PDB-7ozy: FGFR2 kinase domain (residues 461-763) in complex with 38.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ozy

タイトル

FGFR2 kinase domain (residues 461-763) in complex with 38.

要素

Fibroblast growth factor receptor 2

キーワード

TRANSFERASE / FGFR2 / Inhibitor / receptor tyrosine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Trinh, C.H. / Turner, L.D. / Fishwick, C.W.G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: From Fragment to Lead: De Novo Design and Development toward a Selective FGFR2 Inhibitor.
著者: Turner, L.D. / Trinh, C.H. / Hubball, R.A. / Orritt, K.M. / Lin, C.C. / Burns, J.E. / Knowles, M.A. / Fishwick, C.W.G.

履歴

登録	2021年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ozy.cif.gz	230.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ozy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ozy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ozy_validation.pdf.gz	869.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ozy_full_validation.pdf.gz	871.6 KB	表示
XML形式データ	7ozy_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	7ozy_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ozbC 7ozdC 7ozfC 2pvfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ri1-1 4xey-1 7ozb-1 4j95-3 4v01-1 5y25-d 3rcd-2 2v34-1 4yc8-2 7kia-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Fibroblast growth factor receptor 2

BBB: Fibroblast growth factor receptor 2

ヘテロ分子

70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Fibroblast growth factor receptor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Fibroblast growth factor receptor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.839, 113.839, 117.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Fibroblast growth factor receptor 2 / FGFR-2 / K-sam / KGFR / Keratinocyte growth factor receptor 分子量: 34804.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR2, BEK, KGFR, KSAM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P21802, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-47I / 4-[3-(4-piperazin-4-ium-1-ylphenyl)-1H-indazol-6-yl]phenol / 4-[3-(4-piperazin-1-ylphenyl)-1H-indazol-6-yl]phenol (uncharged compound's name) 分子量: 371.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₃N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 25% w/v PEG 3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→80.54 Å / Num. obs: 35802 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.28→2.34 Å / R_merge(I) obs: 2.588 / Num. unique obs: 2594 / CC_1/2: 0.683 / R_pim(I) all: 1.389 / R_rim(I) all: 2.777

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PVF

2pvf

解像度: 2.28→80.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 9.172 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2959	1691	4.802 %
R_work	0.2403	33525	-
all	0.243	-	-
obs	-	35216	98.3 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.923 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.096 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.096 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.192 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→80.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4389	0	70	76	4535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4564
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4255
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	1.666	6185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.186	1.593	9854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.188	5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.054	22.422	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.416	15	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.383	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	3947
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.267	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.675	5.399	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.671	5.397	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.565	8.082	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.564	8.084	2789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.686	5.627	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.686	5.627	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.715	8.307	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.714	8.307	3398
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.088	58.831	5238
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.089	58.825	5231

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.279-2.338	0.356	120	0.353	2416	0.353	2580	0.723	0.729	98.2946	0.353
2.338-2.402	0.364	118	0.34	2375	0.341	2538	0.724	0.781	98.227	0.334
2.402-2.472	0.389	110	0.316	2325	0.319	2471	0.769	0.813	98.5431	0.308
2.472-2.548	0.346	141	0.307	2215	0.31	2401	0.817	0.827	98.1258	0.298
2.548-2.631	0.358	114	0.301	2159	0.304	2327	0.825	0.85	97.6794	0.288
2.631-2.724	0.353	95	0.277	2133	0.28	2270	0.861	0.87	98.1498	0.256
2.724-2.826	0.311	93	0.276	2041	0.277	2172	0.866	0.89	98.2505	0.258
2.826-2.941	0.351	92	0.266	1954	0.27	2089	0.869	0.893	97.9416	0.25
2.941-3.072	0.293	73	0.261	1932	0.262	2042	0.876	0.898	98.188	0.246
3.072-3.222	0.276	97	0.253	1808	0.254	1944	0.898	0.906	97.9938	0.241
3.222-3.396	0.3	104	0.251	1686	0.255	1830	0.886	0.9	97.8142	0.246
3.396-3.601	0.316	81	0.239	1658	0.242	1758	0.885	0.913	98.9192	0.241
3.601-3.849	0.256	77	0.236	1559	0.238	1658	0.935	0.928	98.6731	0.248
3.849-4.157	0.26	65	0.224	1447	0.225	1537	0.916	0.927	98.3735	0.245
4.157-4.553	0.231	79	0.186	1351	0.188	1450	0.938	0.949	98.6207	0.211
4.553-5.088	0.251	67	0.17	1213	0.174	1304	0.947	0.961	98.1595	0.199
5.088-5.871	0.231	56	0.193	1094	0.195	1165	0.95	0.961	98.7124	0.223
5.871-7.181	0.339	54	0.223	931	0.229	995	0.877	0.93	98.995	0.252
7.181-10.116	0.335	33	0.19	767	0.196	802	0.902	0.943	99.7506	0.227
10.116-80.497	0.353	22	0.321	461	0.323	491	0.877	0.854	98.3707	0.523

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関連情報:EMDBヘッダ

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