resid 1026 through 1035 )AA1026 - 1035111 - 120
1111chain 'A' and (resid 1036 through 1048 )AA1036 - 1048121 - 133
1212chain 'B' and (resid 916 through 930 )BC916 - 9301 - 15
1313chain 'B' and (resid 931 through 953 )BC931 - 95316 - 38
1414chain 'B' and (resid 954 through 980 )BC954 - 98039 - 65
1515chain 'B' and (resid 981 through 999 )BC981 - 99966 - 84
1616chain 'B' and (resid 1000 through 1006 )BC1000 - 100685 - 91
1717chain 'B' and (resid 1007 through 1011 )BC1007 - 101192 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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