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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oyc | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Xenopus egg 80S ribosome | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Eif5a / Eef2 / Habp4 / DapL1 / Dap1 / egg / Xenopus | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / protein-synthesizing GTPase / laminin receptor activity / mRNA transport / translation elongation factor activity / nuclear pore / laminin binding / rough endoplasmic reticulum ...: / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / protein-synthesizing GTPase / laminin receptor activity / mRNA transport / translation elongation factor activity / nuclear pore / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / spindle / large ribosomal subunit / protein transport / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / cell division / DNA repair / GTPase activity / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Leesch, F. / Lorenzo-Orts, L. / Grishkovskaya, I. / Kandolf, S. / Belacic, K. / Meinhart, A. / Haselbach, D. / Pauli, A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | オーストリア, スイス, 5件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: A molecular network of conserved factors keeps ribosomes dormant in the egg. 著者: Friederike Leesch / Laura Lorenzo-Orts / Carina Pribitzer / Irina Grishkovskaya / Josef Roehsner / Anastasia Chugunova / Manuel Matzinger / Elisabeth Roitinger / Katarina Belačić / Susanne ...著者: Friederike Leesch / Laura Lorenzo-Orts / Carina Pribitzer / Irina Grishkovskaya / Josef Roehsner / Anastasia Chugunova / Manuel Matzinger / Elisabeth Roitinger / Katarina Belačić / Susanne Kandolf / Tzi-Yang Lin / Karl Mechtler / Anton Meinhart / David Haselbach / Andrea Pauli / 要旨: Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron ...Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron microscopy analyses of ribosomes isolated from zebrafish (Danio rerio) and Xenopus laevis eggs and embryos, we provide molecular evidence that ribosomes transition from a dormant state to an active state during the first hours of embryogenesis. Dormant ribosomes are associated with four conserved factors that form two modules, consisting of Habp4-eEF2 and death associated protein 1b (Dap1b) or Dap in complex with eIF5a. Both modules occupy functionally important sites and act together to stabilize ribosomes and repress translation. Dap1b (also known as Dapl1 in mammals) is a newly discovered translational inhibitor that stably inserts into the polypeptide exit tunnel. Addition of recombinant zebrafish Dap1b protein is sufficient to block translation and reconstitute the dormant egg ribosome state in a mammalian translation extract in vitro. Thus, a developmentally programmed, conserved ribosome state has a key role in ribosome storage and translational repression in the egg. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oyc.cif.gz | 4.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oyc.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7oyc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oyc_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oyc_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7oyc_validation.xml.gz | 299.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oyc_validation.cif.gz | 531.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oyc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 21種, 21分子 11B1D1D2F1F2I1O2Q1Q2W1X1Y1e1g2i2l1o1p1s1v2
-RNA鎖 , 4種, 4分子 22517181
#2: RNA鎖 | 分子量: 588678.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 組織: Egg / 参照: GenBank: X04025.1 |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 1333067.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 組織: Egg / 参照: GenBank: X59734.1 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 38682.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 組織: Egg / 参照: GenBank: M10635.1 |
#5: RNA鎖 | 分子量: 50198.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 組織: Egg / 参照: GenBank: X02995.1 |
+60S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 A1C1E1G1H1J1L1M1O1P1R1S1T1U1V1Z1a1b1c1d1f1g1h1i1k1m1r1
+40S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 A2B2C2E2G2H2I2J2K2L2N2P2R2S2T2U2V2W2X2Y2Z2a2b2c2d2e2
-Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 N1j1
#30: タンパク質 | 分子量: 24119.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8FRG2 |
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#72: タンパク質 | 分子量: 11030.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 組織: Egg / 参照: UniProt: A0A1L8I2F1 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 n1
#76: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 組織: Egg |
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-非ポリマー , 2種, 141分子
#82: 化合物 | ChemComp-MG / #83: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Xenopus egg 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#81 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 組織: Egg | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 0.91/v8 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 412340 / 対称性のタイプ: POINT |