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- PDB-7p2d: Structure of alphaMbeta2/Cd11bCD18 headpiece in complex with a na... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p2d
タイトルStructure of alphaMbeta2/Cd11bCD18 headpiece in complex with a nanobody
要素
  • Integrin beta
  • Isoform 2 of Integrin alpha-M
  • hCD11bNb1 nanobody
キーワードIMMUNE SYSTEM / integrin receptor / complement / adhesion / phagocytosis
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell differentiation / positive regulation of neutrophil degranulation / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / : / complement component C3b binding ...ectodermal cell differentiation / positive regulation of neutrophil degranulation / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / : / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / leukocyte migration involved in inflammatory response / complement receptor mediated signaling pathway / cargo receptor activity / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / leukocyte cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of dopamine metabolic process / forebrain development / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / phagocytosis / Integrin cell surface interactions / response to mechanical stimulus / endothelial cell migration / specific granule membrane / positive regulation of superoxide anion generation / cell adhesion molecule binding / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / response to ischemia / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / integrin binding / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / response to estradiol / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / membrane raft / innate immune response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta / Integrin alpha-M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jensen, R.K. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
Danish Council for Independent Research4181-00137 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0052105 デンマーク
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the function-modulating effects of nanobody binding to the integrin receptor alpha M beta 2.
著者: Jensen, R.K. / Pedersen, H. / Lorentzen, J. / Laursen, N.S. / Vorup-Jensen, T. / Andersen, G.R.
#1: ジャーナル: J Immunol / 年: 2021
タイトル: Complement Receptor 3 Forms a Compact High-Affinity Complex with iC3b.
著者: Jensen, R.K. / Bajic, G. / Sen, M. / Springer, T.A. / Vorup-Jensen, T. / Andersen, G.R.
履歴
登録2021年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Integrin alpha-M
B: Integrin beta
C: hCD11bNb1 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,83010
ポリマ－150,8313
非ポリマー1,9997
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area61360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.100, 114.100, 250.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Isoform 2 of Integrin alpha-M / CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit ...CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit alpha / Leukocyte adhesion receptor MO1 / Neutrophil adherence receptor


分子量: 84010.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAM, CD11B, CR3A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11215
#2: タンパク質 Integrin beta


分子量: 52692.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A494C0X7

-
抗体 / 非ポリマー , 2種, 3分子 C

#3: 抗体 hCD11bNb1 nanobody


分子量: 14127.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
糖 , 2種, 5分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1:1 ratio with reservoir containing 1.25 M sodium malonate, 76 mM HEPES pH 8.0, 24 mM HEPES pH 6.5, and 0.5% Jeffamine ED2001 pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→46 Å / Num. obs: 31887 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 36 % / Biso Wilson estimate: 99.86 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.35 Å / 冗長度: 37 % / Num. unique obs: 4057 / CC1/2: 0.87 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc5_4047精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NEH

4neh


解像度: 3.2→45.95 Å / SU ML: 0.5018 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.5214
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Data was carried out against a data corrected for anisotropy by the STARANISO server
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2948 1131 4.28 %
Rwork0.2605 25291 -
obs0.2619 26422 82.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 127.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10291 0 128 0 10419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006110614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.155714359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01621895
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.77111499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.350.3934550.34361248X-RAY DIFFRACTION33.12
3.35-3.520.3002720.29741751X-RAY DIFFRACTION46.78
3.52-3.740.36061420.3243022X-RAY DIFFRACTION80.53
3.74-4.030.32841750.29873796X-RAY DIFFRACTION99.95
4.03-4.440.30711600.26613783X-RAY DIFFRACTION99.95
4.44-5.080.26131700.23693806X-RAY DIFFRACTION99.92
5.08-6.390.32081760.27223860X-RAY DIFFRACTION100
6.4-45.950.26241810.23284025X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.541415142940.783196968826-1.579046963494.35871386805-0.6263982324383.72306826357-0.333127503661-0.533119989715-0.2479661708990.1915827133080.324360489199-0.03162873900871.064497269340.267016770954-0.1035617336290.7343849904460.08241564905520.02304136589420.4737059435370.1160841111830.47565842899553.8565966954-29.3884792332-44.8852535073
23.844207573410.596504389224-1.458960727162.59137837991-0.2279382636450.706471126587-0.5214682251120.8527879943370.852385465313-0.1139378210220.343948365965-0.545613021073-1.489375819831.770553208930.1027977833181.08754141108-0.737111760724-0.2657330941192.016056358430.1028592575110.92750309319236.4648794564-65.434031854-13.6964467284
32.743324353-1.390145504450.8449886603737.12296656497-1.501718657432.76071809420.3272144359190.2878885409971.402508015520.274428847836-0.728708423714-1.07192429843-1.366701606920.5255325802630.4712559285351.31735216529-0.3543589727920.3704295514491.24064133351-0.06631778904991.6256559709175.138282664513.3185203728-62.8555742791
44.47491447256-0.4377511611461.524910530054.99701829441-0.6370216205083.86615784871-0.734730165775-0.8775708368931.30456118177-0.720652989599-0.193527795859-0.446830832791-1.74745827353-1.028870673370.7870641471352.218946875750.359185426932-0.3741454320221.43996754192-0.1433302710820.8644732182137.978025945926.6864938317-69.1179051415
55.11102246182.91987880917-3.161363200597.057849432-1.124346435262.1658281867-0.0905152049625-0.73605274641-0.231117984517-0.1070418559950.1983332458550.983431757225-0.00476752130684-1.32956671255-0.02336802748980.6160940379710.0969993909179-0.07076425081281.721827843880.3324535126790.79578116929821.660220029-2.26627441508-64.7377516285
62.854146394340.119805572262-0.6619960563540.7960561751760.1179314965491.15920521589-0.2040369458160.692213210711-0.734600714211-0.2295497530310.5077229367120.9608198799281.19895911093-1.5912019050.2463344754341.26085423832-1.240224685880.07743643145171.900307188970.6707744229991.0643238806722.57281985-36.5320795001-55.5772807637
76.263112828551.46750969931.114038270981.021850796510.8418587160270.6869190731540.181464348071-0.201919698176-0.256708229456-0.469367284111-0.139979832687-0.457480165403-0.5580078737380.980481220403-0.01069399987991.65156498117-0.0733480908374-0.1188717721981.389211472370.002055161537080.90126775153646.025241700825.5953787107-84.2692752669
84.75201083788-0.8429145480791.292031677952.78051995161-1.571889828981.398425770061.16724979681-0.104074277265-1.581860828360.897376960062-0.3625821898280.2143912163562.405105679570.622157855687-0.7459879067773.04332730464-0.052578187556-0.3803455354921.19968394772-0.04485044341241.0613270800131.0576908969-97.2501384644-2.37053626052
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A and (resid 1:129 or resid 325:600 or resid 1001:1002 or resid 2001:2002 )AA - I1 - 20021
22chain A and (resid 130:324 or resid 2003 )AA130 - 324130 - 324
33chain A and (resid 601:755 or resid 1021:1022 )AA - G601 - 1022601
44chain B and (resid 1:59 )BJ1 - 591 - 59
55chain B and (resid 60:100 or resid 344:423 or resid 1031:1032 )BJ - B60 - 103260
66chain B and (resid 101:343 or resid 2011:2012 or resid 1041 )BJ - B101 - 1041101
77chain B and (resid 424:458)BJ424 - 458424 - 458
88chain CCC1 - 1211 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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