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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7owl | ||||||
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タイトル | Odinarchaeota Adenylate kinase (OdinAK) in complex with CTP | ||||||
要素 | Adenylate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Phosphotransferase / Odinarchaeota Adenylate kinase / Asgard group / CTP | ||||||
機能・相同性 | AAA domain / adenylate kinase / adenylate kinase activity / リン酸化 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Adenylate kinase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Aberg-Zingmark, E. / Grundstrom, C. / Verma, A. / Wolf-Watz, M. / Sauer, U.H. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Insights into the evolution of enzymatic specificity and catalysis: From Asgard archaea to human adenylate kinases. 著者: Verma, A. / Aberg-Zingmark, E. / Sparrman, T. / Mushtaq, A.U. / Rogne, P. / Grundstrom, C. / Berntsson, R. / Sauer, U.H. / Backman, L. / Nam, K. / Sauer-Eriksson, E. / Wolf-Watz, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7owl.cif.gz | 242 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7owl.ent.gz | 196.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7owl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/7owl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/7owl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22883.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 (古細菌) 遺伝子: adkA_1, OdinLCB4_00710 / Variant: Odinarchaeaota / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q9N9I8, adenylate kinase #2: 化合物 | ChemComp-CTP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein buffer: 0.030 M MOPS, 0.050 M NaCl pH 7.0. Crystallization: Bis-Tris Propane pH 7.0, 0.1 M, PEG 3350 12-18% Odin 0.678 milliM, CTP 6.37 milliM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→15.01 Å / Num. obs: 29184 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.315 / Rpim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 1.732 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2878 / CC1/2: 0.628 / Rpim(I) all: 0.904 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7owe 解像度: 2.9→15.01 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.91 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 298.38 Å2 / Biso mean: 67.2273 Å2 / Biso min: 21.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→15.01 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %
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