[日本語] English
万見
- PDB-7p1z: Novel GH12 endogluconase from Aspergillus cervinus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p1z
タイトルNovel GH12 endogluconase from Aspergillus cervinus
要素Glycoside hydrolase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolases hydrolysis glycosidic bonds
機能・相同性ACETATE ION / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Aspergillus cervinus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Lazarenko, V.A. / Rykov, S.V. / Nikolaeva, A.Y. / Berezina, O.V. / Akentyev, F.I.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-15-2019-1658 ロシア
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2022
タイトル: Unusual substrate specificity in GH family 12: structure-function analysis of glucanases Bgh12A and Xgh12B from Aspergillus cervinus, and Egh12 from Thielavia terrestris.
著者: Rykov, S.V. / Selimzyanova, A.I. / Nikolaeva, A.Y. / Lazarenko, V.A. / Tsurin, N.V. / Akentyev, P.I. / Zverlov, V.V. / Liebl, W. / Schwarz, W.H. / Berezina, O.V.
履歴
登録2021年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / entity_src_gen / struct
Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct.title
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Glycoside hydrolase
C: Glycoside hydrolase
A: Glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,48411
ポリマ－76,9853
非ポリマー4998
水6,449358
1
B: Glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7212
ポリマ－25,6621
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8864
ポリマ－25,6621
非ポリマー2243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8785
ポリマ－25,6621
非ポリマー2164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.094, 118.364, 125.702
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-907-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C
32B
42A
53C
63A

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERLEULEUBA6 - 2276 - 227
211SERSERLEULEUCB6 - 2276 - 227
322SERSERASNASNBA6 - 2266 - 226
422SERSERASNASNAC6 - 2266 - 226
533GLNGLNASNASNCB5 - 2265 - 226
633GLNGLNASNASNAC5 - 2265 - 226

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6

-
要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase


分子量: 25661.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus cervinus (カビ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Peg 6000 18,5% 0.2M CaCl2 0.1M NaAcetate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→125.7 Å / Num. obs: 37115 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
8.95-125.75.50.0466260.9890.0290.054
2.17-2.246.10.71531440.8660.4750.862

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GM3

5gm3


解像度: 2.17→62.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.204 / WRfactor Rwork: 0.163 / SU B: 7.664 / SU ML: 0.179 / Average fsc free: 0.8598 / Average fsc work: 0.8791 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.202 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2305 1893 5.107 %
Rwork0.1835 35176 -
all0.186 --
obs-37069 99.389 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 30.421 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.06 Å20 Å20 Å2
2---3.219 Å20 Å2
3----3.841 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→62.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5120 0 32 358 5510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0115311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.6187270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5115671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60524.4225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.75515714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.415154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.22503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.23747
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.530.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2860.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1350.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4713.0022693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.484.4923354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1752.9892618
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9214.433915
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.78540.4598559
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0740.057470
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.070.057494
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0510.057614
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.073520.0501
12CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.073520.0501
23BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.069720.0501
24AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.069720.0501
35CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.051260.05011
36AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.051260.05011
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.2260.3321150.2752561X-RAY DIFFRACTION99.0378
2.226-2.2870.3041240.2612493X-RAY DIFFRACTION98.9788
2.287-2.3540.271370.2412422X-RAY DIFFRACTION99.0708
2.354-2.4260.3061270.2342363X-RAY DIFFRACTION99.0848
2.426-2.5050.3361190.2372266X-RAY DIFFRACTION99.5409
2.505-2.5930.2811140.2082236X-RAY DIFFRACTION99.4078
2.593-2.6910.2771090.2062165X-RAY DIFFRACTION99.4751
2.691-2.8010.2361310.2042035X-RAY DIFFRACTION99.7697
2.801-2.9250.231040.1762005X-RAY DIFFRACTION99.6221
2.925-3.0680.223840.1651923X-RAY DIFFRACTION99.4056
3.068-3.2340.216930.1541815X-RAY DIFFRACTION99.5825
3.234-3.4290.195980.1531720X-RAY DIFFRACTION99.7805
3.429-3.6660.1981040.1571601X-RAY DIFFRACTION99.359
3.666-3.9590.262860.1541529X-RAY DIFFRACTION99.6299
3.959-4.3360.185840.1441395X-RAY DIFFRACTION99.5289
4.336-4.8460.163800.1351271X-RAY DIFFRACTION99.7048
4.846-5.5930.19660.1711143X-RAY DIFFRACTION99.5881
5.593-6.8430.259440.186984X-RAY DIFFRACTION99.3237
6.843-9.6470.24500.188779X-RAY DIFFRACTION99.2814
9.647-62.930.241240.248470X-RAY DIFFRACTION98.6028

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る