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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7opr | ||||||
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タイトル | Rab27a fusion with Slp2a-RBDa1 effector covalent adduct with CB1 in C123 | ||||||
![]() | Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A | ||||||
![]() | EXOCYTOSIS / GTPase / Exosome / Acrylamide / Cysteine-reactive | ||||||
機能・相同性 | ![]() multivesicular body organization / cytotoxic T cell degranulation / positive regulation of constitutive secretory pathway / positive regulation of regulated secretory pathway / melanosome localization / natural killer cell degranulation / exosomal secretion / melanosome transport / Weibel-Palade body / neurexin family protein binding ...multivesicular body organization / cytotoxic T cell degranulation / positive regulation of constitutive secretory pathway / positive regulation of regulated secretory pathway / melanosome localization / natural killer cell degranulation / exosomal secretion / melanosome transport / Weibel-Palade body / neurexin family protein binding / exocytic vesicle / melanocyte differentiation / melanosome membrane / multivesicular body sorting pathway / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / multivesicular body membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / complement-dependent cytotoxicity / vesicle docking involved in exocytosis / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / synaptic vesicle transport / Insulin processing / phosphatidylserine binding / exocytosis / positive regulation of exocytosis / antigen processing and presentation / protein secretion / photoreceptor outer segment / phosphatase binding / positive regulation of phagocytosis / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / small monomeric GTPase / G protein activity / secretory granule / intracellular protein transport / small GTPase binding / specific granule lumen / GDP binding / blood coagulation / melanosome / late endosome / lysosome / apical plasma membrane / protein domain specific binding / GTPase activity / dendrite / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jamshidiha, M. / Tersa, M. / Lanyon-Hogg, T. / Perez-Dorado, I. / Sutherell, C.L. / De Vita, E. / Morgan, R.M.L. / Tate, E.W. / Cota, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Identification of the first structurally validated covalent ligands of the small GTPase RAB27A. 著者: Jamshidiha, M. / Lanyon-Hogg, T. / Sutherell, C.L. / Craven, G.B. / Tersa, M. / De Vita, E. / Brustur, D. / Perez-Dorado, I. / Hassan, S. / Petracca, R. / Morgan, R.M. / Sanz-Hernandez, M. / ...著者: Jamshidiha, M. / Lanyon-Hogg, T. / Sutherell, C.L. / Craven, G.B. / Tersa, M. / De Vita, E. / Brustur, D. / Perez-Dorado, I. / Hassan, S. / Petracca, R. / Morgan, R.M. / Sanz-Hernandez, M. / Norman, J.C. / Armstrong, A. / Mann, D.J. / Cota, E. / Tate, E.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7oppC ![]() 7opqC ![]() 3bc1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 25857.162 Da / 分子数: 2 / 変異: Q78L,C188S / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The ligand CB1 is covalently bound to cysteine123. I have modelled the ligand CB1 already covalently bound to Cys123 into the peptide chain, for this reason there is a mismatch in the ...詳細: The ligand CB1 is covalently bound to cysteine123. I have modelled the ligand CB1 already covalently bound to Cys123 into the peptide chain, for this reason there is a mismatch in the sequence. I am not sure how to fix this mismatch. I hope this information is clear.,The ligand CB1 is covalently bound to cysteine123. I have modelled the ligand CB1 already covalently bound to Cys123 into the peptide chain, for this reason there is a mismatch in the sequence. I am not sure how to fix this mismatch. I hope this information is clear. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SYTL2, KIAA1597, SGA72M, SLP2, SLP2A, RAB27A, RAB27 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HCH5, UniProt: P51159, small monomeric GTPase |
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-非ポリマー , 5種, 263分子 ![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/05Y.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/05Y.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ![]() 詳細: The ligand CB1 is covalently bound to cysteine123. I have modelled the ligand CB1 already covalently bound to Cys123 into the peptide chain, for this reason there is a mismatch in the ...詳細: The ligand CB1 is covalently bound to cysteine123. I have modelled the ligand CB1 already covalently bound to Cys123 into the peptide chain, for this reason there is a mismatch in the sequence. I am not sure how to fix this mismatch. I hope this information is clear. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.15M Ammonium sulphate, 0.1M MES pH 6.0, 15% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→64.33 Å / Num. obs: 49537 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05896 / Rpim(I) all: 0.05896 / Rrim(I) all: 0.08338 / Net I/σ(I): 9.77 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.403 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3254 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / Num. unique obs: 4902 / CC1/2: 0.832 / CC star: 0.953 / Rpim(I) all: 0.3254 / Rrim(I) all: 0.4602 / % possible all: 99.67 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3BC1 解像度: 2.32→64.33 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.06 Å2 / Biso mean: 36.1718 Å2 / Biso min: 11.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.32→64.33 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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