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万見
- PDB-7ozr: Subtomogram average of authentic mumps virus nucleocapsid from He... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ozr
タイトルSubtomogram average of authentic mumps virus nucleocapsid from HeLa cell lysate of long helical pitch
要素
  • Nucleocapsid
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS / Helical filament / Nucleocapsid / Protein-RNA complex / Scaffold
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Nucleocapsid
類似検索 - 構成要素
生物種Mumps virus genotype A (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Mahamid, J. / Zhang, X.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)760067European Union
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanisms of stress-induced reactivation in mumps virus condensates.
著者: Xiaojie Zhang / Sindhuja Sridharan / Ievgeniia Zagoriy / Christina Eugster Oegema / Cyan Ching / Tim Pflaesterer / Herman K H Fung / Isabelle Becher / Ina Poser / Christoph W Müller / ...著者: Xiaojie Zhang / Sindhuja Sridharan / Ievgeniia Zagoriy / Christina Eugster Oegema / Cyan Ching / Tim Pflaesterer / Herman K H Fung / Isabelle Becher / Ina Poser / Christoph W Müller / Anthony A Hyman / Mikhail M Savitski / Julia Mahamid /
要旨: Negative-stranded RNA viruses can establish long-term persistent infection in the form of large intracellular inclusions in the human host and cause chronic diseases. Here, we uncover how cellular ...Negative-stranded RNA viruses can establish long-term persistent infection in the form of large intracellular inclusions in the human host and cause chronic diseases. Here, we uncover how cellular stress disrupts the metastable host-virus equilibrium in persistent infection and induces viral replication in a culture model of mumps virus. Using a combination of cell biology, whole-cell proteomics, and cryo-electron tomography, we show that persistent viral replication factories are dynamic condensates and identify the largely disordered viral phosphoprotein as a driver of their assembly. Upon stress, increased phosphorylation of the phosphoprotein at its interaction interface with the viral polymerase coincides with the formation of a stable replication complex. By obtaining atomic models for the authentic mumps virus nucleocapsid, we elucidate a concomitant conformational change that exposes the viral genome to its replication machinery. These events constitute a stress-mediated switch within viral condensates that provide an environment to support upregulation of viral replication.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Condensate-mediated reactivation of mumps virus infection under stress
著者: Zhang, X. / Sridharan, S. / Zagoriy, I. / Oegema, C.E. / Ching, C. / Pflaesterer, T. / Fung, H.K.H. / Poser, I. / Mueller, C.W. / Hyman, A.A. / Savitski, M.M. / Mahamid, J.
履歴
登録2021年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid
N: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1092
ポリマ－63,1092
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleocapsid
N: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
x 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)883,52328
ポリマ－883,52328
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation13

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要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid / Nucleocapsid protein


分子量: 61316.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mumps virus genotype A (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A2Z4K4B8
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mumps virus genotype A (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Authentic Mumps virus nucleocapsid-RNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mumps virus genotype A (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: homo sap
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 2.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 8 / 利用したフレーム数/画像: 1-8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3845: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Dynamovolume selection
2Warpvolume selection
3SerialEM画像取得
5WarpCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
11Cootモデル精密化
13RELION最終オイラー角割当
14RELION分類
15RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -27.17 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.21 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 939 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
EM volume selection手法: filament tracing / Num. of tomograms: 20 / Num. of volumes extracted: 939
原子モデル構築B value: 56.3 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 4XJN

4xjn


PDB chain-ID: A / Accession code: 4XJN / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 83.36 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0053390
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.714617
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d38.1951301
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.039520
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004587

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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