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- PDB-7ozy: FGFR2 kinase domain (residues 461-763) in complex with 38. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ozy
タイトルFGFR2 kinase domain (residues 461-763) in complex with 38.
要素Fibroblast growth factor receptor 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / FGFR2 / Inhibitor / receptor tyrosine kinase (受容体型チロシンキナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / lateral sprouting from an epithelium / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development ...Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / lateral sprouting from an epithelium / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development / lacrimal gland development / otic vesicle formation / prostate gland morphogenesis / regulation of smooth muscle cell differentiation / orbitofrontal cortex development / regulation of morphogenesis of a branching structure / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / branching morphogenesis of a nerve / embryonic organ morphogenesis / endochondral bone growth / morphogenesis of embryonic epithelium / epidermis morphogenesis / bud elongation involved in lung branching / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / pyramidal neuron development / membranous septum morphogenesis / reproductive structure development / limb bud formation / lung lobe morphogenesis / gland morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / embryonic digestive tract morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation / branching involved in prostate gland morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / FGFR2b ligand binding and activation / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / regulation of osteoblast proliferation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / fibroblast growth factor receptor activity / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / mesodermal cell differentiation / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic cranial skeleton morphogenesis / digestive tract development / bone morphogenesis / skeletal system morphogenesis / 歯の発生 / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of osteoblast differentiation / Signaling by FGFR2 IIIa TM / organ growth / inner ear morphogenesis / midbrain development / hair follicle morphogenesis / lung alveolus development / fibroblast growth factor binding / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / PI-3K cascade:FGFR2 / bone mineralization / prostate epithelial cord elongation / positive regulation of cell division / excitatory synapse / positive regulation of Wnt signaling pathway / PI3K Cascade / negative regulation of keratinocyte proliferation / 上皮間葉転換 / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / 細胞分化 / embryonic organ development / positive regulation of cell cycle / SHC-mediated cascade:FGFR2 / cellular response to retinoic acid / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR2 signaling / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / Signaling by FGFR2 in disease / epithelial cell differentiation / 軸索誘導 / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / post-embryonic development / positive regulation of epithelial cell proliferation / Negative regulation of FGFR2 signaling / animal organ morphogenesis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / lung development / 骨 / 受容体型チロシンキナーゼ / peptidyl-tyrosine phosphorylation
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype ...Fibroblast growth factor receptor family / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-47I / Fibroblast growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Trinh, C.H. / Turner, L.D. / Fishwick, C.W.G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/K501402/1 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: From Fragment to Lead: De Novo Design and Development toward a Selective FGFR2 Inhibitor.
著者: Turner, L.D. / Trinh, C.H. / Hubball, R.A. / Orritt, K.M. / Lin, C.C. / Burns, J.E. / Knowles, M.A. / Fishwick, C.W.G.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Fibroblast growth factor receptor 2
BBB: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6067
ポリマ－69,6082
非ポリマー9975
水1,36976
1
AAA: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2723
ポリマ－34,8041
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
BBB: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3344
ポリマ－34,8041
非ポリマー5303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.839, 113.839, 117.408
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 2 / / FGFR-2 / K-sam / KGFR / Keratinocyte growth factor receptor


分子量: 34804.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR2, BEK, KGFR, KSAM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P21802, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-47I / 4-[3-(4-piperazin-4-ium-1-ylphenyl)-1H-indazol-6-yl]phenol / 4-[3-(4-piperazin-1-ylphenyl)-1H-indazol-6-yl]phenol (uncharged compound's name)


分子量: 371.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 25% w/v PEG 3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→80.54 Å / Num. obs: 35802 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.28→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 2.588 / Num. unique obs: 2594 / CC1/2: 0.683 / Rpim(I) all: 1.389 / Rrim(I) all: 2.777

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PVF

2pvf


解像度: 2.28→80.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 9.172 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2959 1691 4.802 %
Rwork0.2403 33525 -
all0.243 --
obs-35216 98.3 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 50.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.096 Å20 Å20 Å2
2---1.096 Å20 Å2
3---2.192 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→80.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4389 0 70 76 4535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0134564
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.6666185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1861.5939854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1885556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.05422.422223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41615788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3831528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02934
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2868
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1770.23947
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.21911
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1640.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6755.3992236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6715.3972235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5658.0822788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5648.0842789
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6865.6272329
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7148.3073398
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.08858.8315238
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.08958.8255231
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.279-2.3380.3561200.35324160.35325800.7230.72998.29460.353
2.338-2.4020.3641180.3423750.34125380.7240.78198.2270.334
2.402-2.4720.3891100.31623250.31924710.7690.81398.54310.308
2.472-2.5480.3461410.30722150.3124010.8170.82798.12580.298
2.548-2.6310.3581140.30121590.30423270.8250.8597.67940.288
2.631-2.7240.353950.27721330.2822700.8610.8798.14980.256
2.724-2.8260.311930.27620410.27721720.8660.8998.25050.258
2.826-2.9410.351920.26619540.2720890.8690.89397.94160.25
2.941-3.0720.293730.26119320.26220420.8760.89898.1880.246
3.072-3.2220.276970.25318080.25419440.8980.90697.99380.241
3.222-3.3960.31040.25116860.25518300.8860.997.81420.246
3.396-3.6010.316810.23916580.24217580.8850.91398.91920.241
3.601-3.8490.256770.23615590.23816580.9350.92898.67310.248
3.849-4.1570.26650.22414470.22515370.9160.92798.37350.245
4.157-4.5530.231790.18613510.18814500.9380.94998.62070.211
4.553-5.0880.251670.1712130.17413040.9470.96198.15950.199
5.088-5.8710.231560.19310940.19511650.950.96198.71240.223
5.871-7.1810.339540.2239310.2299950.8770.9398.9950.252
7.181-10.1160.335330.197670.1968020.9020.94399.75060.227
10.116-80.4970.353220.3214610.3234910.8770.85498.37070.523

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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