PDB-7p44: Structure of CgGBE in P21212 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p44

タイトル

Structure of CgGBE in P21212 space group

要素

1,4-alpha-glucan-branching enzyme

キーワード

CARBOHYDRATE / glycogen branching enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

cation binding / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / glycogenin glucosyltransferase activity / fungal biofilm matrix / glycogen biosynthetic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Ballut, L. / Conchou, L. / Violot, S. / Galisson, F. / Aghajari, N.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022
タイトル: The Candida glabrata glycogen branching enzyme structure reveals unique features of branching enzymes of the Saccharomycetaceae phylum.
著者: Conchou, L. / Martin, J. / Goncalves, I.R. / Galisson, F. / Violot, S. / Guilliere, F. / Aghajari, N. / Ballut, L.

履歴

登録	2021年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p44.cif.gz	560.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p44.ent.gz	463.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p44_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p44_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7p44_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	7p44_validation.cif.gz	44.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p43C 7p45C 4bzyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (5) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme

B: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme

ヘテロ分子

163 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
81.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	210.026, 88.615, 89.723
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycogen-branching enzyme 分子量: 81143.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類) 株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: GLC3, CAGL0M03377g / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: Q6FJV0, 1,4-alpha-glucan branching enzyme
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M trisodium citrate pH 5.6, 10% PEG 4000, 10% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→46.85 Å / Num. obs: 65906 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_rim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 6.62
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique obs: 7507 / CC_1/2: 0.777 / R_rim(I) all: 0.854

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BZY

4bzy

解像度: 2.4→46.85 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2475	3291	5 %
R_work	0.2107	62570	-
obs	0.2126	65861	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.59 Å² / B_iso mean: 54.7203 Å² / B_iso min: 20.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→46.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11089	0	16	406	11511
B_iso mean	-	-	40.44	43.82	-
残基数	-	-	-	-	1387

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.4073	136	0.3636	2573	100
2.43-2.47	0.3461	134	0.3337	2594	99
2.47-2.51	0.42	135	0.3149	2555	100
2.51-2.55	0.3159	135	0.2926	2574	100
2.55-2.59	0.3254	136	0.2957	2586	100
2.59-2.64	0.3803	137	0.2816	2597	100
2.64-2.69	0.3257	137	0.2672	2595	100
2.69-2.75	0.2923	135	0.2475	2572	100
2.75-2.81	0.3052	136	0.253	2611	100
2.81-2.87	0.3107	137	0.2397	2591	100
2.87-2.94	0.2748	136	0.2435	2585	100
2.94-3.02	0.2959	137	0.2564	2593	100
3.02-3.11	0.3236	135	0.2605	2592	100
3.11-3.21	0.2962	138	0.2432	2626	100
3.21-3.33	0.3025	138	0.2336	2610	100
3.33-3.46	0.2487	137	0.2092	2612	100
3.46-3.62	0.2723	137	0.1964	2603	100
3.62-3.81	0.2086	139	0.1872	2624	100
3.81-4.05	0.1962	138	0.1764	2626	99
4.05-4.36	0.1845	137	0.1564	2598	99
4.36-4.8	0.1488	138		2629	99
4.8-5.49	0.208	139	0.167	2649	99
5.49-6.92	0.2017	141	0.1874	2676	98
6.92-10	0.1972	143	0.1704	2699	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0863	0.0101	-0.0867	0.0383	-0.0617	0.1399	-0.0106	0.0189	-0.2597	0.0714	0.1237	0.0947	0.0444	0.0586	-0	0.2937	-0.0243	-0.0046	0.292	0.0476	0.4603	-26.255	-12.414	-35.978
2	0.1073	-0.0171	0.0621	0.0147	-0.0033	0.0204	-0.0616	-0.2195	0.06	0.0524	0.0259	-0.3143	0.0469	0.051	0	0.2855	0.0133	-0.0092	0.3734	-0.0457	0.2946	-3.341	12.239	-27.694
3	0.0777	0.0309	0.0939	0.0922	0.002	0.1424	-0.0407	-0.0218	0.2137	-0.0739	-0.0752	-0.4297	0.032	0.1738	-0.0033	0.2423	-0.0118	-0.024	0.2965	-0.0503	0.5453	5.584	20.858	-34.825
4	0.099	-0.1171	-0.0648	0.1142	0.0609	0.0242	-0.0134	-0.1292	0.0837	0.087	0.0389	-0.149	0.0432	-0.0589	0	0.2906	-0.0107	0.0146	0.3136	-0.0376	0.4006	-15.947	24.499	-33.532
5	0.3472	-0.1504	0.1372	0.1299	-0.1369	0.0159	0.0048	-0.034	0.1582	-0.0212	0.0208	-0.081	-0.0109	0.0265	-0	0.2464	-0.0043	0.0124	0.2667	-0.0206	0.2644	-21.348	14.855	-39.761
6	0.1445	-0.1045	-0.0323	0.194	0.1816	0.124	0.0454	0.0893	0.1708	-0.1975	-0.142	0.0298	0.0195	0.0996	0	0.3279	-0.0018	-0.0177	0.2865	0.0063	0.4551	-42.163	11.088	-49.331
7	0.2818	-0.1745	-0.0386	0.273	0.0127	-0.0255	0.0239	-0.0387	0.1063	-0.0543	-0.0705	0.1415	0.0162	0.0363	0	0.2708	0.0195	-0.014	0.2451	-0.0101	0.3836	-45.586	24.285	-46.113
8	0.1422	0.059	0.0463	0.0428	0.0929	0.2303	0.0496	0.0297	0.0849	-0.0201	0.0316	0.4036	0.0015	-0.0397	-0	0.2628	0.0101	0.0145	0.2561	0.0099	0.6457	-64.044	15.824	-38.351
9	0.9076	-0.0325	-0.0286	0.7463	-0.2947	0.1992	-0.0166	0.1165	0.1557	-0.1121	0.0821	0.1207	0.0287	0.0518	-0	0.405	0.0063	-0.0692	0.4196	0.0274	0.3214	-20.65	39.166	-78.796
10	0.0863	-0.0316	0.0264	0.1226	-0.0479	0.0196	0.0221	0.3166	-0.1124	-0.279	0.0679	0.0264	0.1505	0.0888	-0.0003	0.5794	0.0133	-0.0462	0.6218	-0.1465	0.2413	-13.139	20.098	-84.713
11	0.2646	0.0535	0.1402	0.1536	-0.0341	0.0797	-0.0333	0.1052	-0.201	-0.3124	0.2312	0.3036	0.0846	0.0521	0.1036	0.7992	-0.0789	-0.388	0.5048	-0.0631	0.742	-40.002	7.942	-89.895

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:43 )	A	1 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 44:91 )	A	44 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 92:146 )	A	92 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 147:196 )	A	147 - 196
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 197:430 )	A	197 - 430
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 431:502 )	A	431 - 502
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 503:625 )	A	503 - 625
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 626:706 )	A	626 - 706
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 6:359 )	B	6 - 359
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 360:444 )	B	360 - 444
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 445:705 )	B	445 - 705

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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