+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7owk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Odinarchaeota Adenylate kinase (OdinAK) in complex with dTTP | ||||||
要素 | Adenylate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Phosphotransferase / Odinarchaeota Adenylate kinase / Asgard group / dTTP (チミジン三リン酸) | ||||||
機能・相同性 | AAA domain / adenylate kinase / adenylate kinase activity / リン酸化 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Adenylate kinase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Odinarchaeota archaeon | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Aberg-Zingmark, E. / Grundstrom, C. / Verma, A. / Wolf-Watz, M. / Sauer, U.H. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Insights into the evolution of enzymatic specificity and catalysis: From Asgard archaea to human adenylate kinases. 著者: Verma, A. / Aberg-Zingmark, E. / Sparrman, T. / Mushtaq, A.U. / Rogne, P. / Grundstrom, C. / Berntsson, R. / Sauer, U.H. / Backman, L. / Nam, K. / Sauer-Eriksson, E. / Wolf-Watz, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7owk.cif.gz | 242.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7owk.ent.gz | 197.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7owk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/7owk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/7owk | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22883.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Odinarchaeota archaeon (strain LCB_4) (古細菌) 株: LCB_4 / 遺伝子: adkA_1, OdinLCB4_00710 / Variant: Odinarchaeaota / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q9N9I8, adenylate kinase #2: 化合物 | ChemComp-TTP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 0.030 M MOPS, 0.050 M NaCl pH 7.0. Precipitant: Bis-Tris Propane pH 7.0, 0.1 M, PEG 3350 15-18% Odin 0.732 milliM, dTTP 5.8 milliM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→48.57 Å / Num. obs: 23925 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 3.017 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2363 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7OWE 解像度: 3.1→48.567 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.07 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 244.78 Å2 / Biso mean: 70.3 Å2 / Biso min: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→48.567 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
|