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- PDB-7ots: Crystal structure of human Monoacylglycerol Lipase ABHD6 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ots
タイトルCrystal structure of human Monoacylglycerol Lipase ABHD6 in complex with oleic acid and octyl glucoside
要素Monoacylglycerol lipase ABHD6
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-Hydrolase domain containing 6 / 2-arachidonoylglycerol hydrolase / monoacylglycerol lipase ABHD6 / endocannabinoid system / 2-AG signalling / nervous system
機能・相同性
機能・相同性情報


lysobisphosphatidic acid metabolic process / Arachidonate production from DAG / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / acylglycerol catabolic process / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / phospholipase activity / regulation of endocannabinoid signaling pathway / monoacylglycerol lipase activity / arachidonate metabolic process ...lysobisphosphatidic acid metabolic process / Arachidonate production from DAG / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / acylglycerol catabolic process / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / phospholipase activity / regulation of endocannabinoid signaling pathway / monoacylglycerol lipase activity / arachidonate metabolic process / phospholipid catabolic process / long-term synaptic depression / negative regulation of cold-induced thermogenesis / AMPA glutamate receptor complex / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of cell migration / mitochondrial membrane / GABA-ergic synapse / late endosome membrane / postsynaptic membrane / lysosomal membrane / glutamatergic synapse / mitochondrion / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / Monoacylglycerol lipase ABHD6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.792 Å
データ登録者Nawrotek, A. / Talagas, A. / Vuillard, L. / Miallau, L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human Monoacylglycerol Lipase ABHD6 in complex with oleic acid and octyl glucoside
著者: Nawrotek, A. / Talagas, A. / Vuillard, L. / Miallau, L.
履歴
登録2021年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoacylglycerol lipase ABHD6
B: Monoacylglycerol lipase ABHD6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,91811
ポリマ－67,4962
非ポリマー1,4229
水5,278293
1
A: Monoacylglycerol lipase ABHD6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5155
ポリマ－33,7481
非ポリマー7674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Monoacylglycerol lipase ABHD6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4036
ポリマ－33,7481
非ポリマー6555
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.815, 71.494, 77.83
Angle α, β, γ (deg.)90, 111.11, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Monoacylglycerol lipase ABHD6 / 2-arachidonoylglycerol hydrolase / Abhydrolase domain-containing protein 6


分子量: 33748.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABHD6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BV23, acylglycerol lipase
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 301分子

#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 35 % PEG 3350, 0.1 M MES pH 6.5, 0.5% beta-OG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.766→72.6 Å / Num. obs: 41378 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.776→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.923 / Num. unique obs: 2071 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.54 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 47.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OPM

4opm


解像度: 1.792→72.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU R Cruickshank DPI: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.196
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2661 1921 -RANDOM
Rwork0.2222 ---
obs0.2243 39001 66.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8388 Å20 Å2-0.5395 Å2
2--0.906 Å20 Å2
3---0.9328 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.792→72.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4587 0 93 293 4973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094928HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.986706HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1785SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes817HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4871HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion608SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4238SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.68
LS精密化 シェル解像度: 1.792→1.9 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4203 44 -
Rwork0.2686 --
obs--8.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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