+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p0p | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NAF-1 bound to M1 molecule | ||||||
要素 | CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 2 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / [2Fe-2S] proteins / NEET proteins / destabilizer / M1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 perinuclear endoplasmic reticulum / regulation of autophagy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / オートファジー / mitochondrial outer membrane / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / RNA binding ...perinuclear endoplasmic reticulum / regulation of autophagy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / オートファジー / mitochondrial outer membrane / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / RNA binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Livnah, O. / Eisenberg-Domovich, Y. / Marjault, H.B. / Nechushtai, R. | ||||||
資金援助 | イスラエル, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: An anti-diabetic drug targets NEET (CISD) proteins through destabilization of their [2Fe-2S] clusters. 著者: Marjault, H.B. / Karmi, O. / Zuo, K. / Michaeli, D. / Eisenberg-Domovich, Y. / Rossetti, G. / de Chassey, B. / Vonderscher, J. / Cabantchik, I. / Carloni, P. / Mittler, R. / Livnah, O. / ...著者: Marjault, H.B. / Karmi, O. / Zuo, K. / Michaeli, D. / Eisenberg-Domovich, Y. / Rossetti, G. / de Chassey, B. / Vonderscher, J. / Cabantchik, I. / Carloni, P. / Mittler, R. / Livnah, O. / Meldrum, E. / Nechushtai, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p0p.cif.gz | 69.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7p0p.ent.gz | 49.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p0p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p0p | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7p0oC 3fnvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9076.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CISD2, CDGSH2, ERIS, ZCD2 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N5K1 #2: 化合物 | ChemComp-FES / #3: 化合物 | ChemComp-49I / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 32% PEG-3000, 100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 100mM NaCl. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9655 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→47.59 Å / Num. obs: 27507 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.77 Å / Num. unique obs: 1487 / CC1/2: 0.381 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FNV 解像度: 1.74→41.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.072 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.46 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→41.21 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|