PDB-7p43: Structure of CgGBE in complex with maltotriose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p43

タイトル

Structure of CgGBE in complex with maltotriose

要素

1,4-alpha-glucan-branching enzyme

キーワード

CARBOHYDRATE / glycogen branching enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

cation binding / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / glycogenin glucosyltransferase activity / fungal biofilm matrix / glycogen biosynthetic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Ballut, L. / Conchou, L. / Violot, S. / Galisson, F. / Aghajari, N.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022
タイトル: The Candida glabrata glycogen branching enzyme structure reveals unique features of branching enzymes of the Saccharomycetaceae phylum.
著者: Conchou, L. / Martin, J. / Goncalves, I.R. / Galisson, F. / Violot, S. / Guilliere, F. / Aghajari, N. / Ballut, L.

履歴

登録	2021年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p43.cif.gz	556.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p43.ent.gz	456 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p43.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p43_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p43_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7p43_validation.xml.gz	54.9 KB	表示
CIF形式データ	7p43_validation.cif.gz	80.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p43	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p44C 7p45C 4bzyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (5) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme

B: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme

ヘテロ分子

163 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
81.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.720, 210.700, 90.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質

1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycogen-branching enzyme

分子量: 81143.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類)
株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: GLC3, CAGL0M03377g / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: Q6FJV0, 1,4-alpha-glucan branching enzyme

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M trisodium citrate pH 5.6, 10% PEG 4000, 10% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→47.05 Å / Num. obs: 128265 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 13.38
反射シェル	解像度: 1.93→2.04 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 20066 / CC_1/2: 0.86 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BZY

4bzy

解像度: 1.93→47.05 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2175	6404	5 %
R_work	0.192	121704	-
obs	0.1932	128108	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 270.38 Å² / B_iso mean: 56.9376 Å² / B_iso min: 23.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→47.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10881	0	68	692	11641
B_iso mean	-	-	93.84	48.22	-
残基数	-	-	-	-	1377

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.93-1.95	0.5195	185	0.4886	3498	3683	88
1.95-1.97	0.3986	215	0.4147	4083	4298	100
1.97-1.99	0.3303	211	0.3574	3995	4206	100
1.99-2.02	0.3597	211	0.3189	4011	4222	100
2.02-2.05	0.3129	213	0.2983	4037	4250	100
2.05-2.07	0.3363	211	0.2891	4002	4213	100
2.07-2.1	0.3079	215	0.2642	4076	4291	100
2.1-2.14	0.2885	209	0.2582	3991	4200	100
2.14-2.17	0.2666	211	0.2469	4025	4236	100
2.17-2.2	0.2805	212	0.2383	4031	4243	100
2.2-2.24	0.2659	213	0.2281	4041	4254	100
2.24-2.28	0.2355	213	0.2177	4046	4259	100
2.28-2.33	0.2542	213	0.204	4042	4255	100
2.33-2.37	0.2251	212	0.1956	4061	4273	100
2.37-2.43	0.2735	212	0.2045	4028	4240	100
2.43-2.48	0.2314	214	0.1956	4076	4290	100
2.48-2.55	0.2414	213	0.19	4044	4257	100
2.55-2.61	0.2486	214	0.1911	4072	4286	100
2.61-2.69	0.2284	214	0.1911	4056	4270	100
2.69-2.78	0.2434	213	0.1914	4059	4272	100
2.78-2.88	0.2289	215	0.1959	4078	4293	100
2.88-2.99	0.2407	214	0.203	4062	4276	100
2.99-3.13	0.2339	216	0.1946	4105	4321	100
3.13-3.29	0.2238	215	0.187	4090	4305	100
3.29-3.5	0.2045	216	0.1829	4098	4314	100
3.5-3.77	0.1809	216	0.1619	4119	4335	100
3.77-4.15	0.1697	218	0.1491	4135	4353	100
4.15-4.75	0.1473	217	0.1352	4160	4377	100
4.75-5.98	0.1751	222	0.1637	4204	4426	100
5.98-47.05	0.1846	231	0.1781	4379	4610	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1397	0.0321	-0.1634	0.1612	0.162	0.2435	0.0386	-0.1461	0.1944	0.2197	0.0069	0.2994	0.0081	-0.1093	0.0002	0.3429	-0.0022	0.0307	0.2954	0.0256	0.3333	-5.073	18.231	59.066
2	0.5297	0.3454	-0.0367	1.0156	-0.1667	-0.0014	-0.015	0.0507	-0.0824	0.0461	0.0066	-0.147	0.0055	0.0045	0	0.2986	0.0099	-0.0281	0.2903	-0.0014	0.2306	16.452	17.345	51.608
3	0.0642	-0.0058	0.1758	0.2481	0.0768	0.19	-0.1326	0.1891	0.0312	-0.0384	0.0641	-0.0347	0.0979	-0.0052	-0	0.2885	0.0008	-0.0224	0.3544	0.0635	0.4272	21.52	44.093	39.248
4	0.4853	0.1849	-0.1106	0.4116	0.1659	0.2425	-0.0544	0.0316	0.3021	0.043	0.0475	-0.0614	0.0361	0.0392	0	0.2685	-0.009	-0.021	0.2813	0.026	0.4045	21.171	50.776	47.203
5	0.0885	-0.0364	0.0726	0.0602	-0.0298	0.1422	0.0537	0.1178	0.6403	-0.1085	0.1341	0.0057	-0.0405	-0.096	-0.0002	0.2668	-0.0024	0.0073	0.2784	-0.0032	0.6324	11.131	66.201	53.256
6	0.1364	-0.1259	-0.1263	0.1668	-0.0235	0.2688	0.1272	0.0805	-0.0659	-0.0101	-0.0236	-0.1089	0.1918	0.0149	0	0.553	-0.0201	-0.0304	0.4624	0.0263	0.2925	36.309	9.522	19.66
7	0.2832	0.0423	0.0568	0.0469	0.085	0.1682	0.1557	0.109	0.1802	-0.1506	-0.0268	-0.643	0.0621	-0.0531	-0	0.5427	0.0268	0.1524	0.5187	0.0568	0.6023	56.368	19.422	10.983
8	0.4534	0.0458	-0.0271	0.1498	0.1661	0.2223	0.164	0.2124	0.7617	-0.1558	-0.0132	0.0132	-0.0045	-0.068	-0.0125	0.5083	0.0664	0.0946	0.5783	0.2505	0.5855	32.281	34.749	10.575
9	0.5886	-0.0738	0.2152	0.3876	-0.1894	0.2073	0.1768	0.4139	0.2961	-0.2073	-0.1429	0.0322	0.0789	-0.1179	0.0899	0.5531	0.1021	-0.0202	0.7671	0.1576	0.1868	23.061	22.176	2.543
10	0.0948	-0.0366	-0.04	0.3594	-0.0037	0.0759	0.3434	0.4578	0.797	-0.2398	-0.1408	0.2603	0.0467	-0.0691	0.0687	0.6064	0.1849	0.0114	0.981	0.5045	0.9378	6.667	41.605	2.722

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 19:60 )	A	19 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 61:469 )	A	61 - 469
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 470:519 )	A	470 - 519
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 520:677 )	A	520 - 677
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 678:706 )	A	678 - 706
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 24:81 )	B	24 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 82:176 )	B	82 - 176
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 177:270 )	B	177 - 270
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 271:535 )	B	271 - 535
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 536:706 )	B	536 - 706

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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