PDB-7ovw: Binding domain of botulinum neurotoxin E in complex with GD1a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ovw

タイトル

Binding domain of botulinum neurotoxin E in complex with GD1a

要素

Neurotoxin type E

キーワード

TOXIN / botulinum neurotoxin / ganglioside / toxin receptor / bacterial toxin / carbohydrate binding

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Masuyer, G. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Mechanism of Ganglioside Receptor Recognition by Botulinum Neurotoxin Serotype E.
著者: Masuyer, G. / Davies, J.R. / Stenmark, P.

履歴

登録	2021年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年9月29日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / pdbx_database_proc / pdbx_entity_branch_descriptor Item: _atom_site.calc_flag / _citation.journal_volume ..._atom_site.calc_flag / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ovw.cif.gz	344.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ovw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ovw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ffzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1cr7-1 1v6m-2 3pw1-d 1c0k-1 1g6q-2 1v6m-1 4xfr-d 1v6o-2 6vc9-d 5vu7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Neurotoxin type E

BBB: Neurotoxin type E

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, protein is a monomer in solution (size exclusion chromatography ) carbohydrate is bound (observed by ITC)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.372, 84.920, 79.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.565, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Neurotoxin type E

分子量: 54329.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Recombinant binding domain of botulinum neurotoxin E with N-terminal His and HA tags
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5H0J8

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-3-2-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-1-3/a4-b1_b3-c1_c3-d2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2 M sodium chloride 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 20 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→53.77 Å / Num. obs: 44975 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 34.8 Å² / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3757 / CC_1/2: 0.807 / R_pim(I) all: 0.529 / R_rim(I) all: 0.748 / Χ²: 1.22 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FFZ

3ffz

解像度: 2.2→53.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / WR_factor R_free: 0.272 / WR_factor R_work: 0.218 / SU B: 8.149 / SU ML: 0.199 / Average fsc free: 0.8655 / Average fsc work: 0.8852 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.25 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2709	2082	4.632 %
R_work	0.2165	42870	-
all	0.219	-	-
obs	-	44952	95.245 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.213 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.981 Å²	0 Å²	1.159 Å²
2-	-	3.566 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.647 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→53.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6634	0	124	297	7055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	6914
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	6333
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.212	1.655	9392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.077	1.604	14511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.28	5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.605	24.272	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.449	15	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.544	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.039	0.2	939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7994
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.162	0.2	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.2	6129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.064	0.2	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.569	4.237	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.569	4.236	3234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.728	6.35	4042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.728	6.351	4043
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.409	4.392	3679
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.409	4.393	3680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.466	6.527	5350
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.466	6.528	5351
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.37	47.353	7469
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.352	47.317	7427

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.306	169	0.297	2999	X-RAY DIFFRACTION	91.218
2.257-2.319	0.313	149	0.287	3157	X-RAY DIFFRACTION	96.9786
2.319-2.386	0.323	125	0.281	3071	X-RAY DIFFRACTION	97.737
2.386-2.459	0.322	127	0.263	2983	X-RAY DIFFRACTION	97.6146
2.459-2.54	0.318	164	0.254	2884	X-RAY DIFFRACTION	97.2869
2.54-2.629	0.3	127	0.249	2707	X-RAY DIFFRACTION	95.3888
2.629-2.728	0.272	147	0.226	2662	X-RAY DIFFRACTION	97.0629
2.728-2.839	0.297	132	0.236	2556	X-RAY DIFFRACTION	96.1717
2.839-2.966	0.299	141	0.225	2447	X-RAY DIFFRACTION	96.5672
2.966-3.11	0.317	126	0.233	2316	X-RAY DIFFRACTION	96.2175
3.11-3.278	0.29	101	0.233	2226	X-RAY DIFFRACTION	95.3689
3.278-3.477	0.29	104	0.237	2110	X-RAY DIFFRACTION	95.3899
3.477-3.716	0.279	81	0.218	1972	X-RAY DIFFRACTION	95.2226
3.716-4.013	0.219	85	0.196	1842	X-RAY DIFFRACTION	94.3683
4.013-4.395	0.203	78	0.167	1658	X-RAY DIFFRACTION	93.183
4.395-4.912	0.183	57	0.147	1517	X-RAY DIFFRACTION	93.2464
4.912-5.668	0.227	60	0.165	1326	X-RAY DIFFRACTION	92.5234
5.668-6.933	0.258	72	0.213	1088	X-RAY DIFFRACTION	91.2667
6.933-9.769	0.326	28	0.205	860	X-RAY DIFFRACTION	89.2462
9.769-53.77	0.313	9	0.225	489	X-RAY DIFFRACTION	86.911

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