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- PDB-7opp: Crystal structure of the Rab27a fusion with Slp2a-RBDa1 effector ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7opp
タイトルCrystal structure of the Rab27a fusion with Slp2a-RBDa1 effector for SF4 pocket drug targeting
要素Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A
キーワードEXOCYTOSIS / Rab27 / GTPase / Slp2a / exosome
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body organization / cytotoxic T cell degranulation / positive regulation of constitutive secretory pathway / positive regulation of regulated secretory pathway / melanosome localization / natural killer cell degranulation / exosomal secretion / melanosome transport / Weibel-Palade body / neurexin family protein binding ...multivesicular body organization / cytotoxic T cell degranulation / positive regulation of constitutive secretory pathway / positive regulation of regulated secretory pathway / melanosome localization / natural killer cell degranulation / exosomal secretion / melanosome transport / Weibel-Palade body / neurexin family protein binding / exocytic vesicle / melanocyte differentiation / melanosome membrane / multivesicular body sorting pathway / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / multivesicular body membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / complement-dependent cytotoxicity / vesicle docking involved in exocytosis / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / synaptic vesicle transport / Insulin processing / phosphatidylserine binding / exocytosis / positive regulation of exocytosis / antigen processing and presentation / protein secretion / photoreceptor outer segment / phosphatase binding / positive regulation of phagocytosis / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / small monomeric GTPase / G protein activity / secretory granule / intracellular protein transport / small GTPase binding / specific granule lumen / GDP binding / blood coagulation / melanosome / late endosome / lysosome / apical plasma membrane / protein domain specific binding / GTPase activity / dendrite / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin-like 1-5, C2B domain / Rab27a/b / Rab-binding domain / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain profile. / small GTPase Rab1 family profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain ...Synaptotagmin-like 1-5, C2B domain / Rab27a/b / Rab-binding domain / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain profile. / small GTPase Rab1 family profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / C2 domain superfamily / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-27A / Synaptotagmin-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Jamshidiha, M. / Tersa, M. / Lanyon-Hogg, T. / Perez-Dorado, I. / Sutherell, C.L. / De Vita, E. / Morgan, R.M.L. / Tate, E.W. / Cota, E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC29637/A20781 英国
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022
タイトル: Identification of the first structurally validated covalent ligands of the small GTPase RAB27A.
著者: Jamshidiha, M. / Lanyon-Hogg, T. / Sutherell, C.L. / Craven, G.B. / Tersa, M. / De Vita, E. / Brustur, D. / Perez-Dorado, I. / Hassan, S. / Petracca, R. / Morgan, R.M. / Sanz-Hernandez, M. / ...著者: Jamshidiha, M. / Lanyon-Hogg, T. / Sutherell, C.L. / Craven, G.B. / Tersa, M. / De Vita, E. / Brustur, D. / Perez-Dorado, I. / Hassan, S. / Petracca, R. / Morgan, R.M. / Sanz-Hernandez, M. / Norman, J.C. / Armstrong, A. / Mann, D.J. / Cota, E. / Tate, E.W.
履歴
登録2021年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A
C: Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0056
ポリマ－51,9122
非ポリマー1,0934
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.710, 117.710, 115.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid -37 through -31 or (resid -30...A-37 - -10
121(chain 'A' and (resid -37 through -31 or (resid -30...A6 - 33
131(chain 'A' and (resid -37 through -31 or (resid -30...A36 - 55
141(chain 'A' and (resid -37 through -31 or (resid -30...A65 - 88
151(chain 'A' and (resid -37 through -31 or (resid -30...A91 - 102
161(chain 'A' and (resid -37 through -31 or (resid -30...A105 - 109
171(chain 'A' and (resid -37 through -31 or (resid -30...A112 - 114
181(chain 'A' and (resid -37 through -31 or (resid -30...A119 - 187
211(chain 'C' and (resid -37 through -9 or resid 5...C-37 - -10
221(chain 'C' and (resid -37 through -9 or resid 5...C6 - 33
231(chain 'C' and (resid -37 through -9 or resid 5...C36 - 55
241(chain 'C' and (resid -37 through -9 or resid 5...C65 - 88
251(chain 'C' and (resid -37 through -9 or resid 5...C91 - 102
261(chain 'C' and (resid -37 through -9 or resid 5...C105 - 109
271(chain 'C' and (resid -37 through -9 or resid 5...C112 - 114
281(chain 'C' and (resid -37 through -9 or resid 5...C119 - 187
192chain 'D'D194
292chain 'E'E194

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A / Breast cancer-associated antigen SGA-72M / Exophilin-4 / Rab-27 / GTP-binding protein Ram


分子量: 25956.184 Da / 分子数: 2 / 変異: Q78L,C123S,C188S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: SYTL2, KIAA1597, SGA72M, SLP2, SLP2A, RAB27A, RAB27
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HCH5, UniProt: P51159, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.51 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.1 M Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月24日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→58.85 Å / Num. obs: 40486 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02731 / Rpim(I) all: 0.02731 / Rrim(I) all: 0.03862 / Net I/σ(I): 20.04
反射 シェル解像度: 2.32→2.403 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2401 / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / Num. unique obs: 3976 / CC1/2: 0.844 / CC star: 0.957 / Rpim(I) all: 0.2401 / Rrim(I) all: 0.3395 / % possible all: 99.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
PHENIX1.17_3644精密化
PHASER位相決定
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BC1

3bc1


解像度: 2.32→58.85 Å / SU ML: 0.227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.4598
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1945 4.8 %1945
Rwork0.1615 38539 --
obs0.1634 40484 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→58.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3319 0 66 382 3767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00743510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.874751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0489522
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9499478
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.380.27821670.21792666X-RAY DIFFRACTION99.93
2.38-2.440.27441370.20262719X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.510.25741460.18582716X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.60.20931380.16662709X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.690.21431480.16712716X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.80.251200.18232783X-RAY DIFFRACTION99.97
2.8-2.920.27721400.19092698X-RAY DIFFRACTION99.96
2.92-3.080.20721360.17392760X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.270.20971120.17112754X-RAY DIFFRACTION99.9
3.27-3.520.20211330.15822764X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.880.17241580.14112729X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.440.16321170.12962813X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.590.16871650.1452775X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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