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- PDB-7oyc: Cryo-EM structure of the Xenopus egg 80S ribosome -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7oyc
タイトルCryo-EM structure of the Xenopus egg 80S ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 26
  • (60S ribosomal protein ...) x 27
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
  • Death-associated protein-like 1-B
  • Eef2-prov protein
  • Eukaryotic translation initiation factor 5A
  • Gnb2l1-prov protein
  • HABP4_PAI-RBP1 domain-containing protein
  • KOW domain-containing protein
  • MGC116452 protein
  • MGC130910 protein
  • MGC85428 protein
  • Ribosomal_L16 domain-containing protein
  • Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
  • Ribosomal_L23eN domain-containing protein
  • Ribosomal_S7 domain-containing protein
  • Rpl3-prov protein
  • Rpl32
  • Rpl37a
  • Rpl41
  • Rpl5-b protein
  • Rps14
  • Rps16 protein
  • TRASH domain-containing protein
キーワードRIBOSOME / Eif5a / Eef2 / Habp4 / DapL1 / Dap1 / egg / Xenopus
機能・相同性
機能・相同性情報


death domain binding / positive regulation of translational termination / ribosome hibernation / positive regulation of translational elongation / ribosomal subunit / laminin receptor activity / translational elongation / 90S preribosome / translation elongation factor activity / protein-RNA complex assembly ...death domain binding / positive regulation of translational termination / ribosome hibernation / positive regulation of translational elongation / ribosomal subunit / laminin receptor activity / translational elongation / 90S preribosome / translation elongation factor activity / protein-RNA complex assembly / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / translation regulator activity / translation repressor activity / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / negative regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / apoptotic signaling pathway / spindle / rRNA processing / kinase activity / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAP1/DAPL1 / Death-associated protein / Intracellular hyaluronan-binding protein 4, N-terminal domain / Intracellular hyaluronan-binding protein 4 N-terminal / Hyaluronan / mRNA binding family / RNA binding protein HABP4/SERBP1 / Ribosomal protein L14, KOW motif / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold ...DAP1/DAPL1 / Death-associated protein / Intracellular hyaluronan-binding protein 4, N-terminal domain / Intracellular hyaluronan-binding protein 4 N-terminal / Hyaluronan / mRNA binding family / RNA binding protein HABP4/SERBP1 / Ribosomal protein L14, KOW motif / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / : / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L28e / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L23 / EF-G domain III/V-like / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L44e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein uL13 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 40S ribosomal protein S29 / 60S ribosomal protein L10 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein / Ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein eL14 / 60S ribosomal protein L32 / KOW domain-containing protein / 60S ribosomal protein L37a isoform X3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / 60S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein eL24 / HABP4_PAI-RBP1 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Ribosomal protein L37 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Death-associated protein-like 1.S / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Large ribosomal subunit protein uL4B / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL29 / MGC116435 protein / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL36 / 60S ribosomal protein L36a isoform X1 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL28 / 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein eS21 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein uS12 / 60S ribosomal protein L6 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S25 / 60S ribosomal protein L13 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / 60S ribosomal protein L21 / 60S ribosomal protein L7a / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein eL31 / 60S ribosomal protein L27 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 / Elongation factor 2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL19 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / 40S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS1A / 60S ribosomal protein L5-B / Small ribosomal subunit protein RACK1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Leesch, F. / Lorenzo-Orts, L. / Grishkovskaya, I. / Kandolf, S. / Belacic, K. / Meinhart, A. / Haselbach, D. / Pauli, A.
資金援助 オーストリア, スイス, 5件
組織認可番号国
Austrian Research Promotion AgencyFFG-852936 オーストリア
Austrian Science FundSTART Projekt Y 1031-B28 オーストリア
Austrian Science FundSFB RNA-Deco F 80 オーストリア
Swiss National Science FoundationP2GEP3_191204 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 1165-2019
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: A molecular network of conserved factors keeps ribosomes dormant in the egg.
著者: Friederike Leesch / Laura Lorenzo-Orts / Carina Pribitzer / Irina Grishkovskaya / Josef Roehsner / Anastasia Chugunova / Manuel Matzinger / Elisabeth Roitinger / Katarina Belačić / Susanne ...著者: Friederike Leesch / Laura Lorenzo-Orts / Carina Pribitzer / Irina Grishkovskaya / Josef Roehsner / Anastasia Chugunova / Manuel Matzinger / Elisabeth Roitinger / Katarina Belačić / Susanne Kandolf / Tzi-Yang Lin / Karl Mechtler / Anton Meinhart / David Haselbach / Andrea Pauli /
要旨: Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron ...Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron microscopy analyses of ribosomes isolated from zebrafish (Danio rerio) and Xenopus laevis eggs and embryos, we provide molecular evidence that ribosomes transition from a dormant state to an active state during the first hours of embryogenesis. Dormant ribosomes are associated with four conserved factors that form two modules, consisting of Habp4-eEF2 and death associated protein 1b (Dap1b) or Dap in complex with eIF5a. Both modules occupy functionally important sites and act together to stabilize ribosomes and repress translation. Dap1b (also known as Dapl1 in mammals) is a newly discovered translational inhibitor that stably inserts into the polypeptide exit tunnel. Addition of recombinant zebrafish Dap1b protein is sufficient to block translation and reconstitute the dormant egg ribosome state in a mammalian translation extract in vitro. Thus, a developmentally programmed, conserved ribosome state has a key role in ribosome storage and translational repression in the egg.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
11: Eukaryotic translation initiation factor 5A
22: 18S rRNA
51: 28S rRNA
71: 5S rRNA
81: 5.8S rRNA
A1: 60S ribosomal protein L8
A2: 40S ribosomal protein SA
B1: Rpl3-prov protein
B2: 40S ribosomal protein S3a-A
C1: 60S ribosomal protein L4-B
C2: 40S ribosomal protein S2
D1: Rpl5-b protein
D2: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
E1: 60S ribosomal protein L6
E2: 40S ribosomal protein S4
F1: MGC130910 protein
F2: Ribosomal_S7 domain-containing protein
G1: 60S ribosomal protein L7a
G2: 40S ribosomal protein S6
H1: 60S ribosomal protein L9
H2: 40S ribosomal protein S7
I1: Ribosomal_L16 domain-containing protein
I2: 40S ribosomal protein S8
J1: 60S ribosomal protein L11
J2: 40S ribosomal protein S9
K2: 40S ribosomal protein S10
L1: 60S ribosomal protein L13
L2: 40S ribosomal protein S11
M1: 60S ribosomal protein L14
N1: Ribosomal protein L15
N2: 40S ribosomal protein S13
O1: 60S ribosomal protein L13a
O2: Rps14
P1: 60S ribosomal protein L17
P2: 40S ribosomal protein S15
Q1: Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
Q2: Rps16 protein
R1: 60S ribosomal protein L19
R2: 40S ribosomal protein S17
S1: 60S ribosomal protein L18a
S2: 40S ribosomal protein S18
T1: 60S ribosomal protein L21
T2: 40S ribosomal protein S19
U1: 60S ribosomal protein L22
U2: 40S ribosomal protein S20
V1: 60S ribosomal protein L23
V2: 40S ribosomal protein S21
W1: TRASH domain-containing protein
W2: 40S ribosomal protein S15a
X1: Ribosomal_L23eN domain-containing protein
X2: 40S ribosomal protein S23
Y1: KOW domain-containing protein
Y2: 40S ribosomal protein S24
Z1: 60S ribosomal protein L27
Z2: 40S ribosomal protein S25
a1: 60S ribosomal protein L27a
a2: 40S ribosomal protein S26
b1: 60S ribosomal protein L29
b2: 40S ribosomal protein S27
c1: 60S ribosomal protein L30
c2: 40S ribosomal protein S28
d1: 60S ribosomal protein L31
d2: 40S ribosomal protein S29
e1: Rpl32
e2: 40S ribosomal protein S30
f1: 60S ribosomal protein L35a
g1: 60S ribosomal protein L34
g2: Gnb2l1-prov protein
h1: 60S ribosomal protein L35
i1: 60S ribosomal protein L36
i2: HABP4_PAI-RBP1 domain-containing protein
j1: Ribosomal protein L37
k1: 60S ribosomal protein L38
l1: MGC116452 protein
m1: 60S ribosomal protein L40
n1: Rpl41
o1: MGC85428 protein
p1: Rpl37a
r1: 60S ribosomal protein L28
s1: Death-associated protein-like 1-B
v2: Eef2-prov protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,587,981222
ポリマ－3,584,26681
非ポリマー3,715141
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 21種, 21分子 11B1D1D2F1F2I1O2Q1Q2W1X1Y1e1g2i2l1o1p1s1v2

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5A / eIF-5A


分子量: 16813.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q7ZXG3
#8: タンパク質 Rpl3-prov protein


分子量: 46144.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q7ZYR1
#12: タンパク質 Rpl5-b protein


分子量: 34066.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q8AVI7
#13: タンパク質 DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase


分子量: 27026.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg
参照: UniProt: Q7ZYT3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#16: タンパク質 MGC130910 protein


分子量: 28762.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q3B8I3
#17: タンパク質 Ribosomal_S7 domain-containing protein


分子量: 22780.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8F8E2
#22: タンパク質 Ribosomal_L16 domain-containing protein


分子量: 24634.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8F5F1
#33: タンパク質 Rps14


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg
#36: タンパク質 Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein


分子量: 21659.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8FN04
#37: タンパク質 Rps16 protein


分子量: 16361.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q3KQC9
#48: タンパク質 TRASH domain-containing protein


分子量: 17721.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8HGE0
#50: タンパク質 Ribosomal_L23eN domain-containing protein


分子量: 17718.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8H4S4
#52: タンパク質 KOW domain-containing protein


分子量: 17235.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8GXU8
#64: タンパク質 Rpl32


分子量: 15818.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8GHL2
#68: タンパク質 Gnb2l1-prov protein / LOC446289 protein


分子量: 35107.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q8AVP6
#71: タンパク質 HABP4_PAI-RBP1 domain-containing protein


分子量: 42746.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8HPG3
#74: タンパク質 MGC116452 protein / MGC116477 protein


分子量: 6398.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q4FZP7
#77: タンパク質 MGC85428 protein


分子量: 12496.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q66KU5
#78: タンパク質 Rpl37a


分子量: 10283.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8H102
#80: タンパク質 Death-associated protein-like 1-B


分子量: 12548.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A3KMU5
#81: タンパク質 Eef2-prov protein


分子量: 95552.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Eggs / 参照: UniProt: Q7ZXP8

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 22517181

#2: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 588678.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: GenBank: X04025.1
#3: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1333067.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: GenBank: X59734.1
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38682.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: GenBank: M10635.1
#5: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50198.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: GenBank: X02995.1

+
60S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 A1C1E1G1H1J1L1M1O1P1R1S1T1U1V1Z1a1b1c1d1f1g1h1i1k1m1r1

#6: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 27980.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8H6H2
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L4-B / L1B


分子量: 45525.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: P02385
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 29743.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6DJF7
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 29939.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6GQB2
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21934.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8HTS7
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20215.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q66KY6
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24257.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6DJN5
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 16174.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8FWH1
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L13a


分子量: 26450.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: A0A1L8ENM5
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 21457.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8I3J8
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 23550.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q7ZYS1
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20697.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q7SZB7
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18706.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6GP41
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 14842.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: P50886
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 14878.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6GNH1
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15864.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6PHL5
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16636.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q7SZB2
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 8596.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q66KW1
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 12959.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q7SZC0
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14548.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6NUH0
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / L32


分子量: 12630.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: P02434
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13325.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8HUR4
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14492.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q4FZQ7
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12362.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q66KU4
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8226.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q66KV2
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L40 / CEP52 / Ubiquitin / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6GQF3
#79: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 15587.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q66KV6

+
40S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 A2B2C2E2G2H2I2J2K2L2N2P2R2S2T2U2V2W2X2Y2Z2a2b2c2d2e2

#7: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 34027.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q7ZX07
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S3a-A


分子量: 29998.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q801S3
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 30326.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q7T0R9
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29722.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: P49401
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28778.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q7ZYU0
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S8


分子量: 22226.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: P02362
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24109.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6DJI0
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22627.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q7ZYU4
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 18918.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q07254
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18428.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q7SZ77
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17287.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: P49393
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein


分子量: 17010.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: P20342
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6GNF4
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17717.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6NTT2
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16079.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A310TRG4
#45: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / S22


分子量: 13381.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: P23403
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9227.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6AZJ9
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14881.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q4QR44
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15803.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6AZL9
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / S19


分子量: 15324.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: P02377
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13863.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6DJJ1
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13125.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q6AZL7
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8EJM5
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7852.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q66KP7
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 10202.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8F058
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 14537.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: Q4KLF0

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 N1j1

#30: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24119.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8FRG2
#72: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 11030.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8I2F1

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 n1

#76: タンパク質・ペプチド Rpl41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組織: Egg

-
非ポリマー , 2種, 141分子

#82: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#83: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Xenopus egg 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#81 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 組織: Egg
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
15 mMMagnesium acetateMg(OAc)21
220 mMHEPES1
3100 mMpotassium cholrideKCl1
41 mMDithiotreitolDTT1
510 mMammonium cholrideNH4Cl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 0.91/v8 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
10cryoSPARC2.14初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.14最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.14分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 412340 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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