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- PDB-7oua: Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant R127K (CC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oua
タイトルCrystal structure of dimeric chlorite dismutase variant R127K (CCld R127K) from Cyanothece sp. PCC7425
要素Chlorite dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Chlorite dismutase / nitrite
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen peroxide-dependent heme synthase / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / hydrogen peroxide-dependent heme synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanothece sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Schmidt, D. / Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP30979 オーストリア
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Impact of the dynamics of the catalytic arginine on nitrite and chlorite binding by dimeric chlorite dismutase.
著者: Serra, I. / Schmidt, D. / Pfanzagl, V. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmuller, P.G. / Garcia-Rubio, I. / Van Doorslaer, S. / Obinger, C.
履歴
登録2021年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorite dismutase
B: Chlorite dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,97412
ポリマ－43,6062
非ポリマー2,36810
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.712, 49.607, 54.579
Angle α, β, γ (deg.)102.484, 104.838, 105.002
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chlorite dismutase


分子量: 21802.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 7425 / ATCC 29141) (バクテリア)
株: PCC 7425 / ATCC 29141 / 遺伝子: Cyan7425_1434 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8HNS6

-
非ポリマー , 7種, 42分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.15 M MgSO4, 30 %w/v PEG 3350, 4 %v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50.29 Å / Num. obs: 27118 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 58.07 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / Num. unique obs: 1385 / CC1/2: 0.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MAU

5mau


解像度: 2.09→44.4 Å / SU ML: 0.408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 42.24
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2704 1679 7.5 %
Rwork0.2218 20720 -
obs0.2253 22399 82.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→44.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2980 0 158 32 3170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00463216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84654366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0142546
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8788456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.150.5821100.533799X-RAY DIFFRACTION4.85
2.15-2.220.4268790.4557819X-RAY DIFFRACTION39.89
2.22-2.30.47881280.46041530X-RAY DIFFRACTION73.53
2.3-2.390.41451520.39711915X-RAY DIFFRACTION92.61
2.39-2.50.40741610.352029X-RAY DIFFRACTION96.69
2.5-2.630.38021650.31192043X-RAY DIFFRACTION97.18
2.63-2.790.34121650.28721999X-RAY DIFFRACTION97.79
2.79-3.010.36631620.26722082X-RAY DIFFRACTION98.08
3.01-3.310.29921650.24372038X-RAY DIFFRACTION98.22
3.31-3.790.24081620.19382048X-RAY DIFFRACTION98.31
3.79-4.780.21881660.16752049X-RAY DIFFRACTION98.75
4.78-44.40.21141640.18382069X-RAY DIFFRACTION98.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.910529890280.8391686604372.185039361112.72618995092.450214501797.29354523764-0.0331183535574-0.00647163138890.00796360420514-0.00584708623825-0.1000015194340.192981863141-0.0751035074656-0.5046895332790.1722145519520.378733876801-0.1013821186620.01428647672440.3510348798220.007834799405950.259784046327-24.5777828216-9.473850283176.38534973234
22.461227082840.5220112533871.482252010861.849640510610.7294043334085.27417060501-0.09380906266960.527253296861-0.0328776450321-0.2723648512420.206719243096-0.242004460541-0.09017562183520.800671782928-0.1090410796610.335780351253-0.08372401700310.03625807884450.407113726104-0.06375175265580.288436611935-9.32769858445-10.2002824967.81787643198
35.67212534006-1.49929509952-4.007563269893.22893696645-1.302270025895.484699173260.11238565634-0.2133611629610.2186746218970.044415469946-0.301376602720.778376487015-0.409662308548-0.8764005484550.1896953538380.491025004999-0.0895564838894-0.009811514048960.688312180632-0.1518394392150.496142958388-30.41006199143.338967639136.8795243968
42.778690648240.2254503580770.253743572721.950956554461.22733875623.40307766598-0.02905844442480.05402167100090.01653426689030.1438854724040.00635524627940.0464928117070.0362709660102-0.1802953084850.03995115537420.601610526623-0.200205771532-0.03575735135040.486580412036-0.06080573993770.34042258306-11.8137423186-1.5652648148932.4791107797
52.68806897615-0.04143037763620.5741123269971.372963888841.3263379973.91221711504-0.0409973526669-0.2640170146590.2321280516940.03105507362070.01238239623240.0521338026231-0.3127774918860.3017108695860.01924173075470.570740460523-0.133394325855-0.02729095748090.397652870155-0.0477668083580.400089318991-13.10898135323.5756444947238.3841876519
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 63 )AA2 - 631 - 62
22chain 'A' and (resid 64 through 182 )AA64 - 18263 - 181
33chain 'B' and (resid 2 through 49 )BF2 - 491 - 48
44chain 'B' and (resid 50 through 108 )BF50 - 10849 - 107
55chain 'B' and (resid 109 through 182 )BF109 - 182108 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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