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万見
- PDB-7ow9: Crystal structure of a staphylococcal orthologue of CYP134A1 (CYP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ow9
タイトルCrystal structure of a staphylococcal orthologue of CYP134A1 (CYPX) in complex with Cyclo-L-leucyl-L-leucine
要素CYPX
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / CYP / Leucine / Cyclic / dipeptide / P450 / cyclodipeptide / pulcherrimin / Pulcherriminic / cypX / CYP134A1 / cyclo-L-leucyl-L-leucyl / Staphylococcus / aureus
機能・相同性Chem-2IO / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRATE ION
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Snee, M. / Levy, C. / Leys, D. / Katariya, M. / Munro, A.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a staphylococcal orthologue of CYP134A1 (CYPX) in complex with Cyclo-L-leucyl-L-leucine
著者: Snee, M. / Katariya, M.
履歴
登録2021年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年9月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYPX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8794
ポリマ－45,9751
非ポリマー9053
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.179, 105.025, 104.219
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 CYPX


分子量: 45974.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 5663 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
#2: 化合物 ChemComp-2IO / (3S,6S)-3,6-bis(2-methylpropyl)piperazine-2,5-dione / cyclo(L-Leu-L-Leu) / Leucinimid / 2,5-Piperazinedione, 3,6-bis(2-methylpropyl) / 137006 / シクロ(L-Leu-L-Leu-)


分子量: 226.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H22N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 % / 解説: Oblong and block-like
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Ammonium Nitrate, 0.1M Bis Tris Propane pH 8.5, 18% V/V PEG smear High

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→54.37 Å / Num. obs: 40958 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 30.75 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0751 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 1.047 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1997 / CC1/2: 0.914 / Rpim(I) all: 0.295 / % possible all: 97.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NC3

3nc3


解像度: 1.8→52.11 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1996 2050 5.02 %
Rwork0.167 38803 -
obs0.1686 40853 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.37 Å2 / Biso mean: 46.4856 Å2 / Biso min: 22.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→52.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3170 0 115 293 3578
Biso mean--38.94 46.58 -
残基数----393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.840.35571360.31362531266798
1.84-1.890.29751230.27542547267099
1.89-1.940.34341250.26322544266999
1.94-20.26111160.21832573268999
2-2.060.22791310.19892574270599
2.06-2.130.21681340.17612537267199
2.13-2.220.2251430.14792554269799
2.22-2.320.18191530.15572539269299
2.32-2.440.19661410.147526062747100
2.44-2.590.19291420.150225622704100
2.6-2.80.19051560.153825992755100
2.8-3.080.17011210.170126192740100
3.08-3.520.22351490.172226142763100
3.52-4.440.16541460.144326482794100
4.44-52.110.18771340.162227562890100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.957 Å / Origin y: -22.573 Å / Origin z: -5.749 Å
111213212223313233
T0.1954 Å2-0.0088 Å2-0.0043 Å2-0.2891 Å20.0125 Å2--0.2564 Å2
L0.8147 °20.1437 °20.5456 °2-0.4764 °20.2545 °2--2.3402 °2
S-0.0201 Å °0.0141 Å °0.054 Å °-0.0635 Å °-0.0121 Å °0.0227 Å °-0.1204 Å °0.0073 Å °0.0305 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:399 OR RESID 801:803 OR RESID 901:1193 ) )A3 - 399
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:399 OR RESID 801:803 OR RESID 901:1193 ) )A801 - 803
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:399 OR RESID 801:803 OR RESID 901:1193 ) )A901 - 1193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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