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- PDB-7ozm: Crystal Structure of mtbMGL K74A (Closed Cap Conformation) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ozm
タイトルCrystal Structure of mtbMGL K74A (Closed Cap Conformation)
要素Monoacylglycerol lipase
キーワードHYDROLASE / Mycobacterium tuberculosis / monoacylglycerol lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerolipid catabolic process / acylglycerol lipase / lipase activity / monoacylglycerol lipase activity / peptidoglycan-based cell wall / symbiont-mediated activation of host apoptosis / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Monoacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Grininger, C. / Aschauer, P. / Pavkov-Keller, T. / Oberer, M.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundP24857 オーストリア
Austrian Science FundP29432 オーストリア
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Structural Changes in the Cap of Rv0183/mtbMGL Modulate the Shape of the Binding Pocket.
著者: Grininger, C. / Leypold, M. / Aschauer, P. / Pavkov-Keller, T. / Riegler-Berket, L. / Breinbauer, R. / Oberer, M.
履歴
登録2021年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6782
ポリマ－33,6181
非ポリマー601
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area10820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.500, 82.240, 90.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Monoacylglycerol lipase / MGL


分子量: 33618.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv0183, LH57_01015 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O07427, acylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15 % 2-propanol, 24 % PEG 3350, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 10 mg/ml protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→39.77 Å / Num. obs: 16663 / % possible obs: 97.22 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29.19 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 7.27
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 1655 / CC1/2: 0.578 / CC star: 0.856 / Rpim(I) all: 0.462 / Rrim(I) all: 0.889 / % possible all: 97.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6eic

6eic


解像度: 2.15→39.77 Å / SU ML: 0.3201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.83 / 位相誤差: 26.7245
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 2964 9.99 %
Rwork0.195 26697 -
obs0.2005 16657 93.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→39.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2122 0 4 133 2259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00742170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8582964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0529343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2328311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.190.35521410.30071273X-RAY DIFFRACTION92.9
2.19-2.220.35991460.29861295X-RAY DIFFRACTION93.94
2.22-2.260.30091420.29061253X-RAY DIFFRACTION90.88
2.26-2.310.36091420.27281258X-RAY DIFFRACTION95.04
2.31-2.360.30851440.26441329X-RAY DIFFRACTION95.34
2.36-2.410.31231440.25661295X-RAY DIFFRACTION95.87
2.41-2.460.3221420.25431285X-RAY DIFFRACTION95.9
2.46-2.520.28741450.24791312X-RAY DIFFRACTION94.3
2.52-2.590.33561420.23881269X-RAY DIFFRACTION94.95
2.59-2.670.321460.2381295X-RAY DIFFRACTION93.27
2.67-2.750.30651340.23281232X-RAY DIFFRACTION90.58
2.75-2.850.27571420.21281310X-RAY DIFFRACTION96.1
2.85-2.970.27841460.21071282X-RAY DIFFRACTION94.76
2.97-3.10.28251430.20341303X-RAY DIFFRACTION94.76
3.1-3.270.29671450.19641267X-RAY DIFFRACTION93.7
3.27-3.470.22061380.17611264X-RAY DIFFRACTION92.42
3.47-3.740.22651380.15611250X-RAY DIFFRACTION91.38
3.74-4.110.19091450.15041273X-RAY DIFFRACTION92.98
4.11-4.710.17431290.13111224X-RAY DIFFRACTION89.9
4.71-5.930.18291290.151217X-RAY DIFFRACTION88.32
5.93-39.770.17711410.15951211X-RAY DIFFRACTION88.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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