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- PDB-7oum: BDM88855 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB-R971A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oum
タイトルBDM88855 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB-R971A
要素
  • DARPIN
  • Multidrug efflux pump subunit AcrB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Multidrug efflux pump / Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-chloranyl-2-piperazin-1-yl-quinoline / TETRADECANE / DECANE / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / Chem-LPX / N-OCTANE / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Tam, H.K. / Foong, W.E. / Pos, K.M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 807, Transport and Communication across Biological Membranes ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Pyridylpiperazine-based allosteric inhibitors of RND-type multidrug efflux pumps.
著者: Ple, C. / Tam, H.K. / Vieira Da Cruz, A. / Compagne, N. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Muller, R.T. / Pradel, E. / Foong, W.E. / Malloci, G. / Ballee, A. / Kirchner, M.A. / Moshfegh, P. / ...著者: Ple, C. / Tam, H.K. / Vieira Da Cruz, A. / Compagne, N. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Muller, R.T. / Pradel, E. / Foong, W.E. / Malloci, G. / Ballee, A. / Kirchner, M.A. / Moshfegh, P. / Herledan, A. / Herrmann, A. / Deprez, B. / Willand, N. / Vargiu, A.V. / Pos, K.M. / Flipo, M. / Hartkoorn, R.C.
履歴
登録2021年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: Multidrug efflux pump subunit AcrB
C: Multidrug efflux pump subunit AcrB
D: DARPIN
E: DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)388,26048
ポリマ－380,5865
非ポリマー7,67443
水12,088671
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39690 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area122870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.214, 161.631, 244.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B


分子量: 114650.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: PET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質 DARPIN


分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: ARTIFICIAL GENE / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1 BLUE

-
糖 , 1種, 7分子

#3: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 10種, 707分子

#4: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#5: 化合物 ChemComp-DDQ / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド


分子量: 201.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27NO
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-1K8 / 3-chloranyl-2-piperazin-1-yl-quinoline / BDM88855 / 153987774


分子量: 247.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14ClN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#11: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#12: 化合物 ChemComp-LPX / (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル


分子量: 453.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44NO7P
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.05M ADA, PH 6.6, 0.13-0.2M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.006M BDM88855

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→49.51 Å / Num. obs: 212143 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.281 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.292 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 2939346 / Scaling rejects: 1264
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.49142.05145428103840.5930.5652.1271.5100
13.42-49.5111.70.1071676714300.9990.0370.11414.298.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC5.8.0258位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JMN

5jmn


解像度: 2.45→49.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / WRfactor Rfree: 0.2547 / WRfactor Rwork: 0.2268 / FOM work R set: 0.7838 / SU B: 19.349 / SU ML: 0.212 / SU R Cruickshank DPI: 0.3068 / SU Rfree: 0.2336 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2555 10468 4.9 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.2294 201567 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.83 Å2 / Biso mean: 49.147 Å2 / Biso min: 20.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25894 0 519 671 27084
Biso mean--63.89 38.03 -
残基数----3410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01326931
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01725974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1691.64736484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0331.58360152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.90253414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.60423.2031177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.407154440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.28815120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0320.23633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0229642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025324
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 732 -
Rwork0.312 14766 -
all-15498 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47730.1002-0.10660.4475-0.20780.81310.06620.04160.26830.13650.02490.0322-0.3885-0.0457-0.09110.19090.02840.06120.36920.0030.25830.102-14.53-16.89
20.2373-0.04790.01260.2744-0.2490.36990.03920.22640.0165-0.1909-0.0140.08450.1391-0.0964-0.02520.14350.0133-0.060.48570.00730.282829.092-41.417-52.559
30.43180.1332-0.11290.3148-0.16520.57810.02430.06360.0538-0.0153-0.0115-0.0009-0.06760.0559-0.01280.01410.00220.0030.29610.01810.146767.915-26.096-34.797
42.8097-0.3161.72081.59170.41444.6429-0.0709-0.09830.00410.0309-0.05230.1851-0.2475-0.3690.12320.0855-0.11230.00650.2925-0.08460.29481.064-74.497-23.899
53.0804-0.9879-0.44843.52530.53592.26290.0212-0.56510.44520.35850.047-0.3839-0.31640.143-0.06820.2625-0.0883-0.03230.6546-0.07660.180746.912-38.5328.101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 1041
2X-RAY DIFFRACTION1A1101 - 1111
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 1034
4X-RAY DIFFRACTION2A1112
5X-RAY DIFFRACTION2B1101 - 1112
6X-RAY DIFFRACTION3C1 - 1033
7X-RAY DIFFRACTION3B1113
8X-RAY DIFFRACTION3C1101 - 1114
9X-RAY DIFFRACTION4D12 - 166
10X-RAY DIFFRACTION4D201
11X-RAY DIFFRACTION5E13 - 166
12X-RAY DIFFRACTION5E201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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