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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p3a | |||||||||
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タイトル | N-terminal domain of CGI-99 | |||||||||
要素 | RNA transcription, translation and transport factor protein転写 (生物学) | |||||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / calponin homology domain / hCLE / RTRAF / c14orf166 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA-splicing ligase complex / RNA transport / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of protein kinase activity / 紡錘体 / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II ...tRNA-splicing ligase complex / RNA transport / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of protein kinase activity / 紡錘体 / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kroupova, A. / Jinek, M. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Molecular architecture of the human tRNA ligase complex. 著者: Kroupova, A. / Ackle, F. / Asanovic, I. / Weitzer, S. / Boneberg, F.M. / Faini, M. / Leitner, A. / Chui, A. / Aebersold, R. / Martinez, J. / Jinek, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p3a.cif.gz | 98.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p3a.ent.gz | 74.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p3a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12506.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SNA is the affinity tag cleavage scar / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTRAF, C14orf166, CGI-99 / プラスミド: pET His6 TEV LIC cloning vector (1B) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y224 #2: 化合物 | ChemComp-IPA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 200 mM magnesium chloride, 20% isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0084 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0084 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→45.86 Å / Num. obs: 17246 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 30.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3450 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.354 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→45.86 Å / SU ML: 0.251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.5107 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→45.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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