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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p0r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of L-Trp/Indoleamine 2,3-dioxygenase (hIDO1) complex with the JK-loop refined in the intermediate conformation | ||||||
![]() | Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / L-TRP METABOLISM / HEMOPROTEIN / DYNAMICS LOOP | ||||||
機能・相同性 | ![]() indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / tryptophan catabolic process to kynurenine / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response ... indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / tryptophan catabolic process to kynurenine / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mirgaux, M. / Wouters, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Temporary Intermediates of L-Trp Along the Reaction Pathway of Human Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1 and Identification of an Exo Site. 著者: Mirgaux, M. / Leherte, L. / Wouters, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 398.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 263.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 87.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 45300.898 Da / 分子数: 4 / 変異: K116A, K117A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 525分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NFK.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/TRP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NFK.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/TRP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M Phosphate buffer 15.4% PEG 3350 Protein buffer : 5mM Hepes, 200 mM NaCl, 5 mM DTT Cryoprotection : 20% glycerol, 20 mM sodium dithionite PH範囲: 6.0-6.4 / Temp details: Room Temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月5日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98012 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→49.22 Å / Num. obs: 71454 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 7.21 % / Biso Wilson estimate: 54.62 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 7.21 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.589 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 7008 / CC1/2: 0.59 / CC star: 0.861 / % possible all: 99.42 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7A62 解像度: 2.5→49.22 Å / SU ML: 0.3843 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.1085 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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