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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p44 | ||||||
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タイトル | Structure of CgGBE in P21212 space group | ||||||
要素 | 1,4-alpha-glucan-branching enzyme | ||||||
キーワード | CARBOHYDRATE / glycogen branching enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cation binding / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / : / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / fungal biofilm matrix / glycogen biosynthetic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candida glabrata (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Ballut, L. / Conchou, L. / Violot, S. / Galisson, F. / Aghajari, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022 タイトル: The Candida glabrata glycogen branching enzyme structure reveals unique features of branching enzymes of the Saccharomycetaceae phylum. 著者: Conchou, L. / Martin, J. / Goncalves, I.R. / Galisson, F. / Violot, S. / Guilliere, F. / Aghajari, N. / Ballut, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p44.cif.gz | 560.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p44.ent.gz | 463.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p44.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p44_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p44_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7p44_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p44_validation.cif.gz | 44.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p44 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7p43C 7p45C 4bzyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81143.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類) 株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: GLC3, CAGL0M03377g / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: Q6FJV0, 1,4-alpha-glucan branching enzyme #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M trisodium citrate pH 5.6, 10% PEG 4000, 10% isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→46.85 Å / Num. obs: 65906 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 6.62 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique obs: 7507 / CC1/2: 0.777 / Rrim(I) all: 0.854 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BZY 解像度: 2.4→46.85 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 126.59 Å2 / Biso mean: 54.7203 Å2 / Biso min: 20.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→46.85 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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