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- PDB-7p43: Structure of CgGBE in complex with maltotriose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p43
タイトルStructure of CgGBE in complex with maltotriose
要素1,4-alpha-glucan-branching enzyme
キーワードCARBOHYDRATE / glycogen branching enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


cation binding / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / : / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / starch metabolic process / fungal biofilm matrix / glycogen biosynthetic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cytosol
類似検索 - 分子機能
1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Immunoglobulin E-set ...1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Ballut, L. / Conchou, L. / Violot, S. / Galisson, F. / Aghajari, N.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022
タイトル: The Candida glabrata glycogen branching enzyme structure reveals unique features of branching enzymes of the Saccharomycetaceae phylum.
著者: Conchou, L. / Martin, J. / Goncalves, I.R. / Galisson, F. / Violot, S. / Guilliere, F. / Aghajari, N. / Ballut, L.
履歴
登録2021年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme
B: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,2974
ポリマ－162,2882
非ポリマー1,0092
水12,466692
1
A: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6482
ポリマ－81,1441
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6482
ポリマ－81,1441
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.720, 210.700, 90.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycogen-branching enzyme


分子量: 81143.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類)
株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: GLC3, CAGL0M03377g / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: Q6FJV0, 1,4-alpha-glucan branching enzyme
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M trisodium citrate pH 5.6, 10% PEG 4000, 10% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→47.05 Å / Num. obs: 128265 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 13.38
反射 シェル解像度: 1.93→2.04 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 20066 / CC1/2: 0.86 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BZY

4bzy


解像度: 1.93→47.05 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2175 6404 5 %
Rwork0.192 121704 -
obs0.1932 128108 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 270.38 Å2 / Biso mean: 56.9376 Å2 / Biso min: 23.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→47.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10881 0 68 692 11641
Biso mean--93.84 48.22 -
残基数----1377
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.93-1.950.51951850.48863498368388
1.95-1.970.39862150.414740834298100
1.97-1.990.33032110.357439954206100
1.99-2.020.35972110.318940114222100
2.02-2.050.31292130.298340374250100
2.05-2.070.33632110.289140024213100
2.07-2.10.30792150.264240764291100
2.1-2.140.28852090.258239914200100
2.14-2.170.26662110.246940254236100
2.17-2.20.28052120.238340314243100
2.2-2.240.26592130.228140414254100
2.24-2.280.23552130.217740464259100
2.28-2.330.25422130.20440424255100
2.33-2.370.22512120.195640614273100
2.37-2.430.27352120.204540284240100
2.43-2.480.23142140.195640764290100
2.48-2.550.24142130.1940444257100
2.55-2.610.24862140.191140724286100
2.61-2.690.22842140.191140564270100
2.69-2.780.24342130.191440594272100
2.78-2.880.22892150.195940784293100
2.88-2.990.24072140.20340624276100
2.99-3.130.23392160.194641054321100
3.13-3.290.22382150.18740904305100
3.29-3.50.20452160.182940984314100
3.5-3.770.18092160.161941194335100
3.77-4.150.16972180.149141354353100
4.15-4.750.14732170.135241604377100
4.75-5.980.17512220.163742044426100
5.98-47.050.18462310.178143794610100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13970.0321-0.16340.16120.1620.24350.0386-0.14610.19440.21970.00690.29940.0081-0.10930.00020.3429-0.00220.03070.29540.02560.3333-5.07318.23159.066
20.52970.3454-0.03671.0156-0.1667-0.0014-0.0150.0507-0.08240.04610.0066-0.1470.00550.004500.29860.0099-0.02810.2903-0.00140.230616.45217.34551.608
30.0642-0.00580.17580.24810.07680.19-0.13260.18910.0312-0.03840.0641-0.03470.0979-0.0052-00.28850.0008-0.02240.35440.06350.427221.5244.09339.248
40.48530.1849-0.11060.41160.16590.2425-0.05440.03160.30210.0430.0475-0.06140.03610.039200.2685-0.009-0.0210.28130.0260.404521.17150.77647.203
50.0885-0.03640.07260.0602-0.02980.14220.05370.11780.6403-0.10850.13410.0057-0.0405-0.096-0.00020.2668-0.00240.00730.2784-0.00320.632411.13166.20153.256
60.1364-0.1259-0.12630.1668-0.02350.26880.12720.0805-0.0659-0.0101-0.0236-0.10890.19180.014900.553-0.0201-0.03040.46240.02630.292536.3099.52219.66
70.28320.04230.05680.04690.0850.16820.15570.1090.1802-0.1506-0.0268-0.6430.0621-0.0531-00.54270.02680.15240.51870.05680.602356.36819.42210.983
80.45340.0458-0.02710.14980.16610.22230.1640.21240.7617-0.1558-0.01320.0132-0.0045-0.068-0.01250.50830.06640.09460.57830.25050.585532.28134.74910.575
90.5886-0.07380.21520.3876-0.18940.20730.17680.41390.2961-0.2073-0.14290.03220.0789-0.11790.08990.55310.1021-0.02020.76710.15760.186823.06122.1762.543
100.0948-0.0366-0.040.3594-0.00370.07590.34340.45780.797-0.2398-0.14080.26030.0467-0.06910.06870.60640.18490.01140.9810.50450.93786.66741.6052.722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 19:60 )A19 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 61:469 )A61 - 469
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 470:519 )A470 - 519
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 520:677 )A520 - 677
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 678:706 )A678 - 706
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 24:81 )B24 - 81
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 82:176 )B82 - 176
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 177:270 )B177 - 270
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 271:535 )B271 - 535
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 536:706 )B536 - 706

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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