PDB-7oz8: Sulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oz8

タイトル

Sulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota (BT1918_S1_46)

要素

Choline-sulfatase

キーワード

HYDROLASE / Host glycans / sulfation / carbohydrate sulfatases / microbiota

機能・相同性

機能・相同性情報

arylsulfatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Cartmell, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Sulfated glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota.
著者: Luis, A.S. / Basle, A. / Byrne, D.P. / Wright, G.S.A. / London, J.A. / Jin, C. / Karlsson, N.G. / Hansson, G.C. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. / Barbeyron, T. / Yates, E.A. / Martens, E.C. / Cartmell, A.

履歴

登録	2021年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oz8.cif.gz	116.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oz8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oz8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7oz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7oz8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oz9C 7ozaC 7ozcC 7ozeC 7p24C 7p26C 2vqrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Choline-sulfatase

ヘテロ分子

57.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.389, 56.389, 279.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-719- HOH
2	1	AAA-803- HOH

#1: タンパク質

Choline-sulfatase

分子量: 57520.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_1918
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8A6G6

#2: 糖

ChemComp-NGS / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranose / 2-(acetylamino)-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE-6-SULFATE / N-acetyl-6-O-sulfo-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-glucose / 6-O-スルホ-2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 301.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン

分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 mg/ml of BT1918S1_46 with 10 mM 6S-GlcNAc was crystallised in 45 % MPD, 0.2 M CaCl2 and 0.1 M Bis-Tris pH 5.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→48.153 Å / Num. obs: 39105 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 2675 / CC_1/2: 0.803

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2vqr

2vqr

解像度: 1.95→48.153 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.223 / WR_factor R_work: 0.201 / SU B: 3.721 / SU ML: 0.101 / Average fsc free: 0.9255 / Average fsc work: 0.9304 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	2032	5.21 %
R_work	0.1882	36971	-
all	0.189	-	-
obs	-	39003	99.936 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.506 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.93 Å²	0.465 Å²	0 Å²
2-	-	0.93 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.017 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.153 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3787	0	23	167	3977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3942
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.656	5361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.321	1.585	8108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.082	5	477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.572	22.714	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.875	15	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.241	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	923
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	780
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	3316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.11	3.072	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.11	3.071	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.895	4.602	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.895	4.603	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.515	3.23	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.515	3.229	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.825	4.765	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.825	4.764	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.847	34.826	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.842	34.789	4442

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.305	134	0.278	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.822
2.001-2.055	0.246	142	0.255	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.9268
2.055-2.115	0.256	158	0.228	2528	X-RAY DIFFRACTION	99.9256
2.115-2.18	0.218	149	0.209	2475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.252	0.225	141	0.203	2396	X-RAY DIFFRACTION	99.9606
2.252-2.331	0.213	137	0.203	2330	X-RAY DIFFRACTION	99.9595
2.331-2.419	0.234	107	0.186	2250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.419-2.517	0.206	115	0.18	2164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.517-2.629	0.192	94	0.181	2102	X-RAY DIFFRACTION	100
2.629-2.758	0.209	139	0.18	1986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.758-2.907	0.218	100	0.182	1904	X-RAY DIFFRACTION	99.9003
2.907-3.083	0.213	87	0.195	1824	X-RAY DIFFRACTION	99.8955
3.083-3.296	0.227	90	0.207	1732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.296-3.56	0.166	86	0.193	1607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.9	0.205	100	0.186	1450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.36	0.146	59	0.149	1376	X-RAY DIFFRACTION	100
4.36-5.034	0.133	62	0.143	1210	X-RAY DIFFRACTION	100
5.034-6.165	0.187	52	0.177	1058	X-RAY DIFFRACTION	100
6.165-8.717	0.241	56	0.177	807	X-RAY DIFFRACTION	99.8843
8.717-48.153	0.247	24	0.195	513	X-RAY DIFFRACTION	99.0775

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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