PDB-7ou7: Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant Q74V (CCl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ou7

タイトル

Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant Q74V (CCld Q74V) from Cyanothece sp. PCC7425 in complex with nitrite

要素

Chlorite dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Chlorite dismutase / nitrite

機能・相同性

Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRITE ION / Chlorite dismutase

機能・相同性情報

生物種

Cyanothece sp.

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Schmidt, D. / Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Impact of the dynamics of the catalytic arginine on nitrite and chlorite binding by dimeric chlorite dismutase.
著者: Serra, I. / Schmidt, D. / Pfanzagl, V. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmuller, P.G. / Garcia-Rubio, I. / Van Doorslaer, S. / Obinger, C.

履歴

登録	2021年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ou7.cif.gz	205.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ou7.ent.gz	134.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ou7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ou7_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ou7_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7ou7_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	7ou7_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ou5C 7ou9C 7ouaC 7ouyC 7owiC 7atiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k8z-1 7oua-d 7asb-d 7ou5-d 5k8z-2 7ou9-d 7ati-d 7owi-1 7owi-2 6n4n-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

45 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.954, 73.049, 59.973
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.323, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Chlorite dismutase 分子量: 21801.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 7425 / ATCC 29141) (バクテリア) 株: PCC 7425 / ATCC 29141 / 遺伝子: Cyan7425_1434 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8HNS6
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素分子量: 46.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20 %w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M MgCl2 Soaking: 100mM NaNO2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→47.54 Å / Num. obs: 52809 / % possible obs: 76.2 % / 冗長度: 1.29 % / B_iso Wilson estimate: 22.78 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 7.96
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / Num. unique obs: 5233 / CC_1/2: 0.174

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ATI

7ati

解像度: 1.63→47.54 Å / SU ML: 0.2122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.2449
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1888	851	1.61 %
R_work	0.1676	51924	-
obs	0.1679	52775	96.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→47.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2994	0	98	231	3323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	3191
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7633	4350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0545	446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	553
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.5616	428

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.73	0.3156	141	0.2695	8591	X-RAY DIFFRACTION	95.84
1.73-1.87	0.2711	140	0.1983	8520	X-RAY DIFFRACTION	95.87
1.87-2.05	0.1739	139	0.1715	8569	X-RAY DIFFRACTION	95.63
2.05-2.35	0.1944	142	0.1548	8634	X-RAY DIFFRACTION	96.25
2.35-2.96	0.1783	143	0.1677	8762	X-RAY DIFFRACTION	97.5
2.96-47.54	0.1719	146	0.1567	8848	X-RAY DIFFRACTION	97.26

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.282847594575	-0.0157604242219	0.0795877332556	0.450303895637	0.514873215334	0.535971427576	0.0435344874646	0.137195770465	0.111216190939	0.00546167820346	-0.208777837833	-0.0769144244801	-0.191360634362	0.206824586073	-0.00013799675009	0.266290972204	-0.0367419221393	-0.00445348291931	0.268324853853	0.0315065845922	0.284502628022	34.2945440479	7.28862350904	17.7868028172
2	2.10338667831	-0.165300890121	0.481032619435	0.746385016512	-0.249640940181	1.34878995855	-0.0103268348391	-0.194635470904	-0.0311072745127	0.0457939434939	-0.0509369076386	-0.00963138173901	-0.0281517062842	-0.0236056872977	-0.000328671855596	0.188180621724	-0.0144507557497	0.0135518483813	0.20846899822	0.0150272843516	0.174219870762	21.7850407756	-0.840638247627	23.0076960942
3	0.450197082135	-0.0832907187714	0.594859671911	1.29814613536	0.210877061092	1.43350903628	-0.074634486008	-0.298090048996	-0.197355529856	0.147387206962	0.0535264724253	-0.0843387519919	0.0776108792319	0.118633534343	-4.35916554229E-5	0.239498562233	-0.000752897518725	-0.00495224545151	0.297549139494	0.0519534321496	0.199442440609	29.3950927847	-5.27502482164	28.8642665944
4	2.15930589818	0.281534891604	0.205444840422	1.39209631042	-0.131790162157	1.29967758736	0.00180785785424	0.144724073096	-0.0638553575969	-0.13518068829	0.0361849015214	0.0787196002558	0.185505921551	-0.147300638134	0.000559073330612	0.239205786959	-0.040833481314	-0.00789811997904	0.169122729112	-0.000799186284863	0.14734708876	1.45239759235	-3.88419429951	-6.05469081537
5	0.761376783598	-0.237176591306	0.931999438379	1.6460132585	-1.28379282751	1.75407741448	-0.19676722711	0.690524337798	-0.727914866689	-0.505351119301	-0.523581498107	-0.569011889826	0.584230035952	0.431566738296	-0.224042462105	0.410466061325	0.0457026118034	0.115891118352	0.485275629507	-0.0621314985496	0.408099239151	8.44620305203	-12.7804767769	-6.83468358036
6	0.630050060289	0.287425116308	0.307914678405	0.538126136943	-0.281075353907	0.527590649673	0.0125468396885	-0.0369911640035	-0.0135383106329	-0.0179413656531	0.00175588239301	0.0313861885687	0.148650879412	-0.131842054645	-3.27611673728E-5	0.191113446938	0.00144116250458	-0.0033440679415	0.194876230386	-0.0122744705509	0.160874224346	8.61546059702	-0.407601294573	7.64632137297
7	0.459042054629	0.031535100533	0.22877688639	0.00792240203391	0.0648081495372	0.555559972741	0.26114228389	-0.246464028956	-0.444567707891	0.0165099652298	0.208683428164	-0.365357961018	0.457151603424	-0.664853363347	0.02582693796	0.304584782687	-0.0190074264952	-0.0198089969696	0.424635981502	-0.000550829502073	0.28223821052	-2.34460950629	6.63732905233	20.4705093655
8	0.507322955871	-0.304811733934	0.406511555516	0.795102184054	0.356959759839	1.89150387392	-0.0159662907138	0.0741134091128	-0.0139804751921	-0.00759435515179	0.04274659756	-0.00917826659018	0.0373402724277	-0.08388797429	0.000124004957884	0.157472798759	0.0139174083383	0.0049615842546	0.136740914703	0.0209573381622	0.159765964085	2.76333162159	4.5719695188	4.07426727752
9	0.17838045371	-0.114890043548	0.109933570015	0.224769522857	0.00728973968462	0.0808255468922	-0.108435472009	-0.140454402206	0.232471152069	0.243762050414	0.0742682700649	0.100470460453	-0.322529778218	0.0480409603058	-0.000185919550656	0.276190098244	0.0255603530527	-0.00808624837923	0.163606252048	-0.0277857244709	0.25733569074	9.99144490196	16.7491759498	13.7572090641
10	0.114954856928	-0.0329475086026	0.00711752532634	0.00870296730521	-0.0171165635326	0.05294858526	-0.0423380105985	-0.0633222243225	0.188472479354	-0.128695429317	-0.11678872215	-0.0154356083974	-0.318869730478	-0.470095516168	0.000235966425238	0.213817715476	0.0366719455224	0.005506932212	0.261729074216	-0.0183218374092	0.265365678108	-5.08228728708	12.0758149157	10.5661172391
11	0.34080954833	0.113532475676	0.104548626241	0.759779255541	-0.0613786180906	0.404777571336	-0.069448049421	0.244254031132	-0.0697763170581	-0.0408676850991	0.0515547143368	-0.052059107552	0.110845977842	-0.151574899709	-9.49345701859E-5	0.194878478822	-0.0017834556306	0.00374457986197	0.211731607267	0.000733005988749	0.184893205621	8.70981815503	0.316913984728	4.1166138273
12	0.0073059680308	-0.00963013689946	0.128574630918	0.835338591287	-0.278832174845	1.07923826377	-0.129915790377	0.0246546263103	0.0967954819885	-0.188328312038	0.159936166699	0.300177210102	-0.158776810558	-0.287906977479	0.000289921480818	0.198055997653	0.0175624947799	-0.0247810512215	0.209204841149	0.0189878067266	0.265032252569	-4.85173640298	9.10514132731	1.41282814543
13	0.37548136957	-0.424982932432	-0.0980636085867	1.01671503931	-0.320845731669	1.3411961274	-0.0742626385527	0.189759827328	0.0616842978887	-0.0441724794084	0.124061779487	0.00510671499961	-0.0865644515959	-0.0694491806259	-0.000690412561169	0.202263965625	-0.0061055949821	0.0220905695599	0.188336975616	0.0163900264695	0.204298056281	3.25437361184	8.17529257409	-1.96222925267
14	2.02639566841	0.46444553081	0.0521198849315	0.850834434692	0.459233685896	0.929008664674	0.117569211954	-0.0138893645483	-0.427887489496	-0.0252622618705	-0.0435565096399	-0.245220147991	0.303964625312	0.249759457506	-4.51720064231E-5	0.289022844735	0.0723030660641	0.0254009164971	0.213619889802	0.0594701789131	0.308379340073	31.0593948475	-15.3835635966	17.3152629049
15	1.74908450579	-0.0683375780182	0.48529404763	1.02889897208	-0.715180477985	1.68492377177	0.166229545418	0.122327678975	-0.490346928076	-0.379584616635	-0.161054180728	-0.0646561905464	0.453021027393	0.0935398828353	0.0302009090222	0.301675478772	0.0231377218417	-0.00834011251528	0.159484083613	-0.000708037944584	0.29749558095	23.5013675894	-10.203247139	12.0410360714

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 64 through 83 )	B	D	64 - 83	64 - 83
2	2	chain 'B' and (resid 84 through 148 )	B	D	84 - 148	84 - 148
3	3	chain 'B' and (resid 149 through 182 )	B	D	149 - 182	149 - 182
4	4	chain 'A' and (resid 1 through 37 )	A	A	1 - 37	1 - 37
5	5	chain 'A' and (resid 38 through 49 )	A	A	38 - 49	38 - 49
6	6	chain 'A' and (resid 50 through 63 )	A	A	50 - 63	50 - 63
7	7	chain 'A' and (resid 64 through 73 )	A	A	64 - 73	64 - 73
8	8	chain 'A' and (resid 74 through 100 )	A	A	74 - 100	74 - 100
9	9	chain 'A' and (resid 101 through 113 )	A	A	101 - 113	101 - 113
10	10	chain 'A' and (resid 114 through 124 )	A	A	114 - 124	114 - 124
11	11	chain 'A' and (resid 125 through 140 )	A	A	125 - 140	125 - 140
12	12	chain 'A' and (resid 141 through 164 )	A	A	141 - 164	141 - 164
13	13	chain 'A' and (resid 165 through 182 )	A	A	165 - 182	165 - 182
14	14	chain 'B' and (resid 1 through 37 )	B	D	1 - 37	1 - 37
15	15	chain 'B' and (resid 38 through 63 )	B	D	38 - 63	38 - 63

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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