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万見
- PDB-7p3b: Human RNA ligase RTCB in complex with GMP and Co(II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p3b
タイトルHuman RNA ligase RTCB in complex with GMP and Co(II)
要素RNA-splicing ligase RtcB homolog
キーワードLIGASE / tRNA splicing ligase / HSPC117 / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-splicing ligase complex / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / vinculin binding / tRNA processing in the nucleus / placenta development / nuclear envelope / in utero embryonic development / intracellular membrane-bounded organelle ...tRNA-splicing ligase complex / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / vinculin binding / tRNA processing in the nucleus / placenta development / nuclear envelope / in utero embryonic development / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-splicing ligase RtcB homologue, eukaryotic / Uncharacterized protein family UPF0027 signature. / RNA-splicing ligase, RtcB / tRNA-splicing ligase RtcB-like superfamily / tRNA-splicing ligase RtcB
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ACETATE ION / : / FORMIC ACID / RNA-splicing ligase RtcB homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kroupova, A. / Ackle, F. / Jinek, M.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
University of ZurichFK-18-033 スイス
Swiss National Science FoundationNational Competence Center for Research (NCCR) RNA & Disease スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Molecular architecture of the human tRNA ligase complex.
著者: Kroupova, A. / Ackle, F. / Asanovic, I. / Weitzer, S. / Boneberg, F.M. / Faini, M. / Leitner, A. / Chui, A. / Aebersold, R. / Martinez, J. / Jinek, M.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-splicing ligase RtcB homolog
B: RNA-splicing ligase RtcB homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,20715
ポリマ－110,8512
非ポリマー1,35613
水5,350297
1
A: RNA-splicing ligase RtcB homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9064
ポリマ－55,4251
非ポリマー4813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA-splicing ligase RtcB homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,30111
ポリマ－55,4251
非ポリマー87510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.906, 96.906, 227.137
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-747-

HOH

21A-841-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGCYSCYS(chain 'A' and (resid 3 through 50 or (resid 51...AA3 - 545 - 56
12GLYGLYALAALA(chain 'A' and (resid 3 through 50 or (resid 51...AA60 - 43362 - 435
13ASPASPLYSLYS(chain 'A' and (resid 3 through 50 or (resid 51...AA444 - 504446 - 506
145GP5GP5GP5GP(chain 'A' and (resid 3 through 50 or (resid 51...AC601
25ARGARGCYSCYS(chain 'B' and (resid 3 through 16 or (resid 17...BB3 - 545 - 56
26GLYGLYALAALA(chain 'B' and (resid 3 through 16 or (resid 17...BB60 - 43362 - 435
27ASPASPLYSLYS(chain 'B' and (resid 3 through 16 or (resid 17...BB444 - 504446 - 506
285GP5GP5GP5GP(chain 'B' and (resid 3 through 16 or (resid 17...BF601

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RNA-splicing ligase RtcB homolog / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase


分子量: 55425.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal SNA is the affinity tag cleavage scar / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTCB, C22orf28, HSPC117
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y3I0, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase

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非ポリマー , 6種, 310分子

#2: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.6 M sodium formate, 14% (w/v) PEG 4000, 5 mM cobalt(II) chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.99 Å / Num. obs: 48937 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.3 % / Biso Wilson estimate: 40.63 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 25.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4769 / CC1/2: 0.548 / Rpim(I) all: 0.648 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1uc2

1uc2


解像度: 2.3→48.99 Å / SU ML: 0.2908 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.9019
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 2447 5 %
Rwork0.1921 46465 -
obs0.1935 48912 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7487 0 78 297 7862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02277702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.676310418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.24271155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00961368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.70282810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.350.35811390.31442653X-RAY DIFFRACTION98.9
2.35-2.40.32231420.28562688X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.450.27721410.28022674X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.520.28631410.26532678X-RAY DIFFRACTION99.86
2.52-2.580.25921420.24432699X-RAY DIFFRACTION99.96
2.58-2.660.2771420.23922697X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.750.24361430.22232716X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.840.26421420.21852696X-RAY DIFFRACTION99.89
2.84-2.960.25051420.22152707X-RAY DIFFRACTION99.93
2.96-3.090.2831430.21092704X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.250.20441430.18722727X-RAY DIFFRACTION99.9
3.25-3.460.18441440.17712735X-RAY DIFFRACTION99.97
3.46-3.730.20831450.16452740X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.10.18241450.14782754X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.690.16491460.13072781X-RAY DIFFRACTION99.97
4.69-5.910.16631490.16142823X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2698477193330.07669670184130.01652948296940.989222395995-0.3442115019250.79826112723-0.0200064535151-0.01356843132980.0459484417241-0.0904086524511-0.0526456168219-0.08027455305240.08235972833860.0513595213832-1.84529616199E-50.24927107957-0.01564684778110.01533849431980.2423750287510.01212409146370.25874539919715.458644175-40.88276530513.63914579893
20.6783449216910.2343198463640.001011539884781.080361391060.1365634386460.6350892355560.018906668184-0.01000078763650.01683409093650.0678674182823-0.057252677890.06005595779070.0374078723391-0.100738563901-1.42530725886E-100.21362285825-0.007131269656830.001621470939950.3070673114280.007298638448640.229744142441-15.9468187269-42.3510742356-24.5881648468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 3 through 601)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 3 through 601)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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