PDB-7ozq: Crystal structure of archaeal L7Ae bound to eukaryotic kink-loop

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ozq

タイトル

Crystal structure of archaeal L7Ae bound to eukaryotic kink-loop

要素

50S ribosomal protein L7Ae
RNA

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / ribosome

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / rRNA processing / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Hoefler, S. / Lukat, P. / Carlomagno, T. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Eukaryotic Box C/D methylation machinery has two non-symmetric protein assembly sites.
著者: Hofler, S. / Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Carlomagno, T.

履歴

登録	2021年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ozq.cif.gz	568.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ozq.ent.gz	386.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ozq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ozq_validation.pdf.gz	492.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ozq_full_validation.pdf.gz	494.9 KB	表示
XML形式データ	7ozq_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	7ozq_validation.cif.gz	44.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bw0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ozq-4 7ozq-3 7ozq-2 6o8o-1 5n92-d 2l7p-d 4q6g-d 6rpo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 50S ribosomal protein L7Ae

B: 50S ribosomal protein L7Ae

C: 50S ribosomal protein L7Ae

D: 50S ribosomal protein L7Ae

E: RNA

F: RNA

G: RNA

H: RNA

ヘテロ分子

97.3 kDa, 8 ポリマー
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1

A: 50S ribosomal protein L7Ae

H: RNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: 50S ribosomal protein L7Ae

E: RNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 2 ポリマー
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3

C: 50S ribosomal protein L7Ae

F: RNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 2 ポリマー
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4

D: 50S ribosomal protein L7Ae

G: RNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.391, 61.598, 138.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.356, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-102- CA
2	1	F-106- CA

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	50S ribosomal protein L7Ae / Large ribosomal subunit protein eL8 / Ribosomal protein L8e 分子量: 13542.794 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: rpl7ae, PF1367 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U160
#2: RNA鎖	RNA 分子量: 10635.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

#1: タンパク質

50S ribosomal protein L7Ae / Large ribosomal subunit protein eL8 / Ribosomal protein L8e

分子量: 13542.794 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: rpl7ae, PF1367 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U160

#2: RNA鎖

RNA

分子量: 10635.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
非ポリマー , 5種, 612分子

#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: JCSG Core I, condition G12: 30% MPD, 0.02 M CaCl2, 0.1 M Na acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.91→54.5 Å / Num. obs: 68501 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.36 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 463836 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.91-2.01	6.6	0.657	65674	9923	0.875	0.275	0.713	2.4	100
6.03-54.5	6.8	0.047	15556	2272	0.997	0.019	0.051	31.6	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.4 Å	54.5 Å
Translation	2.4 Å	54.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18rc4_3812	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BW0

4bw0

解像度: 1.91→54.5 Å / SU ML: 0.2094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3179
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	3281	4.79 %
R_work	0.1728	65194	-
obs	0.1749	68475	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→54.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3690	2728	30	597	7045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6886
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9134	9947
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0546	1251
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	805
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.3182	3024

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.94	0.2942	123	0.2371	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.94-1.97	0.2929	152	0.2305	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2714	159	0.2268	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.2813	137	0.2119	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.03-2.07	0.263	153	0.2008	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.07-2.11	0.2382	143	0.1887	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.11-2.15	0.315	143	0.1995	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.15-2.2	0.2292	163	0.1898	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.25	0.2699	130	0.191	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.25-2.31	0.2259	143	0.1813	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.31-2.37	0.2711	156	0.1784	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.44	0.2437	128	0.1806	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.44-2.52	0.2531	133	0.1864	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.61	0.2613	133	0.199	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.71	0.2464	142	0.1995	2804	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.71-2.83	0.2767	139	0.1942	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.98	0.2196	133	0.1844	2864	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.98-3.17	0.2285	149	0.171	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.17-3.42	0.1976	128	0.16	2880	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.42-3.76	0.1945	162	0.1514	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.76-4.3	0.1771	135	0.1394	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-5.42	0.1655	138	0.1431	2882	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.42-54.5	0.1988	159	0.1806	2941	X-RAY DIFFRACTION	99.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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10	10	chain 'B' and (resid 13 through 35 )	B	B	13 - 35	12 - 36
11	11	chain 'B' and (resid 36 through 82 )	B	B	36 - 82	37 - 83
12	12	chain 'B' and (resid 83 through 123 )	B	B	83 - 123	84 - 126
13	13	chain 'C' and (resid 1 through 12 )	C	D	1 - 12	1 - 12
14	14	chain 'C' and (resid 13 through 29 )	C	D	13 - 29	13 - 29
15	15	chain 'C' and (resid 30 through 35 )	C	D	30 - 35	30 - 35
16	16	chain 'C' and (resid 36 through 82 )	C	D	36 - 82	36 - 86
17	17	chain 'C' and (resid 83 through 123 )	C	D	83 - 123	87 - 129
18	18	chain 'D' and (resid 3 through 12 )	D	E	3 - 12	1 - 10
19	19	chain 'D' and (resid 13 through 29 )	D	E	13 - 29	11 - 31
20	20	chain 'D' and (resid 30 through 35 )	D	E	30 - 35	32 - 37
21	21	chain 'D' and (resid 36 through 63 )	D	E	36 - 63	38 - 65
22	22	chain 'D' and (resid 64 through 73 )	D	E	64 - 73	66 - 75
23	23	chain 'D' and (resid 74 through 104 )	D	E	74 - 104	76 - 108
24	24	chain 'D' and (resid 105 through 123 )	D	E	105 - 123	109 - 127
25	25	chain 'E' and (resid 1 through 5 )	E	F	1 - 5
26	26	chain 'E' and (resid 6 through 30 )	E	F	6 - 30
27	27	chain 'E' and (resid 31 through 32 )	E	F	31 - 32
28	28	chain 'F' and (resid 1 through 5 )	F	H	1 - 5
29	29	chain 'F' and (resid 6 through 10 )	F	H	6 - 10
30	30	chain 'F' and (resid 11 through 20 )	F	H	11 - 20
31	31	chain 'F' and (resid 21 through 31 )	F	H	21 - 31
32	32	chain 'G' and (resid 1 through 5 )	G	J	1 - 5
33	33	chain 'G' and (resid 6 through 10 )	G	J	6 - 10
34	34	chain 'G' and (resid 11 through 20 )	G	J	11 - 20
35	35	chain 'G' and (resid 21 through 32 )	G	J	21 - 32
36	36	chain 'H' and (resid 1 through 5 )	H	L	1 - 5
37	37	chain 'H' and (resid 6 through 15 )	H	L	6 - 15
38	38	chain 'H' and (resid 16 through 20 )	H	L	16 - 20
39	39	chain 'H' and (resid 21 through 32 )	H	L	21 - 32

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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