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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ovt | |||||||||||||||||||||
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タイトル | major seeded in vitro fibril morphology from murine SAA1.1 protein | |||||||||||||||||||||
要素 | Serum amyloid A-2 protein | |||||||||||||||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / systemic amyloidosis / seeded / misfolding disease / inflammation / prion | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Serum amyloid A protein / Serum amyloid A protein / Serum amyloid A proteins signature. / Serum amyloid A proteins / response to stilbenoid / high-density lipoprotein particle / acute-phase response / Serum amyloid A-2 protein 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Heerde, T. / Schmidt, M. / Faendrich, M. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM demonstrates the in vitro proliferation of an ex vivo amyloid fibril morphology by seeding. 著者: Thomas Heerde / Matthies Rennegarbe / Alexander Biedermann / Dilan Savran / Peter B Pfeiffer / Manuel Hitzenberger / Julian Baur / Ioana Puscalau-Girtu / Martin Zacharias / Nadine Schwierz / ...著者: Thomas Heerde / Matthies Rennegarbe / Alexander Biedermann / Dilan Savran / Peter B Pfeiffer / Manuel Hitzenberger / Julian Baur / Ioana Puscalau-Girtu / Martin Zacharias / Nadine Schwierz / Christian Haupt / Matthias Schmidt / Marcus Fändrich / 要旨: Several studies showed that seeding of solutions of monomeric fibril proteins with ex vivo amyloid fibrils accelerated the kinetics of fibril formation in vitro but did not necessarily replicate the ...Several studies showed that seeding of solutions of monomeric fibril proteins with ex vivo amyloid fibrils accelerated the kinetics of fibril formation in vitro but did not necessarily replicate the seed structure. In this research we use cryo-electron microscopy and other methods to analyze the ability of serum amyloid A (SAA)1.1-derived amyloid fibrils, purified from systemic AA amyloidosis tissue, to seed solutions of recombinant SAA1.1 protein. We show that 98% of the seeded fibrils remodel the full fibril structure of the main ex vivo fibril morphology, which we used for seeding, while they are notably different from unseeded in vitro fibrils. The seeded fibrils show a similar proteinase K resistance as ex vivo fibrils and are substantially more stable to proteolytic digestion than unseeded in vitro fibrils. Our data support the view that the fibril morphology contributes to determining proteolytic stability and that pathogenic amyloid fibrils arise from proteolytic selection. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ovt.cif.gz | 150 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ovt.ent.gz | 120.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ovt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ovt_validation.pdf.gz | 1011.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ovt_full_validation.pdf.gz | 1012.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ovt_validation.xml.gz | 32.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ovt_validation.cif.gz | 49.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11622.629 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: amyloid fibril / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Saa2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05367 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Murine serum amyloid A1 (SAA1) amyloid fibril / タイプ: COMPLEX 詳細: in vitro murine SAA amyloid fibril morphology i; Seeded with ex vivo material Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8.5 / 詳細: 10mM Tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris) |
緩衝液成分 | 濃度: 10 mM / 名称: Tris(hydroxymethyl)aminomethane / 式: (HOCH2)3CNH2 |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 96 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 179.425 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 141159 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107856 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient |