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- PDB-7osb: Crystal Structure of a Double Mutant PETase (S238F/W159H) from Id... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7osb
タイトルCrystal Structure of a Double Mutant PETase (S238F/W159H) from Ideonella sakaiensis
要素Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cutinase / PET hydrolase-like / : / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Ideonella sakaiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Shakespeare, T.J. / Zahn, M. / Allen, M.D. / McGeehan, J.E.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P011918/1 英国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC36-08GO28308 米国
引用ジャーナル: ChemSusChem / 年: 2022
タイトル: Comparative Performance of PETase as a Function of Reaction Conditions, Substrate Properties, and Product Accumulation.
著者: Erickson, E. / Shakespeare, T.J. / Bratti, F. / Buss, B.L. / Graham, R. / Hawkins, M.A. / Konig, G. / Michener, W.E. / Miscall, J. / Ramirez, K.J. / Rorrer, N.A. / Zahn, M. / Pickford, A.R. / ...著者: Erickson, E. / Shakespeare, T.J. / Bratti, F. / Buss, B.L. / Graham, R. / Hawkins, M.A. / Konig, G. / Michener, W.E. / Miscall, J. / Ramirez, K.J. / Rorrer, N.A. / Zahn, M. / Pickford, A.R. / McGeehan, J.E. / Beckham, G.T.
履歴
登録2021年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
B: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
C: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,31318
ポリマ－94,0623
非ポリマー1,25115
水19,4921082
1
A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6785
ポリマ－31,3541
非ポリマー3244
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9628
ポリマ－31,3541
非ポリマー6087
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6745
ポリマ－31,3541
非ポリマー3204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.379, 233.957, 164.808
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-613-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase / PET-digesting enzyme


分子量: 31353.955 Da / 分子数: 3 / 変異: S238F, W159H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア)
遺伝子: ISF6_4831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1082 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.95M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→20.7 Å / Num. obs: 178688 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 1.99 % / Biso Wilson estimate: 18.11 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02805 / Rpim(I) all: 0.02805 / Rrim(I) all: 0.03966 / Net I/σ(I): 9.99
反射 シェル解像度: 1.45→1.502 Å / Rmerge(I) obs: 0.6994 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 17558 / CC1/2: 0.639 / CC star: 0.883 / Rpim(I) all: 0.6994 / Rrim(I) all: 0.9891 / % possible all: 98.83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
MOLREP位相決定
xia2data processing
DIALSデータ削減
xia2データ削減
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EQE

6eqe


解像度: 1.45→21.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.065 / SU Rfree Blow DPI: 0.064 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.059
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2069 8759 -RANDOM
Rwork0.1909 ---
obs0.1917 178676 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.8946 Å20 Å20 Å2
2--10.9959 Å20 Å2
3---4.8988 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→21.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5848 0 65 1082 6995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086102HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.948327HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1996SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1055HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6102HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion828SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6709SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion12.96
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.46 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3728 170 -
Rwork0.3874 --
obs0.3867 3574 95.71 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0975-0.1397-0.32650.79480.26360.5650.1065-0.0281-0.0735-0.02810.00990.027-0.07350.027-0.1164-0.06140.02920.00030.0319-0.01610.01984.1964-59.0433-13.1823
20.1119-0.2475-0.12720.78290.05460.3054-0.0627-0.01870.1361-0.01870.0088-0.00540.1361-0.00540.05390.11630.0412-0.0116-0.0537-0.0118-0.05915.4361-99.7667-21.8643
30.0449-0.04410.13490.4827-0.27350.5802-0.00270.0724-0.12850.0724-0.04980.0011-0.12850.00110.05260.08550.05480.0445-0.03660.0307-0.03725.3645-136.342-23.5881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A28 - 293
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A301
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B28 - 291
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B307 - 313
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C28 - 291
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C305 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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