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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p87 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of YTHDC1 with compound YLI_DC1_001 | ||||||||||||
![]() | YTH domain-containing protein 1 | ||||||||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / Inhibitor / complex / m6A | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / dosage compensation by inactivation of X chromosome / mRNA splice site recognition / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / dosage compensation by inactivation of X chromosome / mRNA splice site recognition / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome / spermatogenesis / in utero embryonic development / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Bedi, R.K. / Li, Y. / Dolbois, A. / Caflisch, A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1 著者: Li, Y. / Bedi, R.K. / Nai, F. / von Roten, V. / Dolbois, A. / Zalesak, F. / Nachawati, R. / Huang, D. / Caflisch, A. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ykeC ![]() 6ykiC ![]() 6ykjC ![]() 6ykzC ![]() 6yl8C ![]() 6yl9C ![]() 6yniC ![]() 6ynjC ![]() 6ynkC ![]() 6ynlC ![]() 6ynmC ![]() 6ynpC ![]() 6yoqC ![]() 7p88C ![]() 7p8aC ![]() 7p8bC ![]() 7p8fC ![]() 7pj7C ![]() 7pj8C ![]() 7pj9C ![]() 7pjaC ![]() 7pjbC ![]() 7pjpC ![]() 7pjqC ![]() 4r3hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20967.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.51 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→40.64 Å / Num. obs: 78147 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 13.48 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.38 Å / Num. unique obs: 12188 / CC1/2: 0.697 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4R3H 解像度: 1.3→40.64 Å / SU ML: 0.1409 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.9745 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→40.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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