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- PDB-7p3h: Peptide HC02 - Lanthanide Selectivity Engineered into Structurall... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p3h
タイトルPeptide HC02 - Lanthanide Selectivity Engineered into Structurally Characterized Designed Coiled Coils
要素Peptide HC02
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / lanthanide / de novo / coiled coil / peptide design
機能・相同性TERBIUM(III) ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者White, S.A. / Peacock, A.F.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Defence Science and Technology Laboratory (DSTL) 英国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Location-Dependent Lanthanide Selectivity Engineered into Structurally Characterized Designed Coiled Coils.
著者: Slope, L.N. / Daubney, O.J. / Campbell, H. / White, S.A. / Peacock, A.F.A.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide HC02
B: Peptide HC02
C: Peptide HC02
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1289
ポリマ－12,4553
非ポリマー6736
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Tb-binding assay, data fit to a 3:1 (peptide:Tb) model
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area7690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.040, 103.040, 46.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Peptide HC02


分子量: 4151.735 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: Rectangular plate-like crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Drop solution: 16 mg mL-1 synthetic peptide HC02, 6 mM TbCl3 and 5 mM Zn(OAc)2) Reservoir solution: 0.21 M NH4Cl, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.5 Å / Num. obs: 49925 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 54.01 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07557 / Rpim(I) all: 0.03896 / Rrim(I) all: 0.08523 / Net I/σ(I): 13.24
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4503 / Num. unique obs: 1075 / CC1/2: 0.927 / CC star: 0.981 / R split: 2.76 / Rpim(I) all: 0.2316 / Rrim(I) all: 0.5076 / % possible all: 99.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.17.1精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished data

解像度: 2.1→41.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2339 1132 5.33 %Random
Rwork0.2098 ---
obs0.2109 10818 98.12 %-
原子変位パラメータBiso mean: 87.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数879 0 6 68 953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00761181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0435127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2669359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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