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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oxe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the KDEL receptor bound to HDEF peptide at pH 6.0 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Trafficking receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 KDEL sequence binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / ER retention sequence binding / COPI-coated vesicle membrane / protein retention in ER lumen / COPI-mediated anterograde transport / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / cis-Golgi network / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...KDEL sequence binding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / ER retention sequence binding / COPI-coated vesicle membrane / protein retention in ER lumen / COPI-mediated anterograde transport / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / cis-Golgi network / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.283 Å | ||||||
データ登録者 | Newstead, S. / Parker, J.L. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the KDEL receptor bound to HDEF peptide at pH 6.0 著者: Newstead, S. / Parker, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oxe.cif.gz | 63.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oxe.ent.gz | 47.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oxe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6zxrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24476.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: KDELR2, RCJMB04_8l23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: Q5ZKX9 | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 848.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.88 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: 30% PEG 600, 0.1M MES pH 6.0, 0.1M Sodium Nitrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月6日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.283→62.28 Å / Num. obs: 10122 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / Rpim(I) all: 0.159 / Rrim(I) all: 0.289 / Net I/σ(I): 5.1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ZXR 解像度: 2.283→39.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU R Cruickshank DPI: 0.584 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.488 / SU Rfree Blow DPI: 0.281 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.287 詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 1 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso max: 88.58 Å2 / Biso mean: 39.63 Å2 / Biso min: 14.66 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.283→39.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.283→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0
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