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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ots | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Monoacylglycerol Lipase ABHD6 in complex with oleic acid and octyl glucoside | ||||||
要素 | Monoacylglycerol lipase ABHD6 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta-Hydrolase domain containing 6 / 2-arachidonoylglycerol hydrolase / monoacylglycerol lipase ABHD6 / endocannabinoid system / 2-AG signalling / nervous system | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysobisphosphatidic acid metabolic process / : / Arachidonate production from DAG / acylglycerol catabolic process / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / phospholipase activity / monoacylglycerol lipase activity / phospholipid catabolic process ...lysobisphosphatidic acid metabolic process / : / Arachidonate production from DAG / acylglycerol catabolic process / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / phospholipase activity / monoacylglycerol lipase activity / phospholipid catabolic process / negative regulation of cold-induced thermogenesis / long-term synaptic depression / AMPA glutamate receptor complex / positive regulation of lipid biosynthetic process / GABA-ergic synapse / negative regulation of cell migration / mitochondrial membrane / late endosome membrane / membrane => GO:0016020 / lysosomal membrane / glutamatergic synapse / mitochondrion / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.792 Å | ||||||
データ登録者 | Nawrotek, A. / Talagas, A. / Vuillard, L. / Miallau, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of human Monoacylglycerol Lipase ABHD6 in complex with oleic acid and octyl glucoside 著者: Nawrotek, A. / Talagas, A. / Vuillard, L. / Miallau, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ots.cif.gz | 137.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ots.ent.gz | 105.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ots.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ots_validation.pdf.gz | 408.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ots_full_validation.pdf.gz | 411 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ots_validation.xml.gz | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ots_validation.cif.gz | 36.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7ots ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7ots | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4opmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33748.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABHD6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BV23, acylglycerol lipase #2: 糖 | ChemComp-BOG / | |
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-非ポリマー , 4種, 301分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 35 % PEG 3350, 0.1 M MES pH 6.5, 0.5% beta-OG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.766→72.6 Å / Num. obs: 41378 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.776→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.923 / Num. unique obs: 2071 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.54 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 47.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4OPM 解像度: 1.792→72.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU R Cruickshank DPI: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.196
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.19 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.792→72.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.792→1.9 Å
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