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- PDB-7p0v: Crystal structure of human SF3A1 ubiquitin-like domain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p0v
タイトルCrystal structure of human SF3A1 ubiquitin-like domain in complex with U1 snRNA stem-loop 4
要素
  • Isoform 2 of Splicing factor 3A subunit 1
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*UP*UP*CP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Splicing / RGG/RG motif / Intrinsically disordered region
機能・相同性
機能・相同性情報


U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / mRNA 3'-splice site recognition / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex ...U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / mRNA 3'-splice site recognition / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / nuclear speck / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Ubiquitin family ...Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Splicing factor 3A subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Sabath, K. / de Vries, T. / Jonas, S.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_179498 スイス
Swiss National Science Foundation182880 スイス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Sequence-specific RNA recognition by an RGG motif connects U1 and U2 snRNP for spliceosome assembly.
著者: de Vries, T. / Martelly, W. / Campagne, S. / Sabath, K. / Sarnowski, C.P. / Wong, J. / Leitner, A. / Jonas, S. / Sharma, S. / Allain, F.H.
履歴
登録2021年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Splicing factor 3A subunit 1
B: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*UP*UP*CP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1304
ポリマ－17,8682
非ポリマー2612
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, cross-linking, surface plasmon resonance, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.993, 62.722, 138.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-200-

NA

21B-307-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Splicing factor 3A subunit 1 / SF3a120 / Spliceosome-associated protein 114 / SAP 114


分子量: 10238.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3A1, SAP114 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15459
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*UP*UP*CP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 7629.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 200 mM Li2SO4 and 40 % PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→41.05 Å / Num. obs: 26828 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 35.34 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.73
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å / Num. unique obs: 4256 / CC1/2: 0.555

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZKH

1zkh


解像度: 1.56→41.05 Å / SU ML: 0.2824 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.7858
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 1345 5.04 %
Rwork0.2179 25331 -
obs0.2198 26676 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→41.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数690 506 17 48 1261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86091850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3075727
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.620.55231320.55842410X-RAY DIFFRACTION95.89
1.62-1.680.49841400.49652503X-RAY DIFFRACTION99.03
1.68-1.760.53071300.4432481X-RAY DIFFRACTION98.98
1.76-1.850.39721330.3662532X-RAY DIFFRACTION99.48
1.85-1.970.33961330.25712519X-RAY DIFFRACTION99.7
1.97-2.120.24931320.23682526X-RAY DIFFRACTION99.48
2.12-2.340.25491320.20012535X-RAY DIFFRACTION99.7
2.34-2.670.27421350.22942553X-RAY DIFFRACTION99.7
2.67-3.370.22681360.23612581X-RAY DIFFRACTION99.41
3.37-41.050.23231420.17592691X-RAY DIFFRACTION99.02
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.745339974930.41283647745-1.30648834726.50490658245-0.6573334070250.5694636456480.04855521917060.2834172995811.05847438789-0.572894027094-0.00588727994479-0.108935289842-0.2713952948770.659747996013-0.2220412728470.420956610880.000408504585105-0.08691380349890.3435648363330.01323206061040.571497191676-6.44701187228-6.44535262098-38.2303187156
22.663433846162.52776195332-2.260337765173.23291486241-1.449608225432.515518098650.163315562924-0.7476940079980.841378156470.745057878436-0.02246073517380.8886920668260.0112864366970.171659904421-0.2969222226830.5587680559080.02238348627720.03661503837630.504444518955-0.1371655503620.677218063897-13.9642675292-9.29374286687-26.5727344949
36.188718101962.208772724460.3400103333489.09764750738-0.02808876120587.96669187308-0.1883925056270.2107327169110.88151977563-0.2057574708640.06033600765340.58311366476-0.11004542368-0.1962951974080.2252082976730.3210060876730.0194216829078-0.0783461540290.358493687807-0.00639742644430.502777192107-13.0390822256-11.9085766333-37.5665002936
45.76111164197-0.272956932458-3.534188908295.79811135928-1.273440120083.8159373971-0.194423576229-0.344090125615-0.02302255066070.533156957620.1148583685467.51409982339E-50.010617782860.04094195528320.1325782863860.4014498737710.0309652995721-0.08779135767260.443844514033-0.06215616831680.396322467856-9.08706248978-18.186536217-28.835257701
59.39189888615-5.44380040081-4.680052970723.240273788832.257690913264.677132087990.008775169256971.767638482610.0364677954099-1.92662691365-0.4162614519250.372246733170.2167183380290.683195198710.8771285220240.929504933074-0.0345900289354-0.2524019710460.6206657434090.03311753566240.429614842777-9.35094343919-22.6012261569-49.7442518683
61.82960211763-0.764017061674-0.3390907263111.906232812750.8811820911242.134695001580.144503635143-1.3045385666-0.0003488014394540.313608032206-0.201820813618-0.885770999375-0.4267962609732.55611716896-0.4353684772021.81608726942-0.271988590886-0.2120870316072.565779782620.3744061961051.07062311157-6.54157579128-25.1158015411-61.3607636121
74.85473653604-0.3151371665110.02589521331592.34947891362-0.4357939510526.75819508174-0.577252034240.6614702834730.763848390552-0.9258943799620.3523744309811.08530519441-0.533999351722-0.3018282882570.2627350949130.723783110244-0.114775440011-0.2921785522930.4842763235860.09025746400360.614367520238-13.4319382168-24.8951225914-47.9130150789
80.8844188525271.26779632536-1.363041870373.11502525412-1.154093020874.214168473710.08000102356551.73733699916-0.55051615942-1.0678853493-1.30602241691-0.4232303881070.2379386882031.74011335065-0.4797397916042.59557220152-0.214789885913-0.04796496744912.086516681610.2856764286960.888417942353-11.0299074851-20.8553656246-67.5697866216
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 702 through 725 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 726 through 736 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 737 through 758 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 759 through 785 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 786 through 791 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 139 through 143 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 144 through 158 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 159 through 162 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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