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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7os9
タイトルCrystal Structure of Domain Swapped Trp Repressor V58I Variant with purification tag
要素Trp operon repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / host crystal / domain swapping
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trp repressor, bacterial / Trp repressor / TrpR-like superfamily / Trp repressor protein / Trp repressor/replication initiator
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Trp operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Sprenger, J. / Lawson, C.L. / Lo Leggio, L. / Von Wachenfeldt, C. / Carey, J.
資金援助 米国, デンマーク, スウェーデン, 6件
組織認可番号
National Science Foundation (NSF, United States)DBI13-58737 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI16-59726 米国
Other privateVillum Experiment grant 17535 デンマーク
European Union (EU)MAX4ESSFUN grant LU001 スウェーデン
Other privateDANSCATT デンマーク
European Union (EU)UCPH-002 デンマーク
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / : 2021
タイトル: Crystal structures of Val58Ile tryptophan repressor in a domain-swapped array in the presence and absence of L-tryptophan.
著者: Sprenger, J. / Lawson, C.L. / von Wachenfeldt, C. / Lo Leggio, L. / Carey, J.
履歴
登録2021年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Trp operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9822
ポリマ-14,9131
非ポリマー691
19811
1
AA: Trp operon repressor
ヘテロ分子

AA: Trp operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9644
ポリマ-29,8262
非ポリマー1382
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area3150 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.747, 85.747, 115.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

-
要素

#1: タンパク質 Trp operon repressor


分子量: 14912.940 Da / 分子数: 1 / 変異: V58I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: trpR, A6581_18385, A6V01_04405, A8C65_14935, A9819_24995, A9R57_08265, A9X72_21335, AC789_1c48680, ACN002_4668, ACN68_21430, ACN81_09780, ACU57_07675, ACU90_07280, AM270_09365, AM464_ ...遺伝子: trpR, A6581_18385, A6V01_04405, A8C65_14935, A9819_24995, A9R57_08265, A9X72_21335, AC789_1c48680, ACN002_4668, ACN68_21430, ACN81_09780, ACU57_07675, ACU90_07280, AM270_09365, AM464_16695, AMK83_27270, AML35_20440, ARC77_19250, AU473_26900, AUQ13_08415, AUS26_22800, AW059_08865, AWB10_21955, B7C53_17175, BB545_14420, BHF03_15595, BHS81_26165, BHS87_24520, BIZ41_21215, BJJ90_22270, BK248_20485, BK292_12740, BK296_03460, BMA87_10415, BMT91_18370, BN17_44101, BOH76_24290, BON63_20360, BON65_08470, BON69_07095, BON72_08435, BON75_00780, BON76_14530, BON94_26195, BON95_07735, BON98_11485, BTQ04_23975, BTQ06_24870, BUE81_16670, BVL39_03110, BW690_00300, BWP17_03400, BZL31_17540, C2U48_10565, C5F72_22700, C5F73_07005, C5N07_17095, C5P01_07990, C5P44_08275, C6669_05245, C7235_21160, C7B02_11800, C7B06_04925, C7B07_05220, C9114_21605, C9160_22560, C9201_20530, C9306_03555, C9E25_18335, C9E67_26175, C9Z03_09790, C9Z28_19770, C9Z37_20800, C9Z70_09005, CA593_03805, CDC27_23720, CG692_08005, CI641_015615, CI693_18930, CI694_23760, CJU64_26420, CO706_22135, COD30_03045, COD46_20790, CR538_21575, CR539_03945, CRD98_11815, CRE06_01130, CRM83_16015, CV83915_01578, CVH05_08745, CWS33_04590, D0X26_18810, D2184_09510, D2185_16920, D3821_23135, D3C88_12015, D3O91_16665, D3Y67_17480, D4011_01135, D4023_22040, D4074_00750, D4660_01140, D4L91_01140, D4M06_02415, D4U85_03305, D5H35_24540, D5I97_01140, D6004_23555, D6C36_01125, D6D43_01140, D6T60_11970, D6X63_08995, D6X76_13520, D7K33_04340, D7K63_01095, D7K66_00440, D7Z75_16480, D8Y65_02820, D9610_23095, D9C99_15895, D9D20_19820, D9D44_07685, D9E35_19630, D9E73_03395, D9F87_18115, D9G69_16600, D9G95_07020, D9H68_15935, D9H70_05845, D9H94_13515, D9I18_11175, D9I87_14765, D9I97_13025, D9J11_11390, D9J44_25325, D9J52_08700, D9J60_02975, D9K48_08570, D9K54_15845, D9L89_01085, D9X77_00725, D9X97_01085, D9Z28_18610, DAH18_06235, DAH23_12170, DAH30_08095, DAH34_19280, DAH37_09580, DEN89_11195, DEO04_18305, DEO20_17795, DIV22_05325, DJ503_01195, DL455_02585, DL530_08550, DL545_21350, DL800_30245, DLT82_04670, DLU82_21005, DLX40_19555, DM155_24370, DM962_04215, DMI04_01140, DMI53_02480, DMO02_01135, DMZ30_06755, DN627_19110, DN660_13525, DN703_01935, DN808_14480, DNB37_02400, DNC98_17460, DND79_18095, DNI21_17215, DNJ62_01115, DNK12_01140, DNQ45_19280, DNR41_14180, DOE35_01135, DOS18_02625, DOT59_24265, DOT81_01135, DOU81_01135, DOY22_01140, DOY56_01140, DOY61_23025, DOY67_10275, DP258_19105, DP277_20165, DQF57_06895, DQG35_01140, DQO13_17735, DQP61_21260, DRP48_01140, DRW19_17750, DS143_25375, DS721_01135, DS732_04835, DT034_21690, DTL43_03435, DU333_06890, DXT69_19285, DXT73_20105, DXX80_016240, E0I42_00080, E2119_12980, E2127_21690, E2128_12850, E2129_16080, E2134_17300, E2135_21990, E2148_13160, E4K53_18690, E4K55_18560, E4K60_12230, E4K61_18790, E5P24_13755, E5P28_12505, E5S34_02000, E5S38_08455, E5S42_10445, E5S44_06140, E5S56_23145, EA184_04275, EA213_16860, EA225_04700, EAI42_33745, EAI46_33920, EAI52_14880, EAM59_07640, EAN77_19710, EAX79_01780, EB509_09660, EB510_06435, EB515_01070, EB525_RS16045, EBJ06_00130, EBM08_22860, EBP16_19345, EC1094V2_3867, EC382_07625, ECs5351, ED225_13115, ED600_13105, ED607_14570, ED611_13370, ED903_11830, ED944_01070, EEA45_15965, EEP23_10995, EF082_20360, EF173_01070, EG599_11930, EG808_15810, EGU87_01070, EH412_06720, EHD63_01070, EHD79_05080, EHH55_17860, EHJ36_10540, EHJ66_00130, EHV81_21300, EHV90_04840, EHW09_03955, EHX09_01070, EI021_05235, EI032_10995, EI041_04065, EIA21_01075, EJC75_21825, EKI52_11425, EL79_3878, EL80_3823, ELT49_20540, ELY05_14215, EO241_17865, EPS91_19875, EPS94_21705, EPT01_16115, EQ825_04225, EXM29_16655, EXX06_07905, EXX13_04410, EXX23_12930, EXX24_16280, EXX53_09955, EXX55_07370, EXX71_18980, EXX87_02425, EYD11_19445, EYV18_08240, EYY27_03825, EYY78_17540, F0L67_10010, F1E19_12390, F6T51_19540, F6V70_09385, F7F23_01740, F7F26_10325, F7F56_01035, F7G03_00560, F9X20_008395, F9X20_08465, FE846_01340, FORC82_4055, FQ021_21755, FQ915_25030, FRV13_28075, FTV90_08225, FTV92_14250, FV250_07230, FV293_11830, FV438_05725, FWK02_10545, FY127_17485, G5603_21475, G5608_20945, G5632_15105, G5668_03085, G5670_02890, G5680_03455, G5688_03350, G5696_00385, G6Z99_20925, G9448_11000, G9P49_18905, G9P50_18100, GE400_12575, GHD50_13790, GIJ01_04455, GIY19_12035, GJD97_23890, GKF39_00290, GKF74_00805, GKF86_00290, GKF89_12930, GKG12_14550, GNX12_20200, GNZ02_13510, GNZ05_10690, GP650_16080, GP662_19085, GP666_05955, GP698_01030, GP720_10495, GP935_08970, GP945_22470, GP946_22210, GP954_15325, GQA06_20595, GQE22_01750, GQE33_14685, GQE34_05160, GQE42_01600, GQE64_18250, GQE87_00150, GQF59_17505, GQM04_10245, GQM06_25835, GQM09_09945, GQM10_01805, GQM13_11745, GQM17_15405, GQM18_04870, GQM28_17840, GQN24_16590, GRW02_19230, GRW30_15100, GRW57_28435, GRW80_18065, GRW81_15230, GUB85_09010, GUB91_10980, GUB95_10820, GUC01_14755, GUC12_12120, H4P50_21530, H4P51_21380, H5C68_19175, HCR07_13850, HF065_001611, HF523_08125, HFD31_000981, HFD39_001216, HFD59_001394, HFD69_001001, HFU80_004715, HGS12_19830, HGS82_21670, HGT58_01030, HH707_003924, HH830_003655, HHH24_000627, HHJ44_20195, HI083_003572, HIA56_004124, HIN76_000160, HIO03_003674, HIQ74_004742, HIQ82_000938, HIT59_003429, HIZ44_002801, HIZ62_001017, HJI76_004374, HJI79_001730, HJM41_002453, HJO53_002211, HJQ03_001127, HJR60_003165, HJR92_001670, HJS53_000987, HJV81_004219, HKA14_000989, HKA45_001389, HKA57_004351, HKC58_004381, HL601_06790, HLQ75_23670, HLQ92_06100, HLT96_09810, HLU13_12935, HMG20_16175, HMG24_05635, HMG27_04810, HMG35_06040, HMQ05_08145, HMT01_21910, HNC40_00080, HNC80_05030, HNC88_23010, HNC94_14400, HND23_04230, HNN86_19045, HNO03_08750, HNO08_09030, HNV44_11685, HP431_09980, HS093_10640, HV005_18215, HV021_19240, HV022_20340, HV065_21670, HV068_20415, HV109_20260, HV149_20360, HV168_11510, HV188_03370, HV226_01725, HV244_18725, HVV38_12855, HVV53_20305, HVV70_02670, HVV78_03160, HVW09_02610, HVW11_06855, HVW37_21080, HVW43_12675, HVW45_19870, HVW59_10900, HVW60_19385, HVW76_19095, HVW95_12140, HVW98_03005, HVX22_19635, HVX24_19230, HVX30_03025, HVX33_10820, HVX51_20590, HVX60_11630, HVX69_20905, HVX73_20165, HVX96_11010, HVY01_19865, HVY77_22110, HVY79_03195, HVY93_20095, HVZ24_19370, HVZ42_20415, HVZ44_19985, HVZ53_20905, HVZ62_11145, HVZ71_21305, HW43_03625, HWQ66_01755, HX136_21525, HXS78_19380, HZT35_13805, IEM32_05095, PGD_03638, PU06_28270, RG28_04820, RK56_013995, TUM18780_37810, WQ89_19785
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SE17
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.76 % / 解説: 30 - 50 um large bipyramidal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Na HEPES, 100 mM sodium chloride, 27.5-35%(v/v) isopropanol, pH 7.5
PH範囲: 7 - 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→62.47 Å / Num. obs: 9751 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 37.1 % / Biso Wilson estimate: 87.21 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/av σ(I): 33.33 / Net I/σ(I): 33.33
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Num. unique obs: 937 / CC1/2: 0.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ST6
解像度: 2.45→62.47 Å / SU ML: 0.3457 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 41.5146
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2789 475 4.87 %
Rwork0.2548 9276 -
obs0.2561 9751 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→62.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数863 0 5 11 879
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0012881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.35851188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0298133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.8421342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.80.41171430.36022997X-RAY DIFFRACTION99.62
2.8-3.530.3711530.35363055X-RAY DIFFRACTION99.94
3.53-62.470.24931790.22473224X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.4099139207 Å / Origin y: 34.9658215178 Å / Origin z: 2.28668908356 Å
111213212223313233
T0.961529497309 Å20.0338322938591 Å2-0.208224425799 Å2-0.664162875688 Å2-0.0429467152015 Å2--0.863491727673 Å2
L1.13505634701 °20.944633587373 °20.107514529288 °2-0.391887950603 °20.789607784178 °2--0.376285986034 °2
S-0.216870658438 Å °-0.233738607642 Å °0.0780809084951 Å °0.000390696746715 Å °-0.0265905508013 Å °-0.063718651076 Å °-0.135358269314 Å °-0.289932403401 Å °-0.000618319387516 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 23:130)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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