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- PDB-7p11: Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p11
タイトルGalectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with quinoline D-galactal ligand
要素
  • Galectin-8
  • Isoform 2 of Galectin-8
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor / complex / Galectin / Lectin / D-galactal
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphatic endothelial cell migration / xenophagy / cellular response to virus / integrin binding / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / extracellular space / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5KM / Galectin-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hassan, M. / Hakansson, M. / Nilsson, J.U. / Kovacic, R.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission765581 スウェーデン
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Structure-Guided Design of d-Galactal Derivatives with High Affinity and Selectivity for the Galectin-8 N-Terminal Domain.
著者: Hassan, M. / Baussiere, F. / Guzelj, S. / Sundin, A.P. / Hakansson, M. / Kovacic, R. / Leffler, H. / Tomasic, T. / Anderluh, M. / Jakopin, Z. / Nilsson, U.J.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Galectin-8
B: Galectin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7475
ポリマ－34,0492
非ポリマー6983
水2,882160
1
A: Isoform 2 of Galectin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3343
ポリマ－16,9671
非ポリマー3672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galectin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4132
ポリマ－17,0821
非ポリマー3311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.620, 61.394, 85.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A14 - 160
2010B14 - 160

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Galectin-8 / Gal-8 / Po66 carbohydrate-binding protein / Po66-CBP / Prostate carcinoma tumor antigen 1 / PCTA-1


分子量: 16967.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00214
#2: タンパク質 Galectin-8 / Gal-8 / Po66 carbohydrate-binding protein / Po66-CBP / Prostate carcinoma tumor antigen 1 / PCTA-1


分子量: 17081.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00214
#3: 化合物 ChemComp-5KM / 2-[[(2~{R},3~{R},4~{R})-2-(hydroxymethyl)-3-oxidanyl-3,4-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl]oxymethyl]quinoline-7-carboxylic acid


分子量: 331.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.85 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8
詳細: Buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 ...詳細: Buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 mM lactose, 25% (w/v) PEG 2000 MME, 20% ethylene glycol (EG) and 1 mM TCEP) and flash-frozen in liquid nitrogen. A co-crystal with lactose, grown from a seeded drop with 24% (w/v) PEG 2000 MME in the reservoir, was used to soak in compound 1 by transferring crystals in three steps to different soaking drops. First to a 2 ul drop with glycerol ( 20% (v/v) glycerol, 25% (w/v PEG 2000 MME, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl and 1 mM TCEP) and secondly to a 2 ul drop with 10 mM compound 1 (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM compound 1, 25% (w/v) PEG 2000 MME and 1 mM TCEP) and thirdly to a second drop with 5 mM compound 1 (same composition as before).

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データ収集

回折平均測定温度: 293.5 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.03 Å / Num. obs: 16364 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.103 Å / Rmerge(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GZD

5gzd


解像度: 2.1→46.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 26.772 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26304 860 5 %RANDOM
Rwork0.20512 ---
obs0.20826 16364 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.102 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2 Å20 Å20 Å2
2--4.99 Å2-0 Å2
3----2.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→46.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2386 0 49 160 2595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132551
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.6713466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2341.5975490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9295312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.38922.409137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8115431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7871516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5812.9471220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5822.9451217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6194.4081525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6194.4091526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.723.1831331
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7193.1841332
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8144.6881937
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.22233.3132714
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.16433.2892693
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4399 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.103→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 56 -
Rwork0.366 1179 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6364-0.5652-0.22142.32810.45781.9283-0.08640.06920.03950.27960.01010.01720.1111-0.08190.07630.1289-0.0765-0.02630.078-0.01340.11415.5987-0.2456-1.5532
23.0630.1583-1.62752.4139-0.18462.77980.02340.39980.0784-0.2488-0.04980.04050.0909-0.28180.02640.11960.0508-0.01630.12160.0250.095742.04561.9699-21.1782
30.2995-0.1345-0.26440.3583-0.01590.5555-0.01510.0720.1268-0.02610.00360.03180.1746-0.04420.01150.30640.00390.00140.0340.03380.319526.8046-0.2-7.9072
400000000000000-00.4592-0.0138-0.20080.0276-0.06720.285231.833-5.54-7.409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3D6 - 402
4X-RAY DIFFRACTION4C1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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