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- PDB-7owj: Odinarchaeota Adenylate kinase (OdinAK) in complex with GTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7owj
タイトルOdinarchaeota Adenylate kinase (OdinAK) in complex with GTP
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Phosphotransferase / Odinarchaeota Adenylate kinase / Asgard group / GTP
機能・相同性AAA domain / adenylate kinase / AMP kinase activity / phosphorylation / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Adenylate kinase
機能・相同性情報
生物種Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Aberg-Zingmark, E. / Grundstrom, C. / Verma, A. / Wolf-Watz, M. / Sauer, U.H. / Sauer-Eriksson, A.E.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Insights into the evolution of enzymatic specificity and catalysis: From Asgard archaea to human adenylate kinases.
著者: Verma, A. / Aberg-Zingmark, E. / Sparrman, T. / Mushtaq, A.U. / Rogne, P. / Grundstrom, C. / Berntsson, R. / Sauer, U.H. / Backman, L. / Nam, K. / Sauer-Eriksson, E. / Wolf-Watz, M.
履歴
登録2021年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
D: Adenylate kinase
E: Adenylate kinase
F: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,44012
ポリマ－137,3016
非ポリマー3,1396
水2,738152
1
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2206
ポリマ－68,6513
非ポリマー1,5703
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area27670 Å2
手法PISA
2
D: Adenylate kinase
E: Adenylate kinase
F: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2206
ポリマ－68,6513
非ポリマー1,5703
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area27850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.608, 78.787, 217.191
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Adenylate kinase


分子量: 22883.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Odinarchaeota archaeon LCB_4 (古細菌)
遺伝子: adkA_1, OdinLCB4_00710 / Variant: Odinarchaeaota / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q9N9I8, adenylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein in: 0.030 M MOPS, 0.050M NaCl, pH 6.8. Drop: 1:1 of Bis-Tris Propane pH 6.5 - 0.1 M, PEG 3350 12% Odin 0.853 mM, GTP 8.53 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.27 Å / Num. obs: 46830 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4562 / CC1/2: 0.708 / Rpim(I) all: 0.548 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7owe

7owe


解像度: 2.5→49.27 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 2316 4.95 %
Rwork0.1868 44514 -
obs0.1904 46830 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 323.44 Å2 / Biso mean: 51.5686 Å2 / Biso min: 13.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9446 0 192 153 9791
Biso mean--92.8 35.74 -
残基数----1165
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.550.40051430.3122494263797
2.55-2.610.34681430.269125822725100
2.61-2.670.36741260.24612564269099
2.67-2.730.29361150.226826172732100
2.73-2.810.31041400.235825892729100
2.81-2.890.31221550.228425792734100
2.89-2.980.29821200.223526122732100
2.98-3.090.28071240.231825922716100
3.09-3.210.32681380.241325962734100
3.21-3.360.32481110.212126342745100
3.36-3.540.24591290.196826172746100
3.54-3.760.26571390.179326092748100
3.76-4.050.21861450.154126262771100
4.05-4.460.2121280.13126642792100
4.46-5.10.20271420.13326422784100
5.1-6.420.25241480.1827052853100
6.43-49.270.2131700.165727922962100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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