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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oye | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the KDEL receptor bound to HDEL peptide at pH 7.0 | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / trafficking receptor | ||||||
機能・相同性 | ![]() KDEL sequence binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-coated vesicle membrane / ER retention sequence binding / protein retention in ER lumen / COPI-mediated anterograde transport / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / cis-Golgi network / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...KDEL sequence binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-coated vesicle membrane / ER retention sequence binding / protein retention in ER lumen / COPI-mediated anterograde transport / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / cis-Golgi network / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newstead, S. / Braeuer, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the KDEL receptor bound to HDEL peptide at pH 7.0 著者: Newstead, S. / Braeuer, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6i6hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24476.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 814.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #4: 化合物 | ChemComp-CO2 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 500DME 100mM HEPES pH 7.0 100mM Potassium thiocyanate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月26日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9698 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.62→38.03 Å / Num. obs: 6860 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 64.14 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 21309 / Scaling rejects: 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6i6h 解像度: 2.62→36.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.381
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原子変位パラメータ | Biso max: 121.76 Å2 / Biso mean: 66.24 Å2 / Biso min: 30.57 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.62→36.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.62→2.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 45.1961 Å / Origin y: 38.2938 Å / Origin z: 79.9976 Å
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精密化 TLSグループ |
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