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Yorodumi- PDB-7p07: Structure of the maltase BaAG2 from Blastobotrys adeninivorans in... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7p07 | ||||||||||||
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Title | Structure of the maltase BaAG2 from Blastobotrys adeninivorans in complex with glucose | ||||||||||||
Components | BaAG2 | ||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / Maltase / glucose / GH13 / alpha-glucosidase | ||||||||||||
Function / homology | alpha-D-glucopyranose / 1-methylpyrrolidin-2-one Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Blastobotrys adeninivorans (fungus) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.13 Å | ||||||||||||
Authors | Ernits, K. / Visnapuu, T. / Persson, K. | ||||||||||||
Funding support | Sweden, Estonia, 3items
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Citation | Journal: J Fungi (Basel) / Year: 2021 Title: Structural Insight into a Yeast Maltase-The Ba AG2 from Blastobotrys adeninivorans with Transglycosylating Activity. Authors: Ernits, K. / Kjeldsen, C. / Persson, K. / Grigor, E. / Alamae, T. / Visnapuu, T. #1: Journal: J Fungi / Year: 2021 Title: Structural Insight into a Yeast Maltase-The BaAG2 from Blastobotrys adeninivorans with Transglycosylating Activity Authors: Ernits, K. / Kjeldsen, C. / Persson, K. / Grigor, E. / Alamae, T. / Visnapuu, T. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7p07.cif.gz | 743.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7p07.ent.gz | 575.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7p07.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p07 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7p01SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 67831.680 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Blastobotrys adeninivorans (fungus) / Plasmid: pURI3 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: alpha-glucosidase #2: Sugar | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M MES (pH 5.5) 12% polyvinylpyrrolidone |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX IV / Beamline: BioMAX / Wavelength: 0.979965 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 29, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979965 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.13→47.73 Å / Num. obs: 134791 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.55 % / Biso Wilson estimate: 42.14 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 8.61 |
Reflection shell | Resolution: 2.13→2.19 Å / Redundancy: 3.58 % / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 10026 / CC1/2: 0.7 / Rsym value: 1.204 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 7P01 Resolution: 2.13→47.73 Å / SU ML: 0.2945 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.09 / Phase error: 30.0735 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.13→47.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -9.21369827651 Å / Origin y: -28.8525112479 Å / Origin z: -26.6536625654 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |