PDB-7p01: Structure of the maltase BaAG2 from Blastobotrys adeninivorans in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p01

タイトル

Structure of the maltase BaAG2 from Blastobotrys adeninivorans in complex with acarbose

要素

BaAG2

キーワード

HYDROLASE / Maltase / acarbose / inhibitor / GH13

機能・相同性

alpha-acarbose / 1-methylpyrrolidin-2-one

機能・相同性情報

生物種

Blastobotrys adeninivorans (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Ernits, K. / Visnapuu, T. / Persson, K.

資金援助

スウェーデン,

Estonia, 3件

引用

ジャーナル: J Fungi (Basel) / 年: 2021
タイトル: Structural Insight into a Yeast Maltase-The Ba AG2 from Blastobotrys adeninivorans with Transglycosylating Activity.
著者: Ernits, K. / Kjeldsen, C. / Persson, K. / Grigor, E. / Alamae, T. / Visnapuu, T.

履歴

登録	2021年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p01.cif.gz	747.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p01.ent.gz	578.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7p01_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p01_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7p01_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	7p01_validation.cif.gz	71.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p01	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p07C 3aj7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7p07-1 7p01-2 1m53-d 5brp-3 7p07-2 3a4a-d 3gbe-d 3axi-d 2pwe-1 6zy1-1 5wcz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BaAG2

B: BaAG2

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BaAG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer in solution and dimer in the crystal
69.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BaAG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.030, 78.080, 121.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.096, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

BaAG2

分子量: 67831.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Blastobotrys adeninivorans (菌類) / プラスミド: pURI3 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: alpha-glucosidase

#2: 多糖

4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp4Gc]{[(4+1)][<C2O2>]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-MB3 / 1-methylpyrrolidin-2-one / N-メチルピロリドン

分子量: 99.131 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.5 12% polyvinylpyrrolidone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.979965 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979965 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→46.32 Å / Num. obs: 140413 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 33.05 Å² / CC_1/2: 0.97 / R_sym value: 0.23 / Net I/σ(I): 7.68
反射シェル	解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 10323 / CC_1/2: 0.623 / R_sym value: 1.152 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3aj7

3aj7

解像度: 2.12→46.32 Å / SU ML: 0.2465 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.87 / 位相誤差: 22.1306
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1952	2026	2.8 %	Random
R_work	0.1842	136415	-	-
obs	0.1846	140350	98.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→46.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9345	0	155	677	10177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	9767
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.8876	13269
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1007	1408
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	1699
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.2826	3552

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.15	0.3226	135	0.3067	4805	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.15-2.17	0.3336	140	0.2946	4859	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.17-2.2	0.2952	142	0.2822	4918	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2-2.23	0.283	138	0.273	4827	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.23-2.26	0.3197	141	0.2659	4889	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.26-2.3	0.2665	145	0.2573	4971	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.3-2.33	0.2686	138	0.2528	4739	X-RAY DIFFRACTION	98.27
2.33-2.37	0.2877	141	0.2465	4903	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.37-2.41	0.2341	141	0.2503	4861	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.41-2.46	0.2839	138	0.2529	4853	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.46-2.5	0.2698	141	0.2413	4905	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.5-2.55	0.2656	140	0.2278	4835	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.55-2.61	0.2186	140	0.2245	4909	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.61-2.67	0.2662	142	0.2116	4852	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.67-2.74	0.2387	139	0.2181	4922	X-RAY DIFFRACTION	99
2.74-2.81	0.2298	138	0.2104	4872	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.81-2.89	0.1915	143	0.2051	4921	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.89-2.99	0.2181	145	0.2053	4884	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.99-3.09	0.2007	141	0.1894	4895	X-RAY DIFFRACTION	99.17
3.09-3.22	0.1897	140	0.19	4899	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.22-3.36	0.1738	137	0.1826	4823	X-RAY DIFFRACTION	98.71
3.36-3.54	0.1924	142	0.1708	4897	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.54-3.76	0.1939	142	0.1563	4864	X-RAY DIFFRACTION	98.74
3.76-4.05	0.1627	138	0.1394	4868	X-RAY DIFFRACTION	98.91
4.05-4.46	0.1292	143	0.1299	4843	X-RAY DIFFRACTION	98.64
4.46-5.11	0.1302	147	0.1206	4870	X-RAY DIFFRACTION	98.43
5.11-6.43	0.156	139	0.1482	4879	X-RAY DIFFRACTION	98.66
6.43-46.32	0.1457	139	0.1564	4852	X-RAY DIFFRACTION	98.71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2853035626	-0.222841991041	0.259468803801	1.20485327544	0.0580445402546	1.18474970672	-0.0371179076463	0.372720097791	0.183418081757	-0.330161870708	0.0371660487285	0.0747872111058	-0.0963718392817	-0.0334050508366	0.00236406461733	0.338642033531	-0.0423602846546	-0.0224226925361	0.280348785834	0.0783983029386	0.300726219897	-26.0688061634	-3.66085692179	-22.2581579963
2	1.13216880452	0.0631365411401	0.166943260634	0.937286478307	0.0444546878626	0.761249724678	-0.0431812421371	0.235127797024	-0.00724417206565	-0.174296221272	0.105479731142	-0.0438336562741	0.0528735132816	-0.00721898287678	-0.067588183143	0.273672950307	-0.030270752469	-0.00266762444528	0.214979019418	-0.00247041049049	0.256315630628	-21.0579517048	-15.3037856321	-14.1678028855
3	2.78109648293	-0.705158158716	-0.0707682431266	2.03796227154	-0.666939373952	1.9754997788	-0.0543857175721	-0.0332914549815	-0.166393079464	0.0258594037438	0.0904813633808	-0.352620822576	0.172373875345	0.101064483764	-0.0481018573758	0.237081203467	-0.00491779162719	-0.0590942432128	0.173382898525	-0.0444418500148	0.30135082011	-4.42747041178	-24.3660383772	3.32927810252
4	4.7741437281	-0.028654851021	1.06513605258	0.80379481831	0.147584445363	3.42215373401	0.0145358117937	0.227705001628	-0.0486692709871	-0.147406997452	-0.0129939116772	0.139301303917	-0.0440820314444	-0.224009121766	0.026667792455	0.376586333575	-0.0289979351076	-0.0935674136657	0.302859908668	-0.00254212818182	0.287188092978	-6.22884442739	-40.5823757535	-31.5159741741
5	1.70744067717	-0.0798889264977	0.797560879375	0.612666102465	0.435372776904	3.13183361166	0.170345712474	0.853832091954	-0.0735246292212	-0.370444653469	-0.127702439877	0.119612639605	-0.0745861916763	0.0215661237627	-0.0550901104793	0.579306412471	0.105256246745	-0.139737491891	0.735639821853	-0.00624579346411	0.34742756104	-7.71098506829	-37.2138486083	-52.7213699133
6	1.78330593028	-0.539113216381	0.301961639019	1.32884140408	-0.222570237448	1.62754870018	0.165451885972	0.563582247754	-0.417729077309	-0.378978687495	-0.101843045865	0.206191072955	0.288554999139	0.0390451432376	-0.057151442482	0.4664374028	-0.00160802165876	-0.119912924604	0.443711552796	-0.097432496545	0.327593532099	4.49613403741	-52.0155393261	-38.0795401834
7	4.18606485616	-1.34098854324	-0.169775326279	3.38337166113	-1.69154731918	3.27979191334	0.0364936999157	0.385543267375	0.0441398774434	-0.15992879633	-0.169911286495	-0.431802286356	0.22188762458	0.499801077049	0.124161644817	0.340122983788	-0.0152534757719	-0.0695914066098	0.364620607073	-0.0185718340047	0.26179548257	24.9532015641	-50.4151617815	-27.8435004838

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 190 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 191 through 484 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 485 through 581 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 11 through 88 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 89 through 262 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 263 through 484 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 485 through 581 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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