PDB-1zwx: Crystal Structure of SmcL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zwx

タイトル

Crystal Structure of SmcL

要素

sphingomyelinase-c

キーワード

HYDROLASE / DNase1-like fold / beta-hairpin

機能・相同性

機能・相同性情報

sphingomyelin phosphodiesterase / sphingomyelin phosphodiesterase activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria ivanovii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Openshaw, A.E.A. / Race, P.R. / Monzo, H.J. / Vasquez-Boland, J.A. / Banfield, M.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of SmcL, a bacterial neutral sphingomyelinase C from Listeria.
著者: Openshaw, A.E.A. / Race, P.R. / Monzo, H.J. / Vasquez-Boland, J.A. / Banfield, M.J.

履歴

登録	2005年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE This is an error in the protein sequence database. The sequence of the deposited structure ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zwx.cif.gz	78.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zwx.ent.gz	56.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zwx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/1zwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/1zwx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jqm-d 6hzh-1 2ed4-d 4nvi-d 1aee-d 4jpl-d 4jmb-d 4lu3-d 4wlz-1 6i1g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (3) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: sphingomyelinase-c

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: sphingomyelinase-c

ヘテロ分子

A: sphingomyelinase-c

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.860, 66.860, 180.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	sphingomyelinase-c / SmcL 分子量: 34502.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria ivanovii (バクテリア) / 遺伝子: smcl / プラスミド: pET27b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9RLV9, sphingomyelin phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: PEG 8000, sodium citrate, sodium dihydrogen phosphate, sodium chloride, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SRS

/ ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月5日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: Si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.488 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	R_sym value	D res high (Å)	D res low (Å)	% possible obs
3.8	1	9.4	15268	0.067	0.067	2.59	55.56	99.3
8.3	2	9.5	9874	0.075	0.075	3	32.78	99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.22	55.56	99.2	1	0.026	0.026	3.4
5.81	8.22	100	1	0.039	0.039	3.9
4.75	5.81	100	1	0.041	0.041	4
4.11	4.75	100	1	0.048	0.048	4.1
3.68	4.11	100	1	0.064	0.064	4.1
3.36	3.68	100	1	0.075	0.075	4.1
3.11	3.36	100	1	0.091	0.091	4.1
2.91	3.11	100	1	0.145	0.145	4.1
2.74	2.91	99	1	0.15	0.15	3.7
2.6	2.74	96.1	1	0.174	0.174	2.4
9.49	32.78	97.8	2	0.02	0.02	6.5
6.71	9.49	100	2	0.028	0.028	7.8
5.48	6.71	100	2	0.05	0.05	8.1
4.74	5.48	100	2	0.037	0.037	8.3
4.24	4.74	100	2	0.041	0.041	8.4
3.87	4.24	100	2	0.059	0.059	8.4
3.59	3.87	100	2	0.089	0.089	8.4
3.35	3.59	100	2	0.124	0.124	8.4
3.16	3.35	100	2	0.182	0.182	8.5
3	3.16	100	2	0.261	0.261	8.4

反射

解像度: 1.9→30.68 Å / Num. obs: 37481 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 27 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 18.8

反射シェル

解像度: 1.9→2 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. measured obs: 5409 / Num. unique all: 5409 / R_sym value: 0.263 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換・異常分散

Phasing dm

FOM : 0.68 / FOM acentric: 0.67 / FOM centric: 0.76 / 反射: 13795 / Reflection acentric: 11804 / Reflection centric: 1991

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.4-35.706	0.89	0.9	0.86	712	455	257
4.6-7.4	0.86	0.87	0.83	2058	1631	427
3.7-4.6	0.85	0.84	0.85	2491	2103	388
3.3-3.7	0.78	0.77	0.81	2472	2159	313
2.8-3.3	0.57	0.56	0.65	4029	3599	430
2.6-2.8	0.35	0.33	0.46	2033	1857	176

Phasing MIR

解像度: 3→40 Å / FOM: 0.31 / 反射: 9681

Phasing MIR der

ID	Der set-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

Phasing MIR der site

ID: 1 / Atom type symbol: Ir

Der-ID	B_iso (Å)	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	52.2411	0.2646	0.5475	0.0382	0.4134
2	21.149	0.9544	0.2821	0.0497	0.065
3	6.989	0.0546	0.8436	0.0132	0.0445
4	22.9828	0.3459	0.7666	0.1564	0.048

Phasing MIR shell

解像度 (Å)	FOM	反射
10.7-40	0.53	511
6.79-10.7	0.55	845
5.32-6.79	0.47	1040
4.51-5.32	0.36	1218
3.99-4.51	0.29	1371
3.61-3.99	0.23	1486
3.32-3.61	0.21	1565
3.1-3.32	0.17	1645

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→30.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 2.919 / SU ML: 0.086 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	1888	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.203	35586	100 %	-
all	-	37475	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.572 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.8 Å²	0.9 Å²	0 Å²
2-	-	1.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.7 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.121 Å	0.124 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2301	0	11	244	2556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.433	1.914	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.73	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.752	24.426	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.897	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.823	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.981	1.5	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.636	2	2319
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.392	3	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.596	4.5	940

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	145	-
R_work	0.254	2554	-
obs	-	35586	100 %

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