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- PDB-7oza: Sulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oza
タイトルSulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota (BT3796_S1_16)
要素Putative secreted sulfatase ydeN
キーワードHYDROLASE / Host glycans / sulfation / carbohydrate sulfatases / microbiota
機能・相同性arylsulfatase activity / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / Putative secreted sulfatase ydeN
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Cartmell, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Sulfated glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota.
著者: Luis, A.S. / Basle, A. / Byrne, D.P. / Wright, G.S.A. / London, J.A. / Jin, C. / Karlsson, N.G. / Hansson, G.C. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. / Barbeyron, T. / Yates, E.A. / Martens, E.C. / Cartmell, A.
履歴
登録2021年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Putative secreted sulfatase ydeN
CCC: Putative secreted sulfatase ydeN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,28311
ポリマ－117,4442
非ポリマー2,8399
水13,601755
1
AAA: Putative secreted sulfatase ydeN
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
  • 59.3 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3054
ポリマ－58,7221
非ポリマー5833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CCC: Putative secreted sulfatase ydeN
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 61 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9787
ポリマ－58,7221
非ポリマー2,2566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.180, 88.950, 87.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21CCC

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 31 - 516 / Label seq-ID: 35 - 520

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AAAA
22CCCB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AAACCC

#1: タンパク質 Putative secreted sulfatase ydeN


分子量: 58722.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_3796 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8A171
#3: 糖 ChemComp-G4S / 4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / 4-O-sulfo-beta-D-galactose / 4-O-sulfo-D-galactose / 4-O-sulfo-galactose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalp[4S]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
4-sulfo-b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Galp4SO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 6種, 762分子

#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 mg/ml BT3796S1_16 with 10mM 4S-GalNAc was crystallised in 20 % PEG 6000, 0.2 M magnesium chloride and 0.1 MES pH 6.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→81.613 Å / Num. obs: 166081 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 8213 / CC1/2: 0.577

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AN1

7an1


解像度: 1.5→81.613 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / WRfactor Rfree: 0.179 / WRfactor Rwork: 0.144 / SU B: 3.784 / SU ML: 0.058 / Average fsc free: 0.9439 / Average fsc work: 0.9534 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1757 8251 4.975 %
Rwork0.1415 157595 -
all0.143 --
obs-165846 99.473 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 17.155 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.453 Å20 Å2-0.318 Å2
2--2.979 Å2-0 Å2
3----1.708 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→81.613 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7625 0 83 755 8463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0138099
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.64811034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4091.58316923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.62151009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.75823.673392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.701151293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2351529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21630
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1830.27017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.23890
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.23297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1230.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2130.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1780.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7531.6413991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7451.6413990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1832.4815015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1832.4825016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.291.8654108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2911.8654105
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7582.7156019
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7592.7156017
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.08320.4619370
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.88120.0049204
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.597315407
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0580.0516999
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.057790.05009
12CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.057790.05009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5390.3225590.26911658X-RAY DIFFRACTION99.2606
1.539-1.5810.2645880.23611275X-RAY DIFFRACTION99.3718
1.581-1.6270.2495690.21611049X-RAY DIFFRACTION99.2228
1.627-1.6770.2295190.18110674X-RAY DIFFRACTION99.4933
1.677-1.7320.2165650.16510357X-RAY DIFFRACTION99.7534
1.732-1.7930.1945100.15210125X-RAY DIFFRACTION99.8592
1.793-1.860.1875150.1349715X-RAY DIFFRACTION99.8341
1.86-1.9360.1775030.139344X-RAY DIFFRACTION99.8074
1.936-2.0220.1734620.138985X-RAY DIFFRACTION99.5889
2.022-2.1210.1634360.138567X-RAY DIFFRACTION99.7341
2.121-2.2360.1674740.1288115X-RAY DIFFRACTION99.7793
2.236-2.3710.1684210.1197680X-RAY DIFFRACTION99.6678
2.371-2.5350.1473900.117256X-RAY DIFFRACTION99.6741
2.535-2.7380.153950.1146685X-RAY DIFFRACTION99.1319
2.738-2.9990.1733290.1286167X-RAY DIFFRACTION99.1604
2.999-3.3520.162640.1365652X-RAY DIFFRACTION99.1785
3.352-3.870.1522390.1284991X-RAY DIFFRACTION99.1093
3.87-4.7370.1382280.1194178X-RAY DIFFRACTION98.8114
4.737-6.690.1821900.1713275X-RAY DIFFRACTION99.4832
6.69-81.6130.224950.1981847X-RAY DIFFRACTION99.335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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