PDB-7p3v: B-Raf V600E structure bound to a new inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p3v

タイトル

B-Raf V600E structure bound to a new inhibitor

要素

Serine/threonine-protein kinase B-raf

キーワード

ONCOPROTEIN / Inhibitor complex / drug design / domain swapping

機能・相同性

機能・相同性情報

CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of axonogenesis / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / face development / MAP kinase kinase activity / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / response to cAMP / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to calcium ion / substrate adhesion-dependent cell spreading / thymus development / cellular response to nerve growth factor stimulus / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / visual learning / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / T cell differentiation in thymus / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Schneider, M. / Gelin, M. / Cohen-Gonsaud, M. / Labesse, G.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Based and Knowledge-Informed Design of B-Raf Inhibitors Devoid of Deleterious PXR Binding.
著者: Schneider, M. / Delfosse, V. / Gelin, M. / Grimaldi, M. / Granell, M. / Heriaud, L. / Pons, J.L. / Cohen Gonsaud, M. / Balaguer, P. / Bourguet, W. / Labesse, G.

履歴

登録	2021年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / refine Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.2	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p3v.cif.gz	276 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p3v.ent.gz	188.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7p3v_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p3v_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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CIF形式データ	7p3v_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6hj2C 4xv2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ky3-d 6zla-2 4iti-d 4ncz-d 4pmy-d 4mhd-d 1p6v-d 4mi4-d 1qy9-1 3fjw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (17) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (11) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (6) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (3) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase B-raf

B: Serine/threonine-protein kinase B-raf

ヘテロ分子

63.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.632, 104.854, 109.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.863872099944, 0.46717574638, -0.188339631867), (0.473120514101, 0.880871707571, 0.014900132163), (0.17286403349, -0.0762355349932, -0.981990921104)ベクター: 22. ...

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1 分子量: 31420.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-5I4 / ~{N}-[3-[5-(2-azanylpyrimidin-4-yl)-2-[(3~{S})-morpholin-3-yl]-1,3-thiazol-4-yl]-2-fluoranyl-phenyl]-2,5-bis(fluoranyl)benzenesulfonamide 分子量: 548.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₉F₃N₆O₃S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM BisTrisPropane, 20% PEG 3350, and 250 mM Na-formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→48.55 Å / Num. obs: 47486 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 55.77 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/av σ(I): 9.84 / Net I/σ(I): 9.84
反射シェル	解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 4643 / CC_1/2: 0.37 / CC star: 0.735 / R_pim(I) all: 0.9099 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XV2

4xv2

解像度: 2.37→48.55 Å / SU ML: 0.404 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.4461
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2469	3774	7.96 %	Random selection
R_work	0.195	43664	-	-
obs	0.1991	47438	99.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→48.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4191	0	74	125	4390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0085	4363
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0569	5900
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0554	633
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.1064	586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.37-2.4	0.4425	153	0.4076	1564	X-RAY DIFFRACTION	95.55
2.4-2.43	0.4322	137	0.3817	1573	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.43-2.46	0.3905	133	0.3711	1606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5	0.3239	133	0.3479	1674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.54	0.3256	153	0.2924	1579	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.54-2.58	0.2766	121	0.2851	1606	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.58-2.62	0.3627	147	0.2768	1655	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.62-2.66	0.3387	155	0.279	1596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.71	0.3138	119	0.2699	1639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.3274	135	0.2535	1657	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.77-2.82	0.2915	142	0.2491	1601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.88	0.3274	134	0.242	1617	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.88-2.95	0.2719	150	0.2498	1601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.02	0.3011	128	0.2489	1640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.11	0.2843	150	0.2237	1616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.2	0.2988	128	0.1997	1615	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.2-3.3	0.2398	153	0.1893	1632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.42	0.2224	146	0.1776	1605	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.42-3.55	0.2429	131	0.1729	1648	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.55-3.72	0.231	143	0.1686	1612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-3.91	0.2522	137	0.1634	1642	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.91-4.16	0.2177	139	0.1568	1580	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.48	0.1773	148	0.1348	1632	X-RAY DIFFRACTION	100
4.48-4.93	0.2243	147	0.1513	1596	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.93-5.64	0.196	124	0.1666	1647	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.64-7.1	0.2405	144	0.2009	1616	X-RAY DIFFRACTION	99.94
7.1-48.55	0.2167	144	0.1822	1615	X-RAY DIFFRACTION	99.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.10213942742	1.62088605933	0.908276786524	4.67552493784	-0.522230536149	5.43503670618	-0.0343303093091	0.804124544987	0.074784128337	-0.406009663522	-0.0433628579538	0.480338916589	-0.0066742005798	-0.693214223272	0.0978486572792	0.483866806932	0.0562575826577	-0.0216253013952	0.576879800108	-0.0190369503694	0.399645803962	19.5106949132	5.23326953889	-22.4685296156
2	2.25180233267	-0.514829304587	1.17302589462	4.48749643647	0.546114477288	4.43058778578	-0.0139373333654	0.100645310036	-0.147953299977	0.460282167046	0.217815899061	-0.355400358801	0.328950099441	0.283669295419	-0.204598088844	0.471185206186	-0.0406919725283	-0.052704154175	0.470932426579	-0.0659148364538	0.424232919075	27.6754886899	-8.84271431045	-15.3970639418
3	2.77649556207	1.05361109572	4.82280248681	-0.0262148856308	0.640657071003	5.52178559143	0.299568468399	-0.0207141024122	-0.16477497904	-0.00795232360294	0.0779885855441	-0.177522811803	0.118668292574	-0.328503957094	-0.343759313399	0.604547666019	-0.0343285492923	-0.0730251004705	0.711537503678	0.0355064762214	0.564761451998	10.0367245265	-15.526825796	-29.5287921323
4	3.23973346216	0.459666004738	-0.128407754072	4.02593279094	2.73153666639	6.7777933861	0.217245363383	-0.224825775429	-0.444333073277	1.1694300539	0.193649478946	-0.310639870292	1.23881947397	0.396371388281	-0.270734660694	0.820329041253	0.0300288639707	-0.129904644092	0.447671801834	0.0124913877366	0.646430119782	27.9716391924	-27.1093592483	-19.4080337681
5	1.95742853034	-0.727393956667	0.975373852182	4.35771728634	0.679186569546	5.28160086971	-0.181161963169	-0.328693886261	0.135844568863	0.52471181844	0.147363273458	-0.318635887545	-0.591907173229	0.649759073155	0.204584830178	0.738444924322	-0.114330564552	-0.0887494991276	0.849532683024	-0.047824304095	0.522512863625	12.6705655124	5.36406689142	-48.0932873978
6	3.01339413797	1.32344548099	-1.19144889406	3.98779972633	-0.791718964114	2.83378312823	0.102155068236	-0.361031292405	0.233273079753	0.296775664405	-0.127130638861	0.253577900266	-0.821749301673	-0.0493507310338	0.0245686123856	0.508489444257	0.0526857743313	-0.037463651562	0.535260220596	-0.013046390187	0.385353880729	-2.37210160629	-2.96500837934	-52.803313869
7	8.05238223079	-3.51816715952	9.38664163034	0.839989428212	-3.4396571065	7.53710705055	0.226343105111	1.33549481804	0.936389737401	-0.254536488376	-0.491403652763	-0.00227075843416	0.198781494139	0.818083941617	0.175192313862	0.709662643241	0.0365205322911	0.00136157112623	0.896609783421	0.0883442522226	0.769544529423	17.1677351581	-15.6023301891	-37.9419937063
8	5.23498799753	0.109147287567	-1.04336071744	5.92059829137	-2.63868762257	7.89273685066	0.0678691217682	-0.25435984791	-0.431507004161	-0.104061692059	0.124607290403	0.240814517214	0.120400009616	-0.50020295893	-0.0350533200333	0.345981309074	-0.0183968989111	-0.00357490093167	0.545917960046	-0.0135883452291	0.49413415556	-10.0821527577	-19.2844748674	-47.5243959585

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 447 through 507 )	A	A	447 - 507	1 - 61
2	2	chain 'A' and (resid 508 through 587 )	A	A	508 - 587	62 - 141
3	3	chain 'A' and (resid 588 through 634 )	A	A	588 - 634	142 - 171
4	4	chain 'A' and (resid 635 through 721 )	A	A	635 - 721	172 - 258
5	5	chain 'B' and (resid 448 through 507 )	B	B	448 - 507	1 - 60
6	6	chain 'B' and (resid 508 through 592 )	B	B	508 - 592	61 - 145
7	7	chain 'B' and (resid 593 through 634 )	B	B	593 - 634	146 - 187
8	8	chain 'B' and (resid 635 through 719 )	B	B	635 - 719	188 - 272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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