PDB-7ouc: Crystal structure of the flavoprotein monooxygenase GrhO5 from gr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ouc

タイトル

Crystal structure of the flavoprotein monooxygenase GrhO5 from griseorhodin A biosynthesis

要素

Putative FAD-dependent monooxygenase GrhO5

キーワード

FLAVOPROTEIN / monooxygenase / griseorhodin A biosynthesis / rubromycin biosynthesis

機能・相同性

Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative FAD-dependent monooxygenase GrhO5

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. JP95 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Toplak, M. / Teufel, R.

資金援助

ドイツ,

オーストリア, 3件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Catalytic Control of Spiroketal Formation in Rubromycin Polyketide Biosynthesis.
著者: Toplak, M. / Saleem-Batcha, R. / Piel, J. / Teufel, R.

履歴

登録	2021年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ouc.cif.gz	130 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ouc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ouc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ouc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ouc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oudC 7oujC 3ihgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fv3-d 6ek6-d 3tzw-d 5aa2-3 7ouj-d 5fz8-d 5fyb-d 5fyt-d 1mfp-d 5ihe-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Putative FAD-dependent monooxygenase GrhO5

ヘテロ分子

56.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.069, 104.437, 69.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.886, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative FAD-dependent monooxygenase GrhO5 分子量: 55726.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. JP95 (バクテリア) 遺伝子: grhO5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KSX7
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20 % PEG 3350, 200 mM di-Sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月11日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→44.563 Å / Num. obs: 62285 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 8665 / CC_1/2: 0.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IHG

3ihg

解像度: 1.75→44.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 3.236 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2327	3117	5.03 %
R_work	0.1943	58847	-
all	0.196	-	-
obs	-	61964	97.23 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.034 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.029 Å²	-0 Å²	0.002 Å²
2-	-	-0.042 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3885	0	53	475	4413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4015
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.64	5473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.445	1.577	8632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.706	5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.142	19.541	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.009	15	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.905	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4651
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.084	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.965	2.211	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.958	2.211	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.916	3.31	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.915	3.311	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.826	2.539	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.828	2.541	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.412	3.67	2844
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.411	3.67	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.036	27.282	4615
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.845	26.671	4500

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.324	195	0.32	3794	X-RAY DIFFRACTION	84.7641
1.795-1.845	0.307	240	0.29	4310	X-RAY DIFFRACTION	98.1873
1.845-1.898	0.297	231	0.275	4122	X-RAY DIFFRACTION	98.5957
1.898-1.956	0.295	237	0.241	4040	X-RAY DIFFRACTION	99.1423
1.956-2.02	0.252	222	0.227	3949	X-RAY DIFFRACTION	99.0031
2.02-2.091	0.247	201	0.204	3813	X-RAY DIFFRACTION	98.8427
2.091-2.17	0.237	186	0.192	3632	X-RAY DIFFRACTION	98.5799
2.17-2.259	0.213	200	0.184	3429	X-RAY DIFFRACTION	96.2599
2.259-2.359	0.2	184	0.182	3402	X-RAY DIFFRACTION	98.5436
2.359-2.474	0.243	168	0.177	3259	X-RAY DIFFRACTION	99.4775
2.474-2.608	0.221	177	0.184	3078	X-RAY DIFFRACTION	99.2378
2.608-2.766	0.256	147	0.193	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.1961
2.766-2.956	0.244	128	0.196	2745	X-RAY DIFFRACTION	98.1551
2.956-3.193	0.245	125	0.191	2531	X-RAY DIFFRACTION	96.8283
3.193-3.496	0.223	106	0.177	2317	X-RAY DIFFRACTION	96.5339
3.496-3.908	0.165	99	0.155	2143	X-RAY DIFFRACTION	98.5061
3.908-4.51	0.186	84	0.156	1882	X-RAY DIFFRACTION	97.3749
4.51-5.517	0.223	84	0.179	1557	X-RAY DIFFRACTION	96.5862
5.517-7.776	0.26	56	0.204	1217	X-RAY DIFFRACTION	94.7173
7.776-44.52	0.214	47	0.198	689	X-RAY DIFFRACTION	98.0027

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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