+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7p43 | ||||||
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Title | Structure of CgGBE in complex with maltotriose | ||||||
Components | 1,4-alpha-glucan-branching enzyme | ||||||
Keywords | CARBOHYDRATE / glycogen branching enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information starch metabolic process / cation binding / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / : / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / fungal biofilm matrix / glycogen biosynthetic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Candida glabrata (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.93 Å | ||||||
Authors | Ballut, L. / Conchou, L. / Violot, S. / Galisson, F. / Aghajari, N. | ||||||
Citation | Journal: Glycobiology / Year: 2022 Title: The Candida glabrata glycogen branching enzyme structure reveals unique features of branching enzymes of the Saccharomycetaceae phylum. Authors: Conchou, L. / Martin, J. / Goncalves, I.R. / Galisson, F. / Violot, S. / Guilliere, F. / Aghajari, N. / Ballut, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7p43.cif.gz | 556.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7p43.ent.gz | 456 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7p43.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p43 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7p44C 7p45C 4bzyS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 81143.859 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (fungus) Strain: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 Gene: GLC3, CAGL0M03377g / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): T7 Express References: UniProt: Q6FJV0, 1,4-alpha-glucan branching enzyme #2: Polysaccharide | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: evaporation / pH: 5.6 Details: 0.1M trisodium citrate pH 5.6, 10% PEG 4000, 10% isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.978 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 31, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.93→47.05 Å / Num. obs: 128265 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 13.38 |
Reflection shell | Resolution: 1.93→2.04 Å / Redundancy: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 20066 / CC1/2: 0.86 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4BZY Resolution: 1.93→47.05 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 270.38 Å2 / Biso mean: 56.9376 Å2 / Biso min: 23.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.93→47.05 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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