PDB-7owi: Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant R127A (CC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7owi

タイトル

Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant R127A (CCld R127A) from Cyanothece sp. PCC7425

要素

Chlorite dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Chlorite dismutase

機能・相同性

Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chlorite dismutase

機能・相同性情報

生物種

Cyanothece sp. PCC 7425 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schmidt, D. / Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Impact of the dynamics of the catalytic arginine on nitrite and chlorite binding by dimeric chlorite dismutase.
著者: Serra, I. / Schmidt, D. / Pfanzagl, V. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmuller, P.G. / Garcia-Rubio, I. / Van Doorslaer, S. / Obinger, C.

履歴

登録	2021年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7owi.cif.gz	562.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7owi.ent.gz	389.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7owi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7owi_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7owi_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7owi_validation.xml.gz	37.9 KB	表示
CIF形式データ	7owi_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/7owi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/7owi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ou5C 7ou7C 7ou9C 7ouaC 7ouyC 5mauS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ou7-d 7asb-d 7ou9-d 5k8z-1 7oua-d 6n4n-2 7owi-2 3qpi-d 4bin-d 5v7s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

C: Chlorite dismutase

D: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

90.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Chlorite dismutase

D: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.447, 72.675, 112.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.835, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Chlorite dismutase 分子量: 21744.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanothece sp. PCC 7425 (バクテリア) 遺伝子: Cyan7425_1434 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8HNS6

-
非ポリマー , 5種, 781分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS pH 8, 20 %w/v PEG 6K, 0.2 M MgCl2, MPD (Cryoprotectant)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→44.29 Å / Num. obs: 95807 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.05 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.74
反射シェル	解像度: 1.7→1.761 Å / Num. unique obs: 9516 / CC_1/2: 0.564

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MAU

5mau

解像度: 1.7→44.29 Å / SU ML: 0.2201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3042
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	1177	1.23 %
R_work	0.1733	94537	-
obs	0.1736	95714	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5927	0	262	764	6953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	6400
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8418	8715
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0528	887
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2364	876

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.78	0.3371	151	0.3052	11729	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.78-1.87	0.2468	141	0.2443	11815	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.87-1.99	0.2703	148	0.2228	11701	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.99-2.14	0.2158	149	0.1907	11817	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.14-2.36	0.195	140	0.1675	11794	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.36-2.7	0.1958	146	0.1741	11832	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.7-3.4	0.2118	149	0.1649	11877	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.4-44.29	0.1576	153	0.1476	11972	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.85399686051	0.493471347992	-1.58956815652	1.02651258688	-0.778884394293	5.43501052138	0.17889251194	-0.109322027121	0.0516000855733	-0.0368905613885	-0.0434798444415	-0.097058213034	-0.423035384711	0.171456263159	0.00275017123286	0.351654796882	0.00831336157506	0.0111283742168	0.145924668653	0.0132106463333	0.280866168377	-21.9239539101	22.8812255077	-1.5424320033
2	5.75879098606	-1.32906432313	0.481751012316	2.28454927526	-0.479005611175	4.75124062115	-0.130142131982	-0.413901381492	0.0744515291124	0.509853556424	0.0302929221128	0.107466809777	-0.197334889268	-0.417862492774	0.00765260285335	0.305966229373	0.0180064668638	0.043640820964	0.283430960399	-0.00333857871097	0.194309003972	-30.2801500575	15.953251189	9.78293788332
3	3.39862170878	-1.05463726452	0.286702580704	3.6040178489	-0.837331888596	3.10213689289	0.00234189416549	-0.315638616533	-0.00587852359179	0.247286143167	0.141749623929	0.273320632586	-0.215506045399	-0.0633196925246	-0.0780578452899	0.271127746483	-0.00857560768564	-0.000714855883868	0.207248457872	-0.00212584820658	0.185958808247	-24.2235322805	15.6919144983	9.38326696008
4	2.3567452301	0.0510530121049	-0.912338800899	1.9330421826	-0.0312203544243	3.54854584997	-0.00493798907327	-0.220903877016	0.286570072363	0.18477591451	0.0672854957788	-0.144836825616	-0.34805706558	0.193156253936	-0.0720110215217	0.259434313781	0.00753498027343	-0.0250845140611	0.201271979664	-0.00545994348249	0.245336415331	-18.8419671683	19.55212481	-1.61403504679
5	1.23363227105	0.177947549789	-0.686319697693	0.338750974738	0.354037656154	1.25773034541	0.00425252203645	0.227493983281	0.126041058338	-0.0943553061957	0.044002324084	0.0470571230119	-0.0921444485492	-0.35523342297	-0.0535996074227	0.242452182022	0.0103254381587	-0.016888930582	0.292280215415	0.0468654515769	0.248598390205	-31.17269263	10.9987804651	-8.96671665851
6	1.68958191771	1.10250454788	-1.16450505434	3.34277517119	2.17712208042	4.63655290289	-0.191214037838	0.0714466513358	-0.16397546723	-0.167309446209	0.0921314183929	-0.188716006991	0.40583533758	0.363279473796	0.087901044868	0.286129231311	0.0138371987377	0.0406446293814	0.222598705695	0.0222494925827	0.263393943053	-11.9282427054	0.457804753804	-11.1548210374
7	4.50186640101	-5.79846727264	-1.49427309312	8.20562782323	1.3249217101	3.65600596113	0.205889836197	0.590047524931	-1.00196423516	-0.273287009287	-0.362013088334	0.284272277062	0.116698651614	-0.0050998385293	0.156662841839	0.40462664844	-0.0626436363001	0.0159030669425	0.270366359253	-0.0081745579159	0.32049960231	-26.0586225134	-2.2301039955	-12.601479341
8	3.00939393534	-0.0676130024756	-1.60699016166	1.92212857607	-0.349695103444	1.71264413992	0.0125025962667	0.114526832748	0.0147510341226	0.0664139332717	-0.012445752067	-0.0123751893689	-0.0801075656926	-0.112571172316	0.0240623990398	0.188203903239	0.0108329754972	-0.00564034591568	0.19222924555	0.0115445928368	0.146902380407	-24.168814867	11.8248520374	-3.98956608078
9	4.89825490271	-2.47432305948	-1.56381299626	4.46067411047	0.742603187605	2.258218399	0.0339841295578	0.140076021065	-0.0461402737728	-0.00874099117929	-0.00670983651827	0.135025063227	0.226794872026	-0.19978681683	0.0495534623275	0.229151268885	-0.0450478980831	0.0192961473615	0.215316013677	0.0120746223083	0.254612947789	-34.0048628644	0.62373918425	-0.735710283603
10	1.6223143562	-0.582525636486	0.202089088544	1.77162975192	-0.348277672319	2.46894249789	-0.0827184057151	-0.0270382448171	-0.0163615503549	0.0943834297747	0.0519158190814	-0.0667614565223	0.107062944386	-0.128482581481	0.0355925830462	0.192300496821	-0.0175092976066	0.0136798308726	0.173801121278	0.0324460599933	0.194302264104	-24.7787955404	6.52569360426	1.97750696906
11	3.39609514827	0.35903355592	-1.30026776665	2.90669018684	-1.6846284859	2.56164874961	0.123633170351	-0.154410602436	0.42358102619	0.300698701947	-0.316844351572	-0.365188738428	-0.281075283499	0.370846006628	0.149064395635	0.318764027877	-0.0950389152537	-0.111472303683	0.286597305317	0.0833272473964	0.362322263809	4.56485919502	28.5521586255	-14.6443215701
12	2.32204895963	1.22150043464	-0.871871074833	3.13006915357	-1.56317029562	1.65236103744	0.197181411485	-0.105410077688	0.46318610473	0.515499559124	-0.206828513091	-0.0482984829721	-0.418588877193	0.167964670227	0.100944748063	0.285773348946	-0.0304691079038	-0.033373349782	0.21743317014	0.0394718235442	0.30343858737	-2.01561302233	27.5910025577	-14.7429448023
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
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5	5	chain 'A' and (resid 64 through 92 )	A	A	64 - 92	63 - 91
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7	7	chain 'A' and (resid 109 through 120 )	A	A	109 - 120	108 - 119
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9	9	chain 'A' and (resid 149 through 164 )	A	A	149 - 164	148 - 163
10	10	chain 'A' and (resid 165 through 182 )	A	A	165 - 182	164 - 181
11	11	chain 'B' and (resid 2 through 21 )	B	E	2 - 21	1 - 20
12	12	chain 'B' and (resid 22 through 63 )	B	E	22 - 63	21 - 62
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14	14	chain 'B' and (resid 74 through 92 )	B	E	74 - 92	73 - 91
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18	18	chain 'B' and (resid 165 through 182 )	B	E	165 - 182	164 - 181
19	19	chain 'C' and (resid 2 through 63 )	C	K	2 - 63	1 - 62
20	20	chain 'C' and (resid 64 through 83 )	C	K	64 - 83	63 - 82
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22	22	chain 'C' and (resid 149 through 182 )	C	K	149 - 182	148 - 181
23	23	chain 'D' and (resid 2 through 21 )	D	Q	2 - 21	1 - 20
24	24	chain 'D' and (resid 22 through 63 )	D	Q	22 - 63	21 - 60
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26	26	chain 'D' and (resid 84 through 148 )	D	Q	84 - 148	81 - 145
27	27	chain 'D' and (resid 149 through 182 )	D	Q	149 - 182	146 - 179

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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